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- PDB-5odm: NtiPr polyamide in complex with 5'CGATGTACTACG3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5odm
タイトルNtiPr polyamide in complex with 5'CGATGTACTACG3
要素DNA (5'-D(*CP*GP*AP*TP*GP*TP*AP*CP*AP*TP*CP*G)-3')
キーワードDNA / minor groove binders- hairpin polyamides
機能・相同性Chem-9T8 / 5-propan-2-yl-1,3-thiazole-4-carbaldehyde / GAMMA-AMINO-BUTANOIC ACID / 4-AMINO-(1-METHYLIMIDAZOLE)-2-CARBOXYLIC ACID / 4-AMINO-(1-METHYLPYRROLE)-2-CARBOXYLIC ACID / DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / molecular dynamics / matrix relaxation
データ登録者Padroni, G. / Parkinson, J. / Burley, G.A.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2018
タイトル: Structural basis of DNA duplex distortion induced by thiazole-containing hairpin polyamides.
著者: Padroni, G. / Parkinson, J.A. / Fox, K.R. / Burley, G.A.
履歴
登録2017年7月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年12月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年12月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.32019年5月8日Group: Data collection
カテゴリ: chem_comp / pdbx_nmr_software / pdbx_seq_map_depositor_info
Item: _chem_comp.type / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_spectrometer / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.type / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*CP*GP*AP*TP*GP*TP*AP*CP*AP*TP*CP*G)-3')
B: DNA (5'-D(*CP*GP*AP*TP*GP*TP*AP*CP*AP*TP*CP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,58012
ポリマ－7,1652
非ポリマー1,41610
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: Tm analysis and circular dichroism
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area2010 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area4490 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 2000clustering
代表モデル

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要素

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DNA鎖 , 1種, 2分子 AB

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*GP*AP*TP*GP*TP*AP*CP*AP*TP*CP*G)-3')


分子量: 3582.424 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 5種, 10分子

#2: 化合物 ChemComp-9U2 / 5-propan-2-yl-1,3-thiazole-4-carbaldehyde


分子量: 155.217 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H9NOS
#3: 化合物
ChemComp-PYB / 4-AMINO-(1-METHYLPYRROLE)-2-CARBOXYLIC ACID / 1-メチル-4-アミノ-1H-ピロ-ル-2-カルボン酸


分子量: 140.140 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8N2O2
#4: 化合物 ChemComp-ABU / GAMMA-AMINO-BUTANOIC ACID / GAMMA(AMINO)-BUTYRIC ACID / GABA


分子量: 103.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H9NO2
#5: 化合物 ChemComp-IMT / 4-AMINO-(1-METHYLIMIDAZOLE)-2-CARBOXYLIC ACID


分子量: 141.128 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H7N3O2
#6: 化合物 ChemComp-9T8 / 3-(3-azaniumylpropanoylamino)propyl-dimethyl-azanium


分子量: 175.272 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H21N3O

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-1H NOESY
122isotropic12D 1H-1H NOESY
132isotropic12D DQF-COSY
142isotropic12D 1H-1H TOCSY
152isotropic12D 1H-13C HSQC
162isotropic11H-31PCOSY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution11.3 mM DNA (5'-D(*CP*GP*AP*TP*GP*TP*AP*CP*AP*TP*CP*G)-3'), 1.3 mM PA7, 90% H2O/10% D2OPA790% H2O/10% D2O
solution21.3 mM DNA (5'-D(*CP*GP*AP*TP*GP*TP*AP*CP*AP*TP*CP*G)-3'), 1.3 mM PA7, 100% D2OPA7-2100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.3 mMDNA (5'-D(*CP*GP*AP*TP*GP*TP*AP*CP*AP*TP*CP*G)-3')natural abundance1
1.3 mMPA7natural abundance1
1.3 mMDNA (5'-D(*CP*GP*AP*TP*GP*TP*AP*CP*AP*TP*CP*G)-3')natural abundance2
1.3 mMPA7natural abundance2
試料状態イオン強度: 100 phosphate mM / Label: Standard / pH: 7.4 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
AmberCase, Darden, Cheatham III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollman精密化
AmberCase, Darden, Cheatham III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollmanstructure calculation
SparkyGoddardchemical shift assignment
TopSpinBruker Biospin解析
MARDIGRASN. Ulyanovstructure calculation
精密化
手法ソフトェア番号
molecular dynamics1
matrix relaxation5
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: clustering / 計算したコンフォーマーの数: 2000 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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