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- PDB-5ocp: The periplasmic binding protein component of the arabinose ABC tr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ocp
タイトルThe periplasmic binding protein component of the arabinose ABC transporter from Shewanella sp. ANA-3 bound to alpha and beta-L-arabinofuranose
要素Periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / ABC transporter / periplasmic / binding protein / arabinose / arabinofuranose
機能・相同性
機能・相同性情報


outer membrane-bounded periplasmic space / carbohydrate binding
類似検索 - 分子機能
Periplasmic binding protein / Periplasmic binding protein domain / Response regulator / Periplasmic binding protein-like I / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / alpha-L-arabinofuranose / beta-L-arabinofuranose / Periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Shewanella sp. ANA-3 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Herman, R.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/N01040X/1 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: CHARACTERISATION OF A FURANOSE SPECIFIC ABC TRANSPORTER ESSENTIAL FOR ARABINOSE UTILISATION FROM THE LIGNOCELLULOSE DEGRADING BACTERIUM SHEWANELLA SP. ANA-3
著者: Herman, R. / Drousiotis, K. / Wilkinson, A.J. / Thomas, G.H.
履歴
登録2017年7月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年8月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02018年12月19日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / pdbx_nonpoly_scheme ...atom_site / pdbx_nonpoly_scheme / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.label_alt_id / _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
改定 3.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 3.12024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 3.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator
B: Periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,01015
ポリマ－65,6142
非ポリマー1,39613
水8,305461
1
A: Periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,6609
ポリマ－32,8071
非ポリマー8538
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,3506
ポリマ－32,8071
非ポリマー5435
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)73.917, 86.327, 87.282
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator / ABC transporter periplasmic-binding protein / GafA


分子量: 32806.957 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Amino acids 1 to 291 make up the protein in the periplasm. Amino acids 292 to 302 are part of a His-tag used for purification.
由来: (組換発現) Shewanella sp. ANA-3 (バクテリア)
遺伝子: Shewana3_2073 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Star / 参照: UniProt: A0KWY4

-
糖 , 2種, 4分子

#3: 糖 ChemComp-AHR / alpha-L-arabinofuranose / alpha-L-arabinose / L-arabinose / arabinose


タイプ: L-saccharide, alpha linking / 分子量: 150.130 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C5H10O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
LArafaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-L-arabinofuranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-L-ArafIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
AraSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 糖 ChemComp-FUB / beta-L-arabinofuranose / beta-L-arabinose / L-arabinose / arabinose


タイプ: L-saccharide, beta linking / 分子量: 150.130 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C5H10O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
LArafbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-L-arabinofuranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-L-ArafIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
AraSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 470分子

#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 461 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.04 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M Ammonium Nitrate, pH 6.2, 20 % PEG 3,350

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→43.64 Å / Num. obs: 62122 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.4 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Rpim(I) all: 0.032 / Rrim(I) all: 0.088 / Net I/σ(I): 3.77
反射 シェル解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.597 / CC1/2: 0.903 / Rpim(I) all: 0.237 / Rrim(I) all: 0.643 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
Aimless0.5.32データスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2VK2

2vk2


解像度: 1.7→43.64 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / SU B: 2.159 / SU ML: 0.071 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.106 / ESU R Free: 0.105
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2043 3081 5 %RANDOM
Rwork0.1669 ---
obs0.1687 58975 99.91 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 109.37 Å2 / Biso mean: 23.716 Å2 / Biso min: 8.99 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.16 Å2-0 Å2-0 Å2
2--1.91 Å20 Å2
3----0.74 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.7→43.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4618 0 92 461 5171
Biso mean--38.9 34.86 -
残基数----604
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0194762
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.024458
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0341.9586414
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.086310357
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.185596
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.6625.209215
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.61115809
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg24.6311524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1310.2727
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.025271
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02905
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.261 231 -
Rwork0.218 4272 -
all-4503 -
obs--99.73 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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