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- PDB-5o98: Binary complex of Catharanthus roseus Vitrosamine Synthase with NADP+ -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5o98
タイトルBinary complex of Catharanthus roseus Vitrosamine Synthase with NADP+
要素Alcohol dehydrogenase 1
キーワードOXIDOREDUCTASE / Alkaloid / natural product / biosynthesis / short chain dehydrogenase
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる / oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / nucleotide binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Carbonyl reductase [NADPH] 1-like / short chain dehydrogenase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Short-chain dehydrogenase/reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Catharanthus roseus (ニチニチカ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Stavrinides, A.K. / Tatsis, E.C. / Dang, T.T. / Caputi, L. / Stevenson, C.E.M. / Lawson, D.M. / Schneider, B. / O'Connor, S.E.
資金援助 英国, 4件
組織認可番号国
European Research Council311363 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/J004561/1 (MET) 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/N007905/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilDoctoral Training Partnership 英国
引用ジャーナル: Chembiochem / 年: 2018
タイトル: Discovery of a Short-Chain Dehydrogenase from Catharanthus roseus that Produces a New Monoterpene Indole Alkaloid.
著者: Stavrinides, A.K. / Tatsis, E.C. / Dang, T.T. / Caputi, L. / Stevenson, C.E.M. / Lawson, D.M. / Schneider, B. / O'Connor, S.E.
履歴
登録2017年6月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年2月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年4月4日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22018年5月16日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Alcohol dehydrogenase 1
B: Alcohol dehydrogenase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,5094
ポリマ－69,0222
非ポリマー1,4872
水7,152397
1
A: Alcohol dehydrogenase 1
ヘテロ分子


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering, The protein sample was monodisperse with an estimated molecular size of 32 kDa, this being similar to the calculated molecular mass of 34,469 Da for the His-tagged ...根拠: light scattering, The protein sample was monodisperse with an estimated molecular size of 32 kDa, this being similar to the calculated molecular mass of 34,469 Da for the His-tagged construct, gel filtration, The sample elution profile was consistent with a monomeric species.
  • 35.3 kDa, 1 ポリマー
  • Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,2552
ポリマ－34,5111
非ポリマー7431
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Alcohol dehydrogenase 1
ヘテロ分子


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering, The protein sample was monodisperse with an estimated molecular size of 32 kDa, this being similar to the calculated molecular mass of 34,469 Da for the His-tagged ...根拠: light scattering, The protein sample was monodisperse with an estimated molecular size of 32 kDa, this being similar to the calculated molecular mass of 34,469 Da for the His-tagged construct, gel filtration, The sample elution profile was consistent with a monomeric species.
  • 35.3 kDa, 1 ポリマー
  • Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,2552
ポリマ－34,5111
非ポリマー7431
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.830, 61.020, 162.030
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Refine code: _ / Auth seq-ID: 7 - 299 / Label seq-ID: 25 - 317

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

-
要素

#1: タンパク質 Alcohol dehydrogenase 1


分子量: 34511.199 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Native N-terminal MET is replaced by an affinity tag with the sequence MAHHHHHHSSGLEVLFQGP
由来: (組換発現) Catharanthus roseus (ニチニチカ)
プラスミド: pOPINF / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): solu / 参照: UniProt: A0A0C5DR25
#2: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 397 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.62 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: NULL

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→55.3 Å / Num. obs: 85013 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 9 % / Biso Wilson estimate: 28.8 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Rpim(I) all: 0.024 / Rrim(I) all: 0.08 / Net I/σ(I): 17
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.55-1.594.71.120.6140.5491.25596.5
6.93-55.39.70.0950.9930.0320.199.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.14データスケーリング
REFMAC5.8.0158精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
PHASER位相決定
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3O26

3o26


解像度: 1.55→55.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.976 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.969 / SU B: 3.297 / SU ML: 0.06 / SU R Cruickshank DPI: 0.0754 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.075 / ESU R Free: 0.074
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1903 4304 5.1 %RANDOM
Rwork0.169 ---
obs0.1701 80707 99.43 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 116.74 Å2 / Biso mean: 37.404 Å2 / Biso min: 20.15 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.55 Å20 Å20 Å2
2--0.62 Å20 Å2
3----1.17 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.55→55.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4292 0 96 409 4797
Biso mean--27.38 44.78 -
残基数----565
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0194559
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.024254
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4972.0066203
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9339890
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4245579
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.30425.217184
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.56415777
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg9.4761519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.2715
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0215064
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02889
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 17934 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.07 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 1.55→1.59 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.379 316 -
Rwork0.382 5688 -
all-6004 -
obs--96.2 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.4702-1.37480.18323.1567-0.2931.674-0.0005-0.05410.15920.05740.0468-0.2168-0.04230.3604-0.04630.0189-0.0158-0.02640.1045-0.00250.0588-0.3908-14.858555.4928
23.03510.6898-2.63151.629-0.8755.29250.1025-0.52920.03740.2756-0.1020.0307-0.0450.5919-0.00050.0693-0.0131-0.03130.09910.00020.072-12.1984-14.795161.1049
31.907-0.1196-1.72591.06960.2053.6110.05850.140.10970.0848-0.02730.3279-0.1738-0.4057-0.03120.06810.0216-0.0020.06720.01660.153-23.3565-8.911154.9647
41.4967-0.24530.58852.0559-1.34795.3306-0.0136-0.0942-0.27490.04220.01040.25310.4628-0.30850.00330.1019-0.0280.00270.06520.01420.1459-16.3493-24.309352.9054
52.1761-0.08090.28622.52440.13923.14530.0731-0.3432-0.05910.3086-0.12840.16690.0637-0.36040.05540.0487-0.04730.01250.12220.00770.0189-45.5876-37.134373.5271
64.3172-0.27071.05211.9205-0.34142.40130.10180.0154-0.12090.0322-0.1404-0.27530.22330.14780.03870.05210.01480.00450.03180.03250.0552-34.4753-42.627564.4946
73.88791.45552.36883.47981.9076.06970.16650.339-0.2083-0.2398-0.0256-0.48180.26060.6127-0.14090.11220.12460.01790.20350.03340.2745-22.3343-47.883558.922
81.8221-0.18960.82071.67090.40933.50980.13580.16070.0941-0.1637-0.1691-0.1633-0.11890.18520.03330.02990.01740.01780.04660.03630.0337-37.6464-34.52359.2538
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A7 - 80
2X-RAY DIFFRACTION2A81 - 123
3X-RAY DIFFRACTION3A124 - 246
4X-RAY DIFFRACTION4A247 - 299
5X-RAY DIFFRACTION5B7 - 121
6X-RAY DIFFRACTION6B122 - 177
7X-RAY DIFFRACTION7B178 - 220
8X-RAY DIFFRACTION8B221 - 299

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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