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- PDB-5o8m: Crystal structure of the MmI1 YTH domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5o8m
タイトルCrystal structure of the MmI1 YTH domain
要素YTH domain-containing protein mmi1
キーワードRNA BINDING PROTEIN / YTH domain / meiotic regulator
機能・相同性
機能・相同性情報


nuclear lncRNA surveillance / regulation of termination of RNA polymerase II transcription, poly(A)-coupled / regulation of siRNA-independent facultative heterochromatin formation / nuclear RNA surveillance / nuclear exosome focus / nuclear mRNA surveillance of spliceosomal pre-mRNA splicing / nuclear mRNA surveillance of meiosis-specific transcripts / siRNA-independent facultative heterochromatin formation / Mei2 nuclear dot complex / heterochromatin island ...nuclear lncRNA surveillance / regulation of termination of RNA polymerase II transcription, poly(A)-coupled / regulation of siRNA-independent facultative heterochromatin formation / nuclear RNA surveillance / nuclear exosome focus / nuclear mRNA surveillance of spliceosomal pre-mRNA splicing / nuclear mRNA surveillance of meiosis-specific transcripts / siRNA-independent facultative heterochromatin formation / Mei2 nuclear dot complex / heterochromatin island / CCR4-NOT complex binding / lncRNA catabolic process / nuclear mRNA surveillance of mRNA 3'-end processing / regulatory ncRNA 3'-end processing / protein-RNA adaptor activity / nuclear polyadenylation-dependent CUT catabolic process / N6-methyladenosine-containing RNA reader activity / pre-mRNA binding / regulatory ncRNA-mediated gene silencing / lncRNA binding / mRNA destabilization / pre-mRNA intronic binding / mRNA 3'-UTR binding / mRNA binding / chromatin / RNA binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
ph1033 like fold / ph1033 like domains / YTH domain containing protein / YTH domain / YT521-B-like domain / YTH domain profile. / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA binding exosome specificity factor Mmi1
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Brettschneider, J. / Verdel, A. / Kadlec, J.
引用ジャーナル: EMBO J. / 年: 2017
タイトル: Selective termination of lncRNA transcription promotes heterochromatin silencing and cell differentiation.
著者: Touat-Todeschini, L. / Shichino, Y. / Dangin, M. / Thierry-Mieg, N. / Gilquin, B. / Hiriart, E. / Sachidanandam, R. / Lambert, E. / Brettschneider, J. / Reuter, M. / Kadlec, J. / Pillai, R. / ...著者: Touat-Todeschini, L. / Shichino, Y. / Dangin, M. / Thierry-Mieg, N. / Gilquin, B. / Hiriart, E. / Sachidanandam, R. / Lambert, E. / Brettschneider, J. / Reuter, M. / Kadlec, J. / Pillai, R. / Yamashita, A. / Yamamoto, M. / Verdel, A.
履歴
登録2017年6月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年4月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: YTH domain-containing protein mmi1
B: YTH domain-containing protein mmi1
C: YTH domain-containing protein mmi1
D: YTH domain-containing protein mmi1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,5049
ポリマ－66,0434
非ポリマー4605
水8,089449
1
A: YTH domain-containing protein mmi1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,7874
ポリマ－16,5111
非ポリマー2763
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: YTH domain-containing protein mmi1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,6953
ポリマ－16,5111
非ポリマー1842
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: YTH domain-containing protein mmi1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,5111
ポリマ－16,5111
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: YTH domain-containing protein mmi1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,5111
ポリマ－16,5111
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)57.020, 58.330, 94.090
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.59, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / Refine code: _

Dom-IDEns-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ARGARGAA350 - 4838 - 141
21ARGARGBB350 - 4838 - 141
12METMETAA350 - 4818 - 139
22METMETCC350 - 4818 - 139
13ARGARGAA350 - 4838 - 141
23ARGARGDD350 - 4838 - 141
14METMETBB350 - 4818 - 139
24METMETCC350 - 4818 - 139
15ARGARGBB350 - 4838 - 141
25ARGARGDD350 - 4838 - 141
16LYSLYSCC350 - 4828 - 140
26LYSLYSDD350 - 4828 - 140

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
YTH domain-containing protein mmi1 / Meiotic mRNA interception protein 1


分子量: 16510.824 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
遺伝子: mmi1, SPCC736.12c / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Star / 参照: UniProt: O74958
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 449 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 % / 解説: rods
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris pH 8.5, 25 % PEG3350.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97242 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年4月19日
放射モノクロメーター: Silicon (1 1 1) channel-cut / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97242 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→90.2 Å / Num. obs: 102990 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(I): 2.63 / 冗長度: 4.7 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 10.68
反射 シェル解像度: 1.45→1.51 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.58 / Mean I/σ(I) obs: 2.63 / Num. unique obs: 11613 / CC1/2: 0.8 / % possible all: 96.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
autoSHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.45→90.17 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU B: 1.453 / SU ML: 0.027 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.068 / ESU R Free: 0.058 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.17916 5149 5 %RANDOM
Rwork0.15664 ---
obs0.15775 97841 98.1 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 13.086 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0.01 Å20 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.45→90.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4207 0 30 449 4686
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0194334
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023958
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1971.9325835
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.21639184
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.625536
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.89123.85187
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.14515772
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.5011520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0710.2642
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.024768
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02920
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8421.0962135
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.8261.0952134
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.0271.6452662
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.0311.6462663
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.2651.362199
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.2651.362199
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.3311.9353170
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined1.68713.9515035
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other1.53113.6264958
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr6.81438292
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free14.1375313
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded3.43958343
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A86620.06
12B86620.06
21A84180.09
22C84180.09
31A81700.1
32D81700.1
41B84020.08
42C84020.08
51B80880.11
52D80880.11
61C81160.09
62D81160.09
LS精密化 シェル解像度: 1.45→1.488 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.167 380 -
Rwork0.141 7110 -
obs--96.71 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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