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- PDB-5ob3: iSpinach aptamer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ob3
タイトルiSpinach aptamer
要素RNA aptamer (69-MER)
キーワードRNA / aptamer / iSpinach / DFHBI
機能・相同性Chem-1TU / : / SPERMINE / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.004 Å
データ登録者Fernandez-Millan, P. / Autour, A. / Westhof, E. / Ryckelynck, M.
引用ジャーナル: RNA / 年: 2017
タイトル: Crystal structure and fluorescence properties of the iSpinach aptamer in complex with DFHBI.
著者: Fernandez-Millan, P. / Autour, A. / Ennifar, E. / Westhof, E. / Ryckelynck, M.
履歴
登録2017年6月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年10月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年10月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22017年11月29日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA aptamer (69-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,9085
ポリマ－22,3731
非ポリマー5354
水91951
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area790 Å2
ΔGint1 kcal/mol
Surface area12100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)150.700, 48.500, 30.100
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.860, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-203-

HOH

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要素

#1: RNA鎖 RNA aptamer (69-MER)


分子量: 22373.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物 ChemComp-1TU / 4-(3,5-difluoro-4-hydroxybenzyl)-1,2-dimethyl-1H-imidazol-5-ol


分子量: 254.233 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H12F2N2O2
#3: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物 ChemComp-SPM / SPERMINE / スペルミン


分子量: 202.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H26N4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 51 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.94 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 40 mM NaCl, 40 mM Sodium cacodylate pH 7.0, 32% MPD, 12 mM Spermine

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1.80002 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年3月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.80002 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.004→46.17 Å / Num. obs: 27458 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 15.6 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.103 / Rrim(I) all: 0.106 / Net I/σ(I): 17.6
反射 シェル解像度: 2.004→2.12 Å / 冗長度: 9.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 2470 / CC1/2: 0.82 / % possible all: 91.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4q9r.pdb

4q9r


解像度: 2.004→46.166 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 29.47
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2226 1406 5.12 %
Rwork0.1983 --
obs0.1996 27458 96.02 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 145.08 Å2 / Biso mean: 62.5115 Å2 / Biso min: 22.68 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.004→46.166 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 1483 46 51 1580
Biso mean--43.53 43.06 -
残基数----69
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061690
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1872626
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05345
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00771
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.705838
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.004-2.07570.29331030.35071700180364
2.0757-2.15880.31751260.27232674280097
2.1588-2.2570.29541360.236627102846100
2.257-2.3760.28791530.240426942847100
2.376-2.52490.29731580.223327052863100
2.5249-2.71980.28421450.25127482893100
2.7198-2.99340.3191400.253627162856100
2.9934-3.42650.24641160.210527082824100
3.4265-4.31650.18131570.175427082865100
4.3165-46.17790.17151720.147926892861100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.19660.3344-3.42411.98851.54954.34590.064-0.355-0.25540.8133-0.22860.7171-0.3712-1.26120.15050.75850.23910.20140.89120.04290.7769-57.22212.17279.1736
25.1115-0.3596-0.36532.5087-0.36672.2406-0.10060.27910.2924-0.0423-0.0471-0.45830.16840.52680.05990.31890.0012-0.01680.38730.04780.3115-24.505314.5684-8.6073
39.65290.35554.97081.90950.16322.94360.51310.06190.0921-0.0757-0.3551-0.80240.3690.3110.12010.39150.013-0.02930.58170.0120.6294-11.119514.7252-7.898
42.39560.6707-1.24484.16090.07112.5731-0.1004-0.0255-0.23070.44880.1143-0.14070.24220.21140.09160.30460.021-0.03390.2185-0.00880.2326-33.1967.1393-3.223
52.95861.5213-1.05331.89361.19143.0953-0.2235-0.62710.19960.67680.10560.8894-0.2908-1.0601-0.03120.60430.16150.20180.90220.06140.7016-59.480514.889411.2808
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 13 )A1 - 13
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 14 through 30 )A14 - 30
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 31 through 42 )A31 - 42
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 43 through 56 )A43 - 56
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 57 through 69 )A57 - 69

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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