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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5ofi | ||||||
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タイトル | PllA lectin, Fluorophore carbohydrate complex | ||||||
![]() | PIIA | ||||||
![]() | SUGAR BINDING PROTEIN / PIIA / Complex / Lectin | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Koehnke, J. / Sikandar, A. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Photorhabdus luminescens lectin A (PllA): A new probe for detecting alpha-galactoside-terminating glycoconjugates. 著者: Beshr, G. / Sikandar, A. / Jemiller, E.M. / Klymiuk, N. / Hauck, D. / Wagner, S. / Wolf, E. / Koehnke, J. / Titz, A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 400.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 330.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12969.544 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: plu2096 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-CA / #3: 化合物 | ChemComp-9TQ / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.99 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.15 M DL-Malic acid, 20% w/v PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月7日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.976251 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→48.56 Å / Num. obs: 65944 / % possible obs: 95.9 % / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.115 / Net I/σ(I): 8.2 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.423 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. measured obs: 43402 / Num. unique all: 9603 / CC1/2: 0.92 / Rpim(I) all: 0.213 / Rrim(I) all: 0.477 / % possible all: 97.1 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1L7L 解像度: 2→45.671 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.79 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→45.671 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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