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- PDB-5o9i: Crystal structure of transcription factor IIB Mvu mini-intein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5o9i
タイトルCrystal structure of transcription factor IIB Mvu mini-intein
要素Transcription initiation factor IIB,Transcription initiation factor IIB
キーワードTRANSCRIPTION / Transcription factor IIB / Mini-intein / HINT fold
機能・相同性
機能・相同性情報


transcription preinitiation complex assembly / intein-mediated protein splicing / TBP-class protein binding / endonuclease activity / DNA-binding transcription factor activity / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Transcription initiation factor TFIIB, archaea / Endonuclease - Pi-scei; Chain A, domain 1 / Hedgehog/Intein (Hint) domain / Intein splicing domain / Intein / Intein DOD homing endonuclease / Intein DOD-type homing endonuclease domain profile. / Intein C-terminal splicing region / Intein C-terminal splicing motif profile. / Hint domain C-terminal ...Transcription initiation factor TFIIB, archaea / Endonuclease - Pi-scei; Chain A, domain 1 / Hedgehog/Intein (Hint) domain / Intein splicing domain / Intein / Intein DOD homing endonuclease / Intein DOD-type homing endonuclease domain profile. / Intein C-terminal splicing region / Intein C-terminal splicing motif profile. / Hint domain C-terminal / Hint (Hedgehog/Intein) domain C-terminal region / Intein N-terminal splicing region / Intein N-terminal splicing motif profile. / Hint domain N-terminal / Hint (Hedgehog/Intein) domain N-terminal region / Transcription factor TFIIB, cyclin-like domain / Transcription factor TFIIB, conserved site / Transcription factor TFIIB repeat / Transcription factor TFIIB repeat signature. / Hint domain superfamily / Transcription factor TFIIB / Zinc finger TFIIB-type profile. / Zinc finger, TFIIB-type / TFIIB zinc-binding / Cyclin-like / domain present in cyclins, TFIIB and Retinoblastoma / Cyclin-like superfamily / Beta Complex / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcription initiation factor IIB
類似検索 - 構成要素
生物種Methanocaldococcus vulcanius (メタン生成菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Mikula, K.M. / Iwai, H. / Li, M. / Wlodawer, A.
資金援助 フィンランド, 米国, 3件
組織認可番号国
Academy of Finland1131413 フィンランド
Academy of Finland137995 フィンランド
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)HHSN261200800001E 米国
引用ジャーナル: J. Mol. Biol. / 年: 2017
タイトル: Structural Basis for the Persistence of Homing Endonucleases in Transcription Factor IIB Inteins.
著者: Iwai, H. / Mikula, K.M. / Oeemig, J.S. / Zhou, D. / Li, M. / Wlodawer, A.
履歴
登録2017年6月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年11月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年12月6日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22022年3月30日Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年6月19日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcription initiation factor IIB,Transcription initiation factor IIB
B: Transcription initiation factor IIB,Transcription initiation factor IIB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,1292
ポリマ－44,1292
非ポリマー00
水28816
1
A: Transcription initiation factor IIB,Transcription initiation factor IIB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,0641
ポリマ－22,0641
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Transcription initiation factor IIB,Transcription initiation factor IIB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,0641
ポリマ－22,0641
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)108.183, 67.245, 51.226
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.43, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1010A5 - 194
2010B5 - 194

-
要素

#1: タンパク質 Transcription initiation factor IIB,Transcription initiation factor IIB / TFIIB


分子量: 22064.412 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanocaldococcus vulcanius (メタン生成菌)
株: ATCC 700851 / DSM 12094 / M7 / 遺伝子: tfb, Metvu_0030 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C9REA0
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.34 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: calcium chloride, PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.9677 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年6月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9677 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→56.7 Å / Num. obs: 12418 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 7.6 % / Rmerge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 13.3
反射 シェル解像度: 2.5→2.67 Å / 冗長度: 7.8 % / Rmerge(I) obs: 1.011 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 96.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
MR-Rosetta位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→56.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / SU B: 36.297 / SU ML: 0.363 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.09 / ESU R Free: 0.344 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27847 580 4.7 %RANDOM
Rwork0.22162 ---
obs0.22444 11837 99.49 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 81.158 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.82 Å2-0 Å2-0.47 Å2
2--2.03 Å20 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.5→56.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2757 0 0 16 2773
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0192801
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022765
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9571.9733773
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.10136422
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.6135343
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.35225.242124
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg22.08915536
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.2841512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1240.2439
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0213030
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02526
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.9224.4471384
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.9224.4471383
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.756.6631723
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.7496.6631724
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.9964.8351416
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.9934.8351414
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.0337.0812050
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined8.83552.9533028
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other8.81952.9333027
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 9930 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.14 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.505→2.57 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.362 35 -
Rwork0.338 837 -
obs--93.76 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.7377-1.4067-0.61081.0086-0.85771.59610.34621.9584-0.30690.3465-0.6008-0.0521-0.6814-0.00070.25460.3140.0594-0.04270.7440.01860.234828.31921.58553.632
25.8988-0.41540.41890.37410.40280.58750.15720.3163-0.04930.0296-0.0988-0.0190.0353-0.0422-0.05840.16240.00810.02670.1165-0.01840.323614.53527.51421.657
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A4 - 194
2X-RAY DIFFRACTION2B4 - 194

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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