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万見
- PDB-5o95: Structure of the putative methyltransferase Lpg2936 from Legionel... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5o95
タイトルStructure of the putative methyltransferase Lpg2936 from Legionella pneumophila
要素Ribosomal RNA small subunit methyltransferase E
キーワードTRANSFERASE / RNA methyltransferase / RsmE-like
機能・相同性
機能・相同性情報


16S rRNA (uracil1498-N3)-methyltransferase / methyltransferase activity / rRNA processing / methylation / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribosomal RNA small subunit methyltransferase E, methyltransferase domain / Ribosomal RNA small subunit methyltransferase E, PUA-like domain / RNA methyltransferase PUA domain / Hypothetical PUA domain-like; domain 1 / Ribosomal RNA small subunit methyltransferase E / RNA methyltransferase domain / Ribosomal Protein L25; Chain P / SPOUT methyltransferase, trefoil knot domain / Alpha/beta knot / tRNA (guanine-N1-)-methyltransferase, N-terminal ...Ribosomal RNA small subunit methyltransferase E, methyltransferase domain / Ribosomal RNA small subunit methyltransferase E, PUA-like domain / RNA methyltransferase PUA domain / Hypothetical PUA domain-like; domain 1 / Ribosomal RNA small subunit methyltransferase E / RNA methyltransferase domain / Ribosomal Protein L25; Chain P / SPOUT methyltransferase, trefoil knot domain / Alpha/beta knot / tRNA (guanine-N1-)-methyltransferase, N-terminal / Alpha/beta knot methyltransferases / PUA-like superfamily / Beta Barrel / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ribosomal RNA small subunit methyltransferase E
類似検索 - 構成要素
生物種Legionella pneumophila (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.491 Å
データ登録者Pinotsis, N. / Waksman, G.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
European Research Council321630 英国
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2017
タイトル: Crystal structure of the Legionella pneumophila Lpg2936 in complex with the cofactor S-adenosyl-L-methionine reveals novel insights into the mechanism of RsmE family methyltransferases.
著者: Pinotsis, N. / Waksman, G.
履歴
登録2017年6月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年11月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月29日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribosomal RNA small subunit methyltransferase E
B: Ribosomal RNA small subunit methyltransferase E
C: Ribosomal RNA small subunit methyltransferase E
D: Ribosomal RNA small subunit methyltransferase E


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,3794
ポリマ－109,3794
非ポリマー00
水21,6361201
1
A: Ribosomal RNA small subunit methyltransferase E
B: Ribosomal RNA small subunit methyltransferase E


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,6892
ポリマ－54,6892
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2950 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area22920 Å2
手法PISA
2
C: Ribosomal RNA small subunit methyltransferase E
D: Ribosomal RNA small subunit methyltransferase E


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,6892
ポリマ－54,6892
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2970 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area22900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.785, 144.777, 64.086
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.13, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Ribosomal RNA small subunit methyltransferase E / Methyltransferase


分子量: 27344.740 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Legionella pneumophila (バクテリア)
遺伝子: lpg2936 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q5ZRE6, 16S rRNA (uracil1498-N3)-methyltransferase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1201 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.93 % / 解説: beautiful crystals
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Optimised from morpheus screen: Mes/Imidazole pH 6.5 0.1 M EDO_Peg8K 27% Alcohols: 0.14 M

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.965 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年2月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.965 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.49→47.56 Å / Num. obs: 173267 / % possible obs: 95 % / 冗長度: 2.4 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.044 / Net I/σ(I): 10.6
反射 シェル解像度: 1.49→1.57 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.752 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique all: 23778 / CC1/2: 0.725 / % possible all: 89.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1NXZ

1nxz


解像度: 1.491→47.56 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.9
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2095 8553 4.94 %
Rwork0.1791 --
obs0.1806 173103 94.74 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.491→47.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7625 0 0 1201 8826
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0078016
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.85710868
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.863134
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0811225
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061429
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.491-1.570.37232280.397623778X-RAY DIFFRACTION89.3
2.4211-2.54870.20282890.16125484X-RAY DIFFRACTION94
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.53810.70870.44062.86821.43631.22580.0007-0.14460.10820.3913-0.14770.22170.0558-0.13180.1020.21630.0029-0.01840.156-0.00920.1913-5.741718.26477.4441
21.6102-0.13420.61281.84160.01182.06740.066-0.1257-0.05270.0587-0.01610.2930.1438-0.2315-0.04350.1111-0.0168-0.00780.1175-0.00010.1524-12.0158-3.5854-4.4441
30.81640.57720.24192.735-0.94630.94150.0554-0.12180.06060.1716-0.06660.0037-0.0343-0.02920.0090.13130.0208-0.00780.1466-0.02770.15276.982-16.064113.7975
42.3403-0.22710.66121.1073-0.43261.275-0.08460.180.2043-0.1734-0.0675-0.3148-0.07020.31950.10720.1261-0.00730.03210.18370.04030.208716.56781.1209-1.9396
51.09321.00430.15132.7035-0.35260.90870.02360.035-0.07130.0089-0.0705-0.18310.06590.12450.06350.15430.0346-0.01840.1463-0.01210.112938.2259-12.866340.8102
61.38260.28510.39731.40190.26522.45550.0377-0.2814-0.0780.2892-0.03440.15650.2061-0.2012-0.01840.1723-0.01770.03820.16620.00950.120420.3595-30.737647.2602
70.9809-1.14810.61992.9062-0.90920.84350.11260.1290.0444-0.1752-0.153-0.37240.13470.20130.04350.19380.0156-0.00640.15780.00290.190534.3457-47.624927.4385
81.7950.0380.58591.80050.20651.8245-0.06690.19910.0945-0.2458-0.005-0.105-0.09040.13830.06530.16080.004-0.00170.12410.0090.113123.4565-25.668119.2587
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'D' and ((resseq 4:153))
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'D' and ((resseq 154:244))
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'C' and ((resseq 4:153))
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'C' and ((resseq 154:244))
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and ((resseq 1:153))
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and ((resseq 154:244))
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and ((resseq 3:153))
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and ((resseq 154:244))

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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