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万見
- PDB-5oem: Crystal Structure of Interferon Regulatory Factor 9 IAD Domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5oem
タイトルCrystal Structure of Interferon Regulatory Factor 9 IAD Domain
要素Interferon regulatory factor 9
キーワードTRANSCRIPTION / IRF9
機能・相同性
機能・相同性情報


ISGF3 complex / Interferon alpha/beta signaling / immune system process / sequence-specific double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Interferon regulatory factor-3 / Interferon-regulatory factor 3 / Interferon-regulatory factor 3 / Interferon regulatory factor, conserved site / IRF tryptophan pentad repeat DNA-binding domain signature. / Interferon regulatory factor transcription factor / interferon regulatory factor / IRF tryptophan pentad repeat DNA-binding domain profile. / Interferon regulatory factor DNA-binding domain / SMAD-like domain superfamily ...Interferon regulatory factor-3 / Interferon-regulatory factor 3 / Interferon-regulatory factor 3 / Interferon regulatory factor, conserved site / IRF tryptophan pentad repeat DNA-binding domain signature. / Interferon regulatory factor transcription factor / interferon regulatory factor / IRF tryptophan pentad repeat DNA-binding domain profile. / Interferon regulatory factor DNA-binding domain / SMAD-like domain superfamily / SMAD/FHA domain superfamily / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Interferon regulatory factor 9
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Rengachari, S. / Panne, D.
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2018
タイトル: Structural basis of STAT2 recognition by IRF9 reveals molecular insights into ISGF3 function.
著者: Rengachari, S. / Groiss, S. / Devos, J.M. / Caron, E. / Grandvaux, N. / Panne, D.
履歴
登録2017年7月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年1月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月31日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Interferon regulatory factor 9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,3382
ポリマ－21,2431
非ポリマー951
水57632
1
A: Interferon regulatory factor 9
ヘテロ分子

A: Interferon regulatory factor 9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,6764
ポリマ－42,4862
非ポリマー1902
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
Buried area2170 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area21450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.770, 76.770, 85.605
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Interferon regulatory factor 9 / IRF-9 / IFN-alpha-responsive transcription factor subunit / ISGF3 p48 subunit / Interferon- ...IRF-9 / IFN-alpha-responsive transcription factor subunit / ISGF3 p48 subunit / Interferon-stimulated gene factor 3 gamma / ISGF-3 gamma / Transcriptional regulator ISGF3 subunit gamma


分子量: 21242.975 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Irf9, Isgf3g / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q61179
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.12 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M HEPES pH 6.8, 1.5 M Ammonium phosphate monobasic and 0.1 M Ammonium sulphate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.966 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.966 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→35.989 Å / Num. obs: 22803 / % possible obs: 96.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.923 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.034 / Rrim(I) all: 0.041 / Χ2: 1.047 / Net I/σ(I): 14.81 / Num. measured all: 66645
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.9-2.012.3960.6561.4533140.8440.81588.3
2.01-2.153.0440.3773.1233950.9490.45696.8
2.15-2.323.1040.1795.9832740.9850.21598.8
2.32-2.542.9390.1019.2130050.9920.12398.8
2.54-2.843.1320.05815.7227450.9970.0799.4
2.84-3.283.0670.03824.6524300.9980.04598.9
3.28-4.012.8360.02633.7620610.9990.03298.2
4.01-5.643.0270.02240.3216180.9990.02797.9
5.64-35.9892.6880.02838.79610.9980.03496.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.10_2155精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3dsh

3dsh


解像度: 1.9→35.989 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 31.39
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2421 1927 5.03 %
Rwork0.2069 --
obs0.2086 38295 85.67 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 297.71 Å2 / Biso mean: 76.8937 Å2 / Biso min: 32.89 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→35.989 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1491 0 5 32 1528
Biso mean--68.35 55.73 -
残基数----189
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0141539
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2632099
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.068226
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008280
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.578930
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.897-1.94450.3418930.37611815190860
1.9445-1.9970.34351170.33412191230871
1.997-2.05580.31051320.30552479261182
2.0558-2.12210.33051360.29252599273586
2.1221-2.1980.33131370.27572642277986
2.198-2.2860.32161440.25892625276988
2.286-2.390.29381390.25652679281888
2.39-2.5160.27761410.2522631277287
2.516-2.67360.26981430.24492692283588
2.6736-2.87990.28881430.22262789293292
2.8799-3.16960.24441480.22512796294493
3.1696-3.62780.24561440.20772768291291
3.6278-4.56920.21671540.16562813296793
4.5692-35.99570.19331560.17422849300593
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 22.3049 Å / Origin y: 23.6272 Å / Origin z: 18.6301 Å
111213212223313233
T0.3054 Å20.041 Å2-0.0059 Å2-0.5231 Å20.0046 Å2--0.3016 Å2
L0.7357 °2-0.3581 °2-0.9006 °2-3.1148 °22.824 °2--5.2426 °2
S0.2634 Å °0.0553 Å °0.033 Å °-0.057 Å °-0.2498 Å °-0.0147 Å °-0.033 Å °-1.0026 Å °-0.0629 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA197 - 385
2X-RAY DIFFRACTION1allB1
3X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 32

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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