+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5odp | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Salinibacter ruber Single-Strand Binding protein D17K D71K mutant | ||||||
![]() |
| ||||||
![]() | DNA BINDING PROTEIN / Single-Strand Binding protein | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Pierechod, M. / Rothweiler, U. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Salinibacter ruber Single-Strand Binding protein D17K D71K mutant 著者: Pierechod, M. / Rothweiler, U. #1: ![]() タイトル: Single-strand binding protein 著者: Pierechod, M. / Willassen, N.P. / Rothweiler, U. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 63.7 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 43.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 5odnS S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21929.623 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: D17K and D71K point mutations 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: ssb, SRU_0523 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: DNA鎖 | 分子量: 2996.971 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: 75 synthetic poly T single stranded DNA / 由来: (合成) ![]() ![]() #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 10k 9.9% |
---|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年1月24日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.918 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.535→50 Å / Num. obs: 11326 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 12.7 % / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.122 / Net I/σ(I): 17.59 |
反射 シェル | 解像度: 2.535→2.69 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.19 / Num. unique obs: 1764 / CC1/2: 0.678 / Rrim(I) all: 1.244 / % possible all: 98.9 |
-
解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5ODN 解像度: 2.535→46.911 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.47
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.535→46.911 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
|