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- PDB-5ogh: Structure of RNase A at high resolution (1.16 A) in complex with ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ogh
タイトルStructure of RNase A at high resolution (1.16 A) in complex with 3'-CMP and sulphate ions
要素Ribonuclease pancreatic
キーワードHYDROLASE / Ribonuclease A / 3'-CMP / RNase A / mononucleotide inhibitor / high resolution
機能・相同性
機能・相同性情報


pancreatic ribonuclease / ribonuclease A activity / RNA nuclease activity / nucleic acid binding / defense response to Gram-positive bacterium / hydrolase activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
P-30 Protein / Ribonuclease A-like domain / Pancreatic ribonuclease / Ribonuclease A, active site / Ribonuclease A-domain / Ribonuclease A-like domain superfamily / Pancreatic ribonuclease / Pancreatic ribonuclease family signature. / Pancreatic ribonuclease / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CYTIDINE-3'-MONOPHOSPHATE / Ribonuclease pancreatic
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.16 Å
データ登録者Blanco, J.A. / Prats-Ejarque, G. / Salazar, V.A. / Moussaoui, M. / Boix, E.
資金援助 スペイン, 2件
組織認可番号国
MINECOSAF2015-66007-P スペイン
Generalitat de Catalunya2014 SGR 728 スペイン
引用ジャーナル: Biochim Biophys Acta Gen Subj / 年: 2019
タイトル: Characterization of an RNase with two catalytic centers. Human RNase6 catalytic and phosphate-binding site arrangement favors the endonuclease cleavage of polymeric substrates.
著者: Prats-Ejarque, G. / Blanco, J.A. / Salazar, V.A. / Nogues, V.M. / Moussaoui, M. / Boix, E.
履歴
登録2017年7月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年8月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月24日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年9月11日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.year
改定 1.32024年1月17日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.42024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribonuclease pancreatic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,67411
ポリマ－13,7081
非ポリマー96610
水3,225179
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1780 Å2
ΔGint-69 kcal/mol
Surface area7130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.060, 64.060, 64.058
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-461-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Ribonuclease pancreatic / RNase 1 / RNase A


分子量: 13708.326 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: Pancreas / 組織: Pancreatic / 参照: UniProt: P61823, EC: 3.1.27.5

-
非ポリマー , 5種, 189分子

#2: 化合物 ChemComp-C3P / CYTIDINE-3'-MONOPHOSPHATE


分子量: 323.197 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14N3O8P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 179 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.76 % / 解説: Hexagonal
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.54 M ammonium sulphate, 1.25 M sodium chloride, 0.1 M sodium acetate pH 6.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年6月14日
詳細: VERTICAL FOCUSING MIRROR (VFM) AND A HORIZONTAL FOCUSING MIRROR (HFM), MANUFACTURED BY IRELEC
放射モノクロメーター: CHANNEL-CUT DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR (CINEL), CRYOCOOLED, 6MM GAP
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.16→28.65 Å / Num. obs: 52994 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.65 % / Biso Wilson estimate: 14.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Net I/σ(I): 20.9
反射 シェル解像度: 1.16→1.22 Å / Rmerge(I) obs: 0.47 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1KF3

1kf3


解像度: 1.16→28.648 Å / SU ML: 0.08 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 10.73
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1354 2692 5.08 %
Rwork0.1206 --
obs0.1213 52947 99.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 17.13 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.16→28.648 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数951 0 54 179 1184
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.011145
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.491573
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.529453
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.086175
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009202
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.16-1.18110.18931330.16352594X-RAY DIFFRACTION100
1.1811-1.20380.16491350.14582644X-RAY DIFFRACTION100
1.2038-1.22840.18681420.14212627X-RAY DIFFRACTION100
1.2284-1.25510.15871580.13082620X-RAY DIFFRACTION100
1.2551-1.28430.13671420.12572594X-RAY DIFFRACTION100
1.2843-1.31640.15541550.11312604X-RAY DIFFRACTION100
1.3164-1.3520.11861640.10692623X-RAY DIFFRACTION100
1.352-1.39180.14181210.10632624X-RAY DIFFRACTION100
1.3918-1.43670.13231390.10242627X-RAY DIFFRACTION100
1.4367-1.48810.12531290.12630X-RAY DIFFRACTION100
1.4881-1.54770.1121290.09442631X-RAY DIFFRACTION100
1.5477-1.61810.10671350.08642645X-RAY DIFFRACTION100
1.6181-1.70340.10731550.08922623X-RAY DIFFRACTION100
1.7034-1.81010.09631540.09552645X-RAY DIFFRACTION100
1.8101-1.94980.12011220.09872678X-RAY DIFFRACTION100
1.9498-2.1460.10971700.10122630X-RAY DIFFRACTION100
2.146-2.45640.13111160.11142713X-RAY DIFFRACTION100
2.4564-3.09420.13711510.14092682X-RAY DIFFRACTION100
3.0942-28.640.16741420.14352821X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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