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- PDB-5obh: Crystal structure of glycine binding protein in complex with bicu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5obh
タイトルCrystal structure of glycine binding protein in complex with bicuculline
要素Soluble acetylcholine receptor
キーワードSIGNALING PROTEIN / receptor / acetylcholine binding
機能・相同性
機能・相同性情報


extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / transmembrane signaling receptor activity / metal ion binding / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Acetylcholine Binding Protein; Chain: A, / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Neurotransmitter-gated ion-channel / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain superfamily / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain / Distorted Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
triacetyl-beta-chitotriose / Chem-J94 / Soluble acetylcholine receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Aplysia californica (無脊椎動物)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Dawson, A. / Hunter, W.N. / Jones, M.
引用ジャーナル: Chembiochem / 年: 2020
タイトル: A Structural Rationale for N-Methylbicuculline Acting as a Promiscuous Competitive Antagonist of Inhibitory Pentameric Ligand-Gated Ion Channels.
著者: Jones, M.J. / Dawson, A. / Hales, T.G. / Hunter, W.N.
履歴
登録2017年6月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年8月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12021年6月30日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / citation / citation_author
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.country ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 2.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 2.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Soluble acetylcholine receptor
B: Soluble acetylcholine receptor
C: Soluble acetylcholine receptor
D: Soluble acetylcholine receptor
E: Soluble acetylcholine receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)144,70818
ポリマ－141,5485
非ポリマー3,15913
水7,278404
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15110 Å2
ΔGint-120 kcal/mol
Surface area43620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.243, 132.236, 132.631
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14A
24E
15B
25C
16B
26D
17B
27E
18C
28D
19C
29E
110D
210E

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: GLN / Beg label comp-ID: GLN / Refine code: _

Dom-IDEns-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ARGARGAA20 - 22520 - 225
21ARGARGBB20 - 22520 - 225
12ALAALAAA20 - 22620 - 226
22ALAALACC20 - 22620 - 226
13ARGARGAA20 - 22520 - 225
23ARGARGDD20 - 22520 - 225
14ALAALAAA20 - 22620 - 226
24ALAALAEE20 - 22620 - 226
15ARGARGBB20 - 22420 - 224
25ARGARGCC20 - 22420 - 224
16ARGARGBB20 - 22520 - 225
26ARGARGDD20 - 22520 - 225
17ARGARGBB20 - 22420 - 224
27ARGARGEE20 - 22420 - 224
18ARGARGCC20 - 22420 - 224
28ARGARGDD20 - 22420 - 224
19ALAALACC20 - 22620 - 226
29ALAALAEE20 - 22620 - 226
110ARGARGDD20 - 22420 - 224
210ARGARGEE20 - 22420 - 224

NCSアンサンブル:
ID
10
1
2
3
4
5
6
7
8
9

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 5分子 ABCDE

#1: タンパク質
Soluble acetylcholine receptor / Glycine binding protein


分子量: 28309.680 Da / 分子数: 5
変異: T53F, Q74R, Y110A, I135S, G162E, S206K, C207G, C208T, P209G
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aplysia californica (無脊椎動物)
細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q8WSF8

-
糖 , 2種, 3分子

#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / triacetyl-beta-chitotriose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 阻害剤 / 分子量: 627.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: oligosaccharide / 参照: triacetyl-beta-chitotriose
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1-1/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 414分子

#3: 化合物
ChemComp-J94 / (5S)-6,6-dimethyl-5-[(6R)-8-oxo-6,8-dihydrofuro[3,4-e][1,3]benzodioxol-6-yl]-5,6,7,8-tetrahydro[1,3]dioxolo[4,5-g]isoquinolin-6-ium / (1S,9R)-N-メチルビククリン


分子量: 382.387 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H20NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 404 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.26 % / 解説: block
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Reservoir buffer: 0.2 M ammonium formate, 20 % PEG 3350 Protein buffer: 50 mM tris, 250 mM NaCl, pH 7.5. 2 mM bicuculline

-
データ収集

回折平均測定温度: 150 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54157 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2016年11月16日
放射モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54157 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→46.82 Å / Num. obs: 49817 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 48.1 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 7.9
反射 シェル解像度: 2.4→2.48 Å / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.776 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 4510 / CC1/2: 0.826 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5oan

5oan


解像度: 2.4→46.82 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / SU B: 10.024 / SU ML: 0.226 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.479 / ESU R Free: 0.263 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24944 2447 4.9 %RANDOM
Rwork0.22955 ---
obs0.23054 47302 99.93 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 45.177 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.12 Å20 Å20 Å2
2--0.27 Å20 Å2
3----1.38 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.4→46.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8192 0 215 404 8811
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0198636
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.027629
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4181.94711811
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.919317742
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.64651020
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.70324.212406
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.774151370
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.4111555
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.21302
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0219975
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021773
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.7554.3474100
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.7554.3494101
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.6346.495109
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.6296.495109
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.7734.9544536
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.7734.9564537
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.6377.3156696
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.74650.5349092
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.73950.5169046
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A127240.06
12B127240.06
21A128480.06
22C128480.06
31A128520.05
32D128520.05
41A127740.05
42E127740.05
51B126000.06
52C126000.06
61B127620.05
62D127620.05
71B126340.06
72E126340.06
81C126960.06
82D126960.06
91C126840.07
92E126840.07
101D126840.05
102E126840.05
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.299 211 -
Rwork0.283 3411 -
obs--99.94 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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