PDB-5o9c: Crystal structure of Omp36 from Enterobacter aerogenes

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5o9c

タイトル

Crystal structure of Omp36 from Enterobacter aerogenes

要素

Osmoporin Omp36

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / Beta-barrell / outer-membrane / channel / porin

機能・相同性

機能・相同性情報

porin activity / pore complex / cell outer membrane / monoatomic ion transmembrane transport
類似検索 - 分子機能

生物種

Klebsiella aerogenes (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.469 Å

データ登録者

Ferrara, L. / Naismith, J.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Omp36 from Enterobacter aerogenes
著者: Ferrara, L. / Naismith, J.

履歴

登録	2017年6月17日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年6月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年10月16日	Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell
改定 1.2	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5o9c.cif.gz	526.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5o9c.ent.gz	436.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5o9c.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5o9c_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5o9c_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	5o9c_validation.xml.gz	48.5 KB	表示
CIF形式データ	5o9c_validation.cif.gz	66.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o9/5o9c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o9/5o9c	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4d5u-1 3k19-3 4lse-d 4gcp-1 3hw9-1 4d5u-2 3k19-4 2xe3-2 4gcp-2 3pou-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

類似構造データ

Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

C: Osmoporin Omp36

A: Osmoporin Omp36

D: Osmoporin Omp36

B: Osmoporin Omp36

ヘテロ分子

159 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

C: Osmoporin Omp36

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
118 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

D: Osmoporin Omp36

ヘテロ分子

D: Osmoporin Omp36

ヘテロ分子

D: Osmoporin Omp36

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
119 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

B: Osmoporin Omp36

ヘテロ分子

B: Osmoporin Omp36

ヘテロ分子

B: Osmoporin Omp36

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
120 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

A: Osmoporin Omp36

ヘテロ分子

A: Osmoporin Omp36

ヘテロ分子

A: Osmoporin Omp36

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
119 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	125.098, 125.098, 126.542
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	143
Space group name H-M	P3

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	D-512- HOH
2	1	D-518- HOH
3	1	B-513- HOH

#1: タンパク質	Osmoporin Omp36 分子量: 39329.250 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Klebsiella aerogenes (バクテリア) 遺伝子: omp36 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9ALY0
#2: 化合物	ChemComp-C8E / (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE / テトラエチレングリコ-ルモノオクチルエ-テル分子量: 306.438 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₃₄O₅ / コメント: C8E, 可溶化剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 98 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.63 Å³/Da / 溶媒含有率: 66.15 %
結晶化	温度: 298.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1 M Tris pH 8.5, 8% PEG 8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.917 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年2月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.917 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.46→56.073 Å / Num. obs: 79038 / % possible obs: 99.27 % / 冗長度: 3.1 % / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 9.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575: ???)	精密化
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

解像度: 2.469→56.073 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.58 / 位相誤差: 23.46

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2394	3923	4.97 %
R_work	0.1934	-	-
obs	0.1957	79012	99.28 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.469→56.073 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10924	0	71	98	11093

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	11227
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.965	15167
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	8.786	6395
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.055	1536
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	2028

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.4689-2.4991	0.3117	116	0.1977	2740	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4991-2.5307	0.2504	158	0.1859	2684	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5307-2.564	0.247	114	0.1732	2694	X-RAY DIFFRACTION	100
2.564-2.5991	0.2363	140	0.1653	2661	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5991-2.6362	0.2589	144	0.1656	2705	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6362-2.6756	0.2282	122	0.17	2739	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6756-2.7174	0.2343	156	0.1665	2691	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7174-2.7619	0.2392	106	0.1743	2661	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7619-2.8096	0.2596	150	0.1707	2701	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8096-2.8607	0.2558	155	0.1811	2701	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8607-2.9157	0.2562	124	0.1917	2732	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9157-2.9752	0.2658	158	0.1874	2679	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9752-3.0399	0.2367	164	0.1767	2636	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0399-3.1106	0.2372	140	0.1815	2681	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1106-3.1884	0.2476	122	0.1953	2702	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1884-3.2746	0.2394	160	0.1967	2684	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2746-3.3709	0.2688	136	0.1815	2686	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3709-3.4797	0.2031	128	0.2065	2700	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4797-3.604	0.2329	152	0.2029	2664	X-RAY DIFFRACTION	99
3.604-3.7483	0.251	150	0.2065	2654	X-RAY DIFFRACTION	99
3.7483-3.9189	0.2945	112	0.2086	2723	X-RAY DIFFRACTION	99
3.9189-4.1254	0.1945	148	0.1891	2681	X-RAY DIFFRACTION	99
4.1254-4.3838	0.2051	164	0.1823	2625	X-RAY DIFFRACTION	99
4.3838-4.7221	0.2437	130	0.1754	2673	X-RAY DIFFRACTION	99
4.7221-5.197	0.2201	160	0.182	2681	X-RAY DIFFRACTION	99
5.197-5.9483	0.2242	144	0.2067	2655	X-RAY DIFFRACTION	99
5.9483-7.4914	0.2421	142	0.2381	2630	X-RAY DIFFRACTION	98
7.4914-56.0874	0.2691	128	0.2684	2626	X-RAY DIFFRACTION	96

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 93.951 Å / Origin y: 109.7339 Å / Origin z: 54.0587 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0479 Å²	-0.0132 Å²	-0.002 Å²	-	0.0592 Å²	0.0142 Å²	-	-	0.0512 Å²
L	0.0116 °²	-0.0552 °²	-0.0015 °²	-	-0.0271 °²	0.0149 °²	-	-	-0.0007 °²
S	-0.0032 Å °	-0.0111 Å °	-0.01 Å °	-0.0211 Å °	0.0104 Å °	-0.0217 Å °	-0.0119 Å °	0.0228 Å °	-0.0037 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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