PDB-5oes: The structure of a glutathione synthetase (StGSS1) from Solanum t...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5oes

タイトル

The structure of a glutathione synthetase (StGSS1) from Solanum tuberosum in ADP and y-EC bound closed conformation.

要素

Glutathione synthetase

キーワード

PLANT PROTEIN / Glutathione synthetase

機能・相同性

機能・相同性情報

glutathione synthase / glutathione synthase activity / glutathione binding / magnesium ion binding / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Solanum tuberosum (ジャガイモ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.48 Å

データ登録者

Lilley, C.J. / Maqbool, A. / Wu, D. / Yusup, H.B. / Jones, L.M. / Birch, P.R.J. / Banfield, M.J. / Urwin, P.E. / Eves-van den Akker, S.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: PLoS Genet. / 年: 2018
タイトル: Effector gene birth in plant parasitic nematodes: Neofunctionalization of a housekeeping glutathione synthetase gene.
著者: Lilley, C.J. / Maqbool, A. / Wu, D. / Yusup, H.B. / Jones, L.M. / Birch, P.R.J. / Banfield, M.J. / Urwin, P.E. / Eves-van den Akker, S.

履歴

登録	2017年7月10日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年4月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5oes.cif.gz	1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5oes.ent.gz	899.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5oes.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5oes_validation.pdf.gz	3.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5oes_full_validation.pdf.gz	3.6 MB	表示
XML形式データ	5oes_validation.xml.gz	92.7 KB	表示
CIF形式データ	5oes_validation.cif.gz	127.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oe/5oes ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oe/5oes	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5oetC 5oeuC 5oevC 3kalS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2hgs-1 1m0w-d 5oev-1 3kak-d 4rf9-1 4eql-d 5x9c-d 6oms-d 5kov-3 4rf9-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (1) #192 - 2015年12月バンコマイシン (Vancomycin) 類似性 (1) #187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Glutathione synthetase

B: Glutathione synthetase

C: Glutathione synthetase

D: Glutathione synthetase

E: Glutathione synthetase

F: Glutathione synthetase

ヘテロ分子

331 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Glutathione synthetase

B: Glutathione synthetase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, Obligate homo-dimer
110 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Glutathione synthetase

D: Glutathione synthetase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
110 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

E: Glutathione synthetase

F: Glutathione synthetase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
110 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	154.390, 154.390, 344.325
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ASP	ASP	VAL	VAL	A	A	14 - 483	14 - 483
2	1	ASP	ASP	VAL	VAL	B	B	14 - 483	14 - 483
1	2	ASP	ASP	LEU	LEU	A	A	14 - 482	14 - 482
2	2	ASP	ASP	LEU	LEU	C	C	14 - 482	14 - 482
1	3	ASP	ASP	LEU	LEU	A	A	14 - 482	14 - 482
2	3	ASP	ASP	LEU	LEU	D	D	14 - 482	14 - 482
1	4	ASP	ASP	VAL	VAL	A	A	14 - 483	14 - 483
2	4	ASP	ASP	VAL	VAL	E	E	14 - 483	14 - 483
1	5	ASP	ASP	VAL	VAL	A	A	14 - 483	14 - 483
2	5	ASP	ASP	VAL	VAL	F	F	14 - 483	14 - 483
1	6	ASP	ASP	LEU	LEU	B	B	14 - 482	14 - 482
2	6	ASP	ASP	LEU	LEU	C	C	14 - 482	14 - 482
1	7	ASP	ASP	VAL	VAL	B	B	14 - 483	14 - 483
2	7	ASP	ASP	VAL	VAL	D	D	14 - 483	14 - 483
1	8	ASP	ASP	VAL	VAL	B	B	14 - 483	14 - 483
2	8	ASP	ASP	VAL	VAL	E	E	14 - 483	14 - 483
1	9	ASP	ASP	VAL	VAL	B	B	14 - 483	14 - 483
2	9	ASP	ASP	VAL	VAL	F	F	14 - 483	14 - 483
1	10	VAL	VAL	LEU	LEU	C	C	13 - 482	13 - 482
2	10	VAL	VAL	LEU	LEU	D	D	13 - 482	13 - 482
1	11	ASP	ASP	VAL	VAL	C	C	14 - 483	14 - 483
2	11	ASP	ASP	VAL	VAL	E	E	14 - 483	14 - 483
1	12	ASP	ASP	VAL	VAL	C	C	14 - 483	14 - 483
2	12	ASP	ASP	VAL	VAL	F	F	14 - 483	14 - 483
1	13	ASP	ASP	VAL	VAL	D	D	14 - 483	14 - 483
2	13	ASP	ASP	VAL	VAL	E	E	14 - 483	14 - 483
1	14	ASP	ASP	VAL	VAL	D	D	14 - 483	14 - 483
2	14	ASP	ASP	VAL	VAL	F	F	14 - 483	14 - 483
1	15	ASP	ASP	VAL	VAL	E	E	14 - 483	14 - 483
2	15	ASP	ASP	VAL	VAL	F	F	14 - 483	14 - 483

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15

#1: タンパク質	Glutathione synthetase / GSH-S 分子量: 54395.699 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Solanum tuberosum (ジャガイモ) / プラスミド: pOPINS3C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): SHuffle / 参照: UniProt: M1CSC4, glutathione synthase
#2: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP 分子量: 427.201 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物	ChemComp-3GC / GAMMA-GLUTAMYLCYSTEINE / γ-グルタミルシステイン分子量: 250.272 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₄N₂O₅S
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 401 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.89 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 1.4 M D-malic acid with the addition of 2.5 mM y-EC, 2.5 mM ADP, 5 mM MgCl2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年5月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.48→50 Å / Num. obs: 143724 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 8.9 % / R_merge(I) obs: 0.145 / R_rim(I) all: 0.154 / Net I/σ(I): 12
反射シェル	解像度: 2.5→2.54 Å / R_merge(I) obs: 1.238 / R_rim(I) all: 1.309

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0158	精密化
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
xia2		データ削減
xia2		data processing
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3KAL

3kal

解像度: 2.48→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.934 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.914 / SU B: 17.486 / SU ML: 0.191 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.367 / ESU R Free: 0.241
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2414	7240	4.9 %	RANDOM
R_work	0.2241	-	-	-
obs	0.2249	140946	99.96 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 118.58 Å² / B_iso mean: 49.843 Å² / B_iso min: 22.72 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.5 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	2.5 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-4.99 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.48→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	21465	0	268	401	22134
B_iso mean	-	-	67.95	41.08	-
残基数	-	-	-	-	2680

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.019	22133
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	20701
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.389	1.979	29942
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.922	3	48051
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.031	5	2660
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.652	24.31	1058
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.588	15	4009
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.107	15	169
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.075	0.2	3357
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.021	24197
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	4344

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	29076	0.05
1	2	B	29076	0.05
2	1	A	28972	0.05
2	2	C	28972	0.05
3	1	A	28900	0.06
3	2	D	28900	0.06
4	1	A	29008	0.06
4	2	E	29008	0.06
5	1	A	29074	0.05
5	2	F	29074	0.05
6	1	B	28874	0.05
6	2	C	28874	0.05
7	1	B	28798	0.06
7	2	D	28798	0.06
8	1	B	28966	0.05
8	2	E	28966	0.05
9	1	B	29086	0.06
9	2	F	29086	0.06
10	1	C	28762	0.06
10	2	D	28762	0.06
11	1	C	28872	0.06
11	2	E	28872	0.06
12	1	C	29088	0.05
12	2	F	29088	0.05
13	1	D	28862	0.06
13	2	E	28862	0.06
14	1	D	28906	0.06
14	2	F	28906	0.06
15	1	E	28900	0.06
15	2	F	28900	0.06

LS精密化シェル

解像度: 2.475→2.54 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.4	571	-
R_work	0.417	10245	-
all	-	10816	-
obs	-	-	99.8 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5976	-0.1754	-0.2476	0.4791	-0.0481	1.4113	-0.0351	-0.3068	-0.0736	0.0376	0.0349	0.0022	-0.016	-0.0709	0.0002	0.0085	0.0123	0.0228	0.0865	0.0251	0.1	65.3044	43.0624	149.4294
2	1.1382	0.3039	-0.1577	0.6509	0.2188	1.6031	-0.0582	0.1869	-0.1236	-0.0604	0.1173	-0.0037	0.0118	0.1319	-0.0591	0.017	-0.0251	0.0169	0.083	-0.0106	0.0954	90.6828	42.0409	108.7954
3	0.567	-0.0646	-0.0013	1.183	0.3698	1.1191	-0.0374	0.0617	0.0573	-0.2115	0.0318	0.0582	-0.0222	-0.0976	0.0055	0.1644	0.0059	-0.0446	0.0274	-0.0196	0.1914	44.7711	65.1399	86.3414
4	0.64	-0.1769	0.0736	1.3619	0.4451	1.6635	0.0844	-0.0073	0.024	0.0611	-0.0072	0.0857	-0.1604	0.0253	-0.0771	0.1206	0.0285	0.0141	0.0231	-0.046	0.2178	43.5294	90.8197	126.8868
5	0.5795	-0.0583	0.0233	1.8122	-0.701	1.4207	0.0088	0.016	0.0713	-0.024	0.0344	-0.0646	-0.2462	-0.0276	-0.0431	0.1316	-0.0314	0.004	0.0245	0.0268	0.1707	112.1476	89.1511	130.954
6	0.5861	0.2442	0.1781	1.0742	-0.6579	1.9854	0.0386	-0.0905	0.015	0.2915	-0.0496	-0.0991	-0.1653	0.0893	0.011	0.1407	-0.0256	-0.0283	0.0387	0.0047	0.1489	112.7185	63.8121	171.7854

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	14 - 499
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	14 - 499
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	12 - 499
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	13 - 499
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	14 - 499
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	14 - 499

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)