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- PDB-5o90: Crystal structure of a P38alpha T185G mutant in complex with TAB1... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5o90
タイトルCrystal structure of a P38alpha T185G mutant in complex with TAB1 peptide.
要素
  • Mitogen-activated protein kinase 14
  • TGF-beta-activated kinase 1 and MAP3K7-binding protein 1
キーワードTRANSFERASE / MAPK14 TRANSFERASE TAB1
機能・相同性
機能・相同性情報


cardiac septum development / p38MAPK events / Activation of the AP-1 family of transcription factors / Platelet sensitization by LDL / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / ERK/MAPK targets / myoblast differentiation involved in skeletal muscle regeneration / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in pigmentation / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation / NOD1/2 Signaling Pathway ...cardiac septum development / p38MAPK events / Activation of the AP-1 family of transcription factors / Platelet sensitization by LDL / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / ERK/MAPK targets / myoblast differentiation involved in skeletal muscle regeneration / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in pigmentation / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation / NOD1/2 Signaling Pathway / Oxidative Stress Induced Senescence / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / Myogenesis / positive regulation of cGAS/STING signaling pathway / VEGFA-VEGFR2 Pathway / coronary vasculature development / non-canonical NF-kappaB signal transduction / aorta development / regulation of synaptic membrane adhesion / stress-induced premature senescence / cell surface receptor protein serine/threonine kinase signaling pathway / positive regulation of myoblast fusion / cartilage condensation / cellular response to UV-B / protein serine/threonine phosphatase activity / mitogen-activated protein kinase p38 binding / positive regulation of myotube differentiation / NFAT protein binding / regulation of cytokine production involved in inflammatory response / D-glucose import / p38MAPK cascade / fatty acid oxidation / cellular response to lipoteichoic acid / response to muramyl dipeptide / response to dietary excess / MAP kinase activity / regulation of ossification / cellular response to vascular endothelial growth factor stimulus / JUN kinase activity / mitogen-activated protein kinase / chondrocyte differentiation / negative regulation of hippo signaling / positive regulation of myoblast differentiation / vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / heart morphogenesis / skeletal muscle tissue development / stress-activated MAPK cascade / positive regulation of cardiac muscle cell proliferation / striated muscle cell differentiation / response to muscle stretch / positive regulation of brown fat cell differentiation / positive regulation of interleukin-12 production / Neutrophil degranulation / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex / Alpha-protein kinase 1 signaling pathway / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / TICAM1,TRAF6-dependent induction of TAK1 complex / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / TRAF6-mediated induction of TAK1 complex within TLR4 complex / osteoclast differentiation / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / positive regulation of erythrocyte differentiation / protein serine/threonine kinase activator activity / DNA damage checkpoint signaling / JNK (c-Jun kinases) phosphorylation and activation mediated by activated human TAK1 / TNFR1-induced NF-kappa-B signaling pathway / positive regulation of D-glucose import / cellular response to ionizing radiation / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation / stem cell differentiation / response to insulin / placenta development / lung development / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / NOD1/2 Signaling Pathway / cell morphogenesis / bone development / cellular response to virus / CLEC7A (Dectin-1) signaling / FCERI mediated NF-kB activation / positive regulation of protein import into nucleus / Interleukin-1 signaling / glucose metabolic process / spindle pole / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / osteoblast differentiation / kinase activity / MAPK cascade / cellular response to tumor necrosis factor / peptidyl-serine phosphorylation / cellular response to lipopolysaccharide / protein phosphatase binding / angiogenesis / molecular adaptor activity / response to lipopolysaccharide / in utero embryonic development / transcription by RNA polymerase II / protein kinase activity
類似検索 - 分子機能
Protein phosphatase 2C / Protein phosphatase 2C family / Serine/threonine phosphatases, family 2C, catalytic domain / PPM-type phosphatase domain profile. / PPM-type phosphatase-like domain / PPM-type phosphatase-like domain superfamily / Mitogen-activated protein kinase 14 / Mitogen-activated protein (MAP) kinase p38-like / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. ...Protein phosphatase 2C / Protein phosphatase 2C family / Serine/threonine phosphatases, family 2C, catalytic domain / PPM-type phosphatase domain profile. / PPM-type phosphatase-like domain / PPM-type phosphatase-like domain superfamily / Mitogen-activated protein kinase 14 / Mitogen-activated protein (MAP) kinase p38-like / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / : / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-SB4 / Mitogen-activated protein kinase 14 / TGF-beta-activated kinase 1 and MAP3K7-binding protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.49 Å
データ登録者Nichols, C.E. / De Nicola, G.F. / Thapa, D.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
BHFBHF - FS/14/29/30896 - DE NICOLA 英国
引用ジャーナル: Mol. Cell. Biol. / 年: 2018
タイトル: TAB1-Induced Autoactivation of p38 alpha Mitogen-Activated Protein Kinase Is Crucially Dependent on Threonine 185.
著者: Thapa, D. / Nichols, C. / Bassi, R. / Martin, E.D. / Verma, S. / Conte, M.R. / De Santis, V. / De Nicola, G.F. / Marber, M.S.
履歴
登録2017年6月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年2月21日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitogen-activated protein kinase 14
B: TGF-beta-activated kinase 1 and MAP3K7-binding protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,7353
ポリマ－44,3972
非ポリマー3381
水1448
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: isothermal titration calorimetry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2740 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area16180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.920, 73.580, 58.970
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.09, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Mitogen-activated protein kinase 14 / MAPK 14 / CRK1 / Mitogen-activated protein kinase p38 alpha / MAP kinase p38 alpha


分子量: 41294.109 Da / 分子数: 1 / 変異: T185G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Mapk14, Crk1, Csbp1, Csbp2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta 2 / 参照: UniProt: P47811, mitogen-activated protein kinase
#2: タンパク質・ペプチド TGF-beta-activated kinase 1 and MAP3K7-binding protein 1 / Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 7-interacting protein 1 / TGF-beta-activated kinase ...Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 7-interacting protein 1 / TGF-beta-activated kinase 1-binding protein 1 / TAK1-binding protein 1


分子量: 3102.515 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 386-414 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15750
#3: 化合物 ChemComp-SB4 / 4-(4-FLUOROPHENYL)-1-(4-PIPERIDINYL)-5-(2-AMINO-4-PYRIMIDINYL)-IMIDAZOLE / SB220025 / 4-[1-(ピペリジン-4-イル)-4-(4-フルオロフェニル)-5-イミダゾリル]ピリミジン-2-アミン


分子量: 338.382 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H19FN6
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.12 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 20% PEG3350 0.2M Na/K Tartrate 0.1M pH7.0 Bis-Tris Propane

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年1月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.26→58.96 Å / Num. obs: 18410 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 9.4 % / Biso Wilson estimate: 67.9 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 22
反射 シェル解像度: 2.26→2.32 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.852 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 1340 / CC1/2: 0.651 / % possible all: 93.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4LOO

4loo


解像度: 2.49→58.959 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.06 / 位相誤差: 39.3 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2748 617 4.47 %Random Selection
Rwork0.249 ---
obs0.2502 13808 99.6 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.49→58.959 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2566 0 25 8 2599
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.012662
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1793650
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.0152034
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06418
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008473
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4901-2.74070.44471640.35063255X-RAY DIFFRACTION99
2.7407-3.13720.37041390.32663287X-RAY DIFFRACTION99
3.1372-3.95250.31941710.2723293X-RAY DIFFRACTION100
3.9525-58.97580.21791430.21363356X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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