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- PDB-5ogs: Crystal structure of human AND-1 SepB domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ogs
タイトルCrystal structure of human AND-1 SepB domain
要素WD repeat and HMG-box DNA-binding protein 1
キーワードREPLICATION / DNA REPLICATION/ADAPTOR PROTEIN/BETA PROPELLER DOMAIN
機能・相同性
機能・相同性情報


nuclear replication fork / DNA-templated DNA replication / mitotic cell cycle / DNA repair / chromatin binding / DNA binding / nucleoplasm / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / DNA polymerase alpha-binding protein Ctf4, C-terminal domain / Minichromosome loss protein Mcl1, middle region / Minichromosome loss protein, Mcl1, middle region / Anaphase-promoting complex subunit 4, WD40 domain / Anaphase-promoting complex subunit 4 WD40 domain / HMG boxes A and B DNA-binding domains profile. / high mobility group / High mobility group box domain / High mobility group box domain superfamily ...: / DNA polymerase alpha-binding protein Ctf4, C-terminal domain / Minichromosome loss protein Mcl1, middle region / Minichromosome loss protein, Mcl1, middle region / Anaphase-promoting complex subunit 4, WD40 domain / Anaphase-promoting complex subunit 4 WD40 domain / HMG boxes A and B DNA-binding domains profile. / high mobility group / High mobility group box domain / High mobility group box domain superfamily / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
MALONATE ION / WD repeat and HMG-box DNA-binding protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.503 Å
データ登録者Pellegrini, L. / Simon, A.C.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust104641/Z/14/Z 英国
引用ジャーナル: Open Biol / 年: 2017
タイトル: The human CTF4-orthologue AND-1 interacts with DNA polymerase alpha /primase via its unique C-terminal HMG box.
著者: Kilkenny, M.L. / Simon, A.C. / Mainwaring, J. / Wirthensohn, D. / Holzer, S. / Pellegrini, L.
履歴
登録2017年7月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年11月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年12月6日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22018年1月31日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: WD repeat and HMG-box DNA-binding protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,3343
ポリマ－56,1301
非ポリマー2042
水2,990166
1
A: WD repeat and HMG-box DNA-binding protein 1
ヘテロ分子

A: WD repeat and HMG-box DNA-binding protein 1
ヘテロ分子

A: WD repeat and HMG-box DNA-binding protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)169,0039
ポリマ－168,3913
非ポリマー6126
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
Buried area11670 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area51370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)249.712, 249.712, 249.712
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number209
Space group name H-MF432
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1150-

HOH

21A-1164-

HOH

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要素

#1: タンパク質 WD repeat and HMG-box DNA-binding protein 1 / Acidic nucleoplasmic DNA-binding protein 1 / And-1


分子量: 56130.293 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: WDHD1, AND1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O75717
#2: 化合物 ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト


分子量: 102.046 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H2O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 166 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.43 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 MHEPES pH 7.0, 1.1M di-sodium malonate and 0.5 % (v/v) Jeffamine ED-2003, supplemented with 0.36 to 0.42 M sulfobetaine NDSB-195

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年8月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.503→44.14 Å / Num. obs: 23558 / % possible obs: 99.89 % / 冗長度: 16.8 % / Biso Wilson estimate: 49.66 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.1235 / Rpim(I) all: 0.03082 / Rsym value: 0.1274 / Net I/σ(I): 24.3
反射 シェル解像度: 2.503→2.593 Å / 冗長度: 14.4 % / Rmerge(I) obs: 1.494 / Mean I/σ(I) obs: 1.92 / Num. unique obs: 2288 / CC1/2: 0.563 / Rpim(I) all: 0.4044 / Rsym value: 1.55 / % possible all: 99.52

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
Aimlessデータスケーリング
MR-Rosetta位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4c8s

4c8s


解像度: 2.503→44.14 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: THROUGHOUT / 位相誤差: 22.76
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2107 2155 4.97 %
Rwork0.1764 --
obs0.1781 23555 99.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.503→44.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3189 0 14 166 3369
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0013314
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4134494
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.1181988
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.037490
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003583
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5031-2.56140.37151510.31412729X-RAY DIFFRACTION99
2.5614-2.62540.34061410.28812731X-RAY DIFFRACTION100
2.6254-2.69640.37631340.27092768X-RAY DIFFRACTION100
2.6964-2.77570.30251180.25592766X-RAY DIFFRACTION100
2.7757-2.86530.28941650.23732722X-RAY DIFFRACTION100
2.8653-2.96770.21841210.22942768X-RAY DIFFRACTION100
2.9677-3.08650.2691520.21582760X-RAY DIFFRACTION100
3.0865-3.22690.23251690.19752698X-RAY DIFFRACTION100
3.2269-3.3970.22511410.18292761X-RAY DIFFRACTION100
3.397-3.60980.17081410.16512756X-RAY DIFFRACTION100
3.6098-3.88840.21041460.15192740X-RAY DIFFRACTION100
3.8884-4.27950.16721400.1392751X-RAY DIFFRACTION100
4.2795-4.89820.17131340.13092779X-RAY DIFFRACTION100
4.8982-6.16920.17021320.15792754X-RAY DIFFRACTION100
6.1692-44.140.1821700.15792749X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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