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- PDB-5oge: Crystal structure of a nucleotide sugar transporter -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5oge
タイトルCrystal structure of a nucleotide sugar transporter
要素GDP-mannose transporter 1
キーワードMEMBRANE PROTEIN / SLC35 / Golgi transporter
機能・相同性
機能・相同性情報


GDP-fucose transmembrane transporter activity / GDP-mannose transmembrane transporter activity / GDP-mannose transmembrane transport / antiporter activity / cytoplasmic vesicle membrane / Golgi membrane / endoplasmic reticulum membrane / Golgi apparatus / mitochondrion
類似検索 - 分子機能
UAA transporter / UAA transporter family
類似検索 - ドメイン・相同性
(2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / GDP-mannose transporter 1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.22 Å
データ登録者Newstead, S. / Parker, J.L.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust102890/Z/13/Z 英国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2017
タイトル: Structural basis of nucleotide sugar transport across the Golgi membrane.
著者: Parker, J.L. / Newstead, S.
履歴
登録2017年7月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年11月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月29日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.year
改定 1.22017年12月6日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GDP-mannose transporter 1
B: GDP-mannose transporter 1
C: GDP-mannose transporter 1
D: GDP-mannose transporter 1
E: GDP-mannose transporter 1
F: GDP-mannose transporter 1
G: GDP-mannose transporter 1
H: GDP-mannose transporter 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)300,63520
ポリマ－296,3568
非ポリマー4,27812
水00
1
A: GDP-mannose transporter 1
E: GDP-mannose transporter 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,8727
ポリマ－74,0892
非ポリマー1,7835
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1920 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area31370 Å2
手法PISA
2
B: GDP-mannose transporter 1
ヘテロ分子

G: GDP-mannose transporter 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,8024
ポリマ－74,0892
非ポリマー7132
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_455x-1,y,z1
Buried area1480 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area31850 Å2
手法PISA
3
C: GDP-mannose transporter 1

H: GDP-mannose transporter 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,0892
ポリマ－74,0892
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_455x-1,y,z1
Buried area1140 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area31070 Å2
手法PISA
4
D: GDP-mannose transporter 1
F: GDP-mannose transporter 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,8727
ポリマ－74,0892
非ポリマー1,7835
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2110 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area32070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.570, 102.910, 181.410
Angle α, β, γ (deg.)89.92, 90.12, 90.06
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
GDP-mannose transporter 1 / GMT 1 / Low dye-binding protein 3 / Morphogenesis checkpoint-dependent protein 3 / Vanadate ...GMT 1 / Low dye-binding protein 3 / Morphogenesis checkpoint-dependent protein 3 / Vanadate resistance glycosylation protein 4


分子量: 37044.504 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
遺伝子: VRG4, GOG5, LDB3, MCD3, VAN2, VIG4, YGL225W / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株 (発現宿主): BJ5460 / 参照: UniProt: P40107
#2: 化合物
ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト


分子量: 356.540 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.16 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 5
詳細: 26 - 30 % (v/v) PEG 400, 0.1 M sodium citrate pH 5.0 and 75 mM sodium chloride or sodium acetate

-
データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 2.7 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 2.7 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.22→45.35 Å / Num. obs: 48151 / % possible obs: 90.3 % / 冗長度: 8.4 % / Biso Wilson estimate: 112.71 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.162 / Rpim(I) all: 0.07 / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル解像度: 3.22→3.3 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.688 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 2345 / CC1/2: 0.564 / Rpim(I) all: 0.688 / % possible all: 60.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.22→45.35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.876 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.844 / Rfactor Rfree error: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.607
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.306 2328 4.83 %RANDOM
Rwork0.28 ---
obs0.281 48149 90.3 %-
原子変位パラメータBiso mean: 97.43 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-18.2152 Å22.9935 Å27.848 Å2
2---31.1612 Å27.6712 Å2
3---12.946 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.22→45.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18836 0 300 0 19136
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.00919996HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.0227519HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d6679SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes303HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes2820HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it19996HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.05
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion22.4
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion2675SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact23664SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 3.22→3.3 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.329 153 6.54 %
Rwork0.271 2188 -
all0.275 2341 -
obs--60.16 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.9259-0.1357-0.27380.45350.34692.0875-0.0291-0.02150.0158-0.11870.093-0.0282-0.1966-0.1428-0.0639-0.0986-0.0185-0.0525-0.1617-0.0333-0.1969-45.3088-49.095233.7087
20.8229-0.03530.20660.7155-0.69262.09-0.03030.0129-0.0505-0.13770.05290.06670.19560.0949-0.0226-0.1105-0.0002-0.0703-0.1295-0.0527-0.2132-41.4746-55.7349124.4102
30.75560.1741-0.40130.6-1.02621.7592-0.0115-0.0290.13950.10440.03260.0784-0.12890.1116-0.0211-0.1479-0.0226-0.0408-0.1028-0.0729-0.2047-41.4444-100.604359.5493
41.1354-0.0698-0.08440.78430.52861.7036-0.0278-0.0552-0.05060.17470.055-0.07660.127-0.1477-0.0272-0.0633-0.0457-0.0908-0.1828-0.0408-0.2227-45.393-106.8529150.1904
50.11150.06-0.20021.01070.1142.8037-0.0431-0.1438-0.05130.12060.0311-0.11640.07360.05440.012-0.2276-0.0215-0.0539-0.1123-0.0903-0.1463-25.1028-46.91975.9834
60.61120.14920.2870.63650.29292.237-0.01470.05160.0298-0.10560.01-0.1256-0.10140.06650.0046-0.1835-0.0252-0.0157-0.1238-0.0929-0.1702-25.2521-109.1237108.0626
70.54310.08130.12551.1381-0.31292.2982-0.0095-0.08760.03570.13920.03260.1099-0.0683-0.0497-0.0231-0.18010.0321-0.044-0.15260.0105-0.1911-16.4373-58.1685166.5592
80.7279-0.3122-0.26670.6905-0.28622.0324-0.02840.1241-0.0508-0.13580.0230.14020.0732-0.0710.0054-0.13570.005-0.0922-0.13890.0179-0.1781-16.3092-98.275917.3442
90.4020.2986-0.26320.00220.56860.55630.03380.14130.1479-0.1024-0.06970.0743-0.084-0.07370.03590.0127-0.02980.11-0.0091-0.15150.274-39.6829-74.1515102.2766
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }
5X-RAY DIFFRACTION5{ E|* }
6X-RAY DIFFRACTION6{ F|* }
7X-RAY DIFFRACTION7{ G|* }
8X-RAY DIFFRACTION8{ H|* }
9X-RAY DIFFRACTION9{ I|401-404, B|401-402, D|401-405, E|401 }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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