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万見
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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5o8b
タイトルDifference-refined excited-state structure of rsEGFP2 1ps following 400nm-laser irradiation of the off-state.
要素Green fluorescent protein
キーワードFLUORESCENT PROTEIN / photoswitching on state fluorescent state chromophore SFX serial femtosecond crystallography CXI LCLS time resolved crystallography chromohore isomerisation
機能・相同性
機能・相同性情報


bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy
類似検索 - 分子機能
Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Green fluorescent protein
類似検索 - 構成要素
生物種Aequorea victoria (オワンクラゲ)
手法X線回折 / 自由電子レーザー / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Coquelle, N. / Sliwa, M. / Woodhouse, J. / Schiro, G. / Adam, V. / Aquila, A. / Barends, T.R.M. / Boutet, S. / Byrdin, M. / Carbajo, S. ...Coquelle, N. / Sliwa, M. / Woodhouse, J. / Schiro, G. / Adam, V. / Aquila, A. / Barends, T.R.M. / Boutet, S. / Byrdin, M. / Carbajo, S. / De la Mora, E. / Doak, R.B. / Feliks, M. / Fieschi, F. / Foucar, L. / Guillon, V. / Hilpert, M. / Hunter, M. / Jakobs, S. / Koglin, J.E. / Kovacsova, G. / Lane, T.J. / Levy, B. / Liang, M. / Nass, K. / Ridard, J. / Robinson, J.S. / Roome, C.M. / Ruckebusch, C. / Seaberg, M. / Thepaut, M. / Cammarata, M. / Demachy, I. / Field, M. / Shoeman, R.L. / Bourgeois, D. / Colletier, J.P. / Schlichting, I. / Weik, M.
引用ジャーナル: Nat Chem / 年: 2018
タイトル: Chromophore twisting in the excited state of a photoswitchable fluorescent protein captured by time-resolved serial femtosecond crystallography.
著者: Coquelle, N. / Sliwa, M. / Woodhouse, J. / Schiro, G. / Adam, V. / Aquila, A. / Barends, T.R.M. / Boutet, S. / Byrdin, M. / Carbajo, S. / De la Mora, E. / Doak, R.B. / Feliks, M. / Fieschi, F. ...著者: Coquelle, N. / Sliwa, M. / Woodhouse, J. / Schiro, G. / Adam, V. / Aquila, A. / Barends, T.R.M. / Boutet, S. / Byrdin, M. / Carbajo, S. / De la Mora, E. / Doak, R.B. / Feliks, M. / Fieschi, F. / Foucar, L. / Guillon, V. / Hilpert, M. / Hunter, M.S. / Jakobs, S. / Koglin, J.E. / Kovacsova, G. / Lane, T.J. / Levy, B. / Liang, M. / Nass, K. / Ridard, J. / Robinson, J.S. / Roome, C.M. / Ruckebusch, C. / Seaberg, M. / Thepaut, M. / Cammarata, M. / Demachy, I. / Field, M. / Shoeman, R.L. / Bourgeois, D. / Colletier, J.P. / Schlichting, I. / Weik, M.
履歴
登録2017年6月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年1月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年11月14日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn / Item: _diffrn.pdbx_serial_crystal_experiment
改定 1.22019年10月16日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42024年1月17日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Green fluorescent protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,1001
ポリマ－28,1001
非ポリマー00
水5,603311
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area640 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area11810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.530, 62.850, 71.760
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Green fluorescent protein / rsEGFP2


分子量: 28099.686 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: HIS A -8 EXPRESSION TAG HIS A -7 EXPRESSION TAG HIS A -6 EXPRESSION TAG HIS A -5 EXPRESSION TAG HIS A -4 EXPRESSION TAG HIS A -3 EXPRESSION TAG THR A -2 EXPRESSION TAG ASP A -1 EXPRESSION TAG ...詳細: HIS A -8 EXPRESSION TAG HIS A -7 EXPRESSION TAG HIS A -6 EXPRESSION TAG HIS A -5 EXPRESSION TAG HIS A -4 EXPRESSION TAG HIS A -3 EXPRESSION TAG THR A -2 EXPRESSION TAG ASP A -1 EXPRESSION TAG PRO A 0 EXPRESSION TAG MET A 1 EXPRESSION TAG VAL A 2 MET 1 ENGINEERED MUTATION LEU A 65 PHE 64 ENGINEERED MUTATION PIA A 68 SER 65 CHROMOPHORE PIA A 68 TYR 66 CHROMOPHORE PIA A 68 GLY 67 CHROMOPHORE LEU A 70 GLN 69 ENGINEERED MUTATION SER A 164 VAL 163 ENGINEERED MUTATION LYS A 207 ALA 206 ENGINEERED MUTATION LEU A 232 HIS 231 ENGINEERED MUTATION
由来: (組換発現) Aequorea victoria (オワンクラゲ)
遺伝子: GFP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P42212
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 311 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.51 %
結晶化温度: 293 K / 手法: batch mode / pH: 8 / 詳細: 2 M ammonium sulphate, 20 mM NaCl, 120 mM HEPES

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源由来: 自由電子レーザー / サイト: SLAC LCLS / ビームライン: CXI / 波長: 1.3 Å
検出器タイプ: CS-PAD CXI-1 / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年5月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.3 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→16.943 Å / Num. obs: 17970 / % possible obs: 94.99 % / 冗長度: 1 % / Net I/σ(I): 9.35

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_2376: ???)精密化
CrystFEL0.6.1データ削減
CrystFEL0.6.1データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5DTX

5dtx


解像度: 1.7→16.943 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 35.25 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3112 1231 5 %
Rwork0.29 --
obs0.2911 24614 93.76 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→16.943 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1960 0 0 311 2271
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0032096
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7512846
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.3131225
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.045299
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004370
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7-1.7680.49741330.45672491X-RAY DIFFRACTION92
1.768-1.84840.41551310.43222454X-RAY DIFFRACTION90
1.8484-1.94570.46891330.38052458X-RAY DIFFRACTION91
1.9457-2.06740.35821280.33462595X-RAY DIFFRACTION94
2.0674-2.22670.34131360.31672617X-RAY DIFFRACTION95
2.2267-2.45020.3531370.31642586X-RAY DIFFRACTION94
2.4502-2.80340.30721360.3042609X-RAY DIFFRACTION94
2.8034-3.52670.29331460.27112697X-RAY DIFFRACTION96
3.5267-16.94340.23281510.21982876X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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