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- PDB-5og7: Endothiapepsin in complex with hydrazide fragment -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5og7
タイトルEndothiapepsin in complex with hydrazide fragment
要素Endothiapepsin
キーワードHYDROLASE / fragment / inhibitor / hydrazide / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


endothiapepsin / aspartic-type endopeptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能
Aspergillopepsin-like catalytic domain / Eukaryotic aspartyl protease / Aspartic peptidase A1 family / Peptidase family A1 domain / Peptidase family A1 domain profile. / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily ...Aspergillopepsin-like catalytic domain / Eukaryotic aspartyl protease / Aspartic peptidase A1 family / Peptidase family A1 domain / Peptidase family A1 domain profile. / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-FLK / Endothiapepsin
類似検索 - 構成要素
生物種Cryphonectria parasitica (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.823 Å
データ登録者Metz, A. / Klauser, P.C. / Heine, A. / Klebe, G.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Endothiapepsin in complex with hydrazide fragment
著者: Metz, A. / Klauser, P.C. / Rudek, M. / Schmitz, B. / Gohlke, H. / Heine, A. / Klebe, G.
履歴
登録2017年7月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年8月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年9月18日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell / Item: _reflns_shell.pdbx_Rrim_I_all
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endothiapepsin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,1624
ポリマ－33,8141
非ポリマー3483
水4,720262
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: Monomer
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area520 Å2
ΔGint4 kcal/mol
Surface area12510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.883, 73.467, 52.114
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.40, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Endothiapepsin / Aspartate protease


分子量: 33813.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cryphonectria parasitica (菌類) / 参照: UniProt: P11838, endothiapepsin
#2: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE


分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-FLK / 3-chloranyl-~{N}'-(4,5-dihydro-1~{H}-imidazol-3-ium-2-yl)propanehydrazide


分子量: 191.639 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12ClN4O
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 262 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.1 M ammonium acetate, 0.1 M sodium acetate, 24-30% PEG 4000; crystal obtained by streak-seeding and soaked with 90 mM of fragment a with the SMILES code O=C(CCCl)NNC1=[NH+]CCN1

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月10日 / 詳細: double crystal monochromator
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.82→42.335 Å / Num. obs: 27697 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 3.6 % / CC1/2: 0.997 / Rsym value: 0.079 / Net I/σ(I): 12.89
反射 シェル解像度: 1.82→1.93 Å / 冗長度: 3.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.36 / Num. unique obs: 4215 / CC1/2: 0.848 / Rrim(I) all: 0.587 / Rsym value: 0.492 / % possible all: 91.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
XDSMay 1, 2016データ削減
XDSMay 1, 2016データスケーリング
PHASER2.5.7位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4Y5L

4y5l


解像度: 1.823→42.335 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 22.1 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2113 1385 5 %
Rwork0.1623 --
obs0.1648 27695 96.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.823→42.335 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2362 0 20 262 2644
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0092444
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9473351
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.291374
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.058398
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006430
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.823-1.88810.29781290.25242455X-RAY DIFFRACTION91
1.8881-1.96370.31771340.20572540X-RAY DIFFRACTION93
1.9637-2.05310.2311410.18032690X-RAY DIFFRACTION100
2.0531-2.16130.24011420.16832695X-RAY DIFFRACTION99
2.1613-2.29670.23931400.16132656X-RAY DIFFRACTION99
2.2967-2.4740.22771390.16472651X-RAY DIFFRACTION98
2.474-2.7230.20941350.15612553X-RAY DIFFRACTION95
2.723-3.11690.22331400.15832659X-RAY DIFFRACTION98
3.1169-3.92650.17921430.1472713X-RAY DIFFRACTION99
3.9265-42.34680.16711420.14842698X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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