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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5o8o | ||||||
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タイトル | N. crassa Tom40 model based on cryo-EM structure of the TOM core complex at 6.8 A | ||||||
要素 | Mitochondrial import receptor subunit tom40 | ||||||
キーワード | PROTEIN TRANSPORT / TOM-Complex / Protein Import / Mitochondria / Cryo-EM | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 mitochondrial outer membrane translocase complex / protein import into mitochondrial matrix / porin activity / pore complex / protein transmembrane transporter activity 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Neurospora crassa (菌類) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.8 Å | ||||||
データ登録者 | Bausewein, T. / Mills, D.J. / Nussberger, S. / Nitschke, B. / Kuehlbrandt, W. | ||||||
資金援助 | ドイツ, 1件
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引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2017 タイトル: Cryo-EM Structure of the TOM Core Complex from Neurospora crassa. 著者: Thomas Bausewein / Deryck J Mills / Julian D Langer / Beate Nitschke / Stephan Nussberger / Werner Kühlbrandt / 要旨: The TOM complex is the main entry gate for protein precursors from the cytosol into mitochondria. We have determined the structure of the TOM core complex by cryoelectron microscopy (cryo-EM). The ...The TOM complex is the main entry gate for protein precursors from the cytosol into mitochondria. We have determined the structure of the TOM core complex by cryoelectron microscopy (cryo-EM). The complex is a 148 kDa symmetrical dimer of ten membrane protein subunits that create a shallow funnel on the cytoplasmic membrane surface. In the core of the dimer, the β-barrels of the Tom40 pore form two identical preprotein conduits. Each Tom40 pore is surrounded by the transmembrane segments of the α-helical subunits Tom5, Tom6, and Tom7. Tom22, the central preprotein receptor, connects the two Tom40 pores at the dimer interface. Our structure offers detailed insights into the molecular architecture of the mitochondrial preprotein import machinery. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5o8o.cif.gz | 113.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5o8o.ent.gz | 87.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5o8o.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5o8o_validation.pdf.gz | 720.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5o8o_full_validation.pdf.gz | 721.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5o8o_validation.xml.gz | 20 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5o8o_validation.cif.gz | 28.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o8/5o8o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o8/5o8o | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 38184.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Neurospora crassa (strain ATCC 24698 / 74-OR23-1A / CBS 708.71 / DSM 1257 / FGSC 987) (菌類) 株: ATCC 24698 / 74-OR23-1A / CBS 708.71 / DSM 1257 / FGSC 987 参照: UniProt: P24391 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: TOM core complex consisting of Tom40, Tom22, Tom5, Tom6 and Tom7 タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: Neurospora crassa (菌類) / 株: GR-107 |
緩衝液 | pH: 7.2 |
試料 | 濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
顕微鏡 | モデル: JEOL 3200FSC |
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電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 60 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||
対称性 | 点対称性: C2 (2回回転対称) | |||||||||
3次元再構成 | 解像度: 6.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 92144 / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT |