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- PDB-5o7h: Structure of the Cascade-I-Fv complex from Shewanella putrefaciens -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5o7h
タイトルStructure of the Cascade-I-Fv complex from Shewanella putrefaciens
要素
  • CRISPR-associated protein, Csy4 family
  • Cas5fv
  • Cas7fv
  • crRNA
キーワードANTIVIRAL PROTEIN / RNA SURVEILLANCE / ADAPTIVE IMMUNITY / CRISPR / CASCADE
機能・相同性
機能・相同性情報


maintenance of CRISPR repeat elements / endonuclease activity
類似検索 - 分子機能
Cas5fv helical domain / Cas5fv helical domain / CRISPR-associated endoribonuclease Cas6/Csy4, subtype I-F/YPEST / CRISPR-associated endoribonuclease Cas6/Csy4, subtype I-F/YPEST superfamily / CRISPR-associated protein (Cas_Csy4)
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / Uncharacterized protein / Cas5fv helical domain-containing protein / CRISPR-associated protein, Csy4 family
類似検索 - 構成要素
生物種Shewanella putrefaciens CN-32 (バクテリア)
Shewanella putrefaciens (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3 Å
データ登録者Pausch, P. / Altegoer, F. / Bange, G.
引用ジャーナル: Mol. Cell / 年: 2017
タイトル: Structural Variation of Type I-F CRISPR RNA Guided DNA Surveillance.
著者: Pausch, P. / Muller-Esparza, H. / Gleditzsch, D. / Altegoer, F. / Randau, L. / Bange, G.
履歴
登録2017年6月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年8月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月30日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: crRNA
B: CRISPR-associated protein, Csy4 family
C: Cas7fv
D: Cas7fv
E: Cas7fv
F: Cas5fv


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)178,5026
ポリマ－178,5026
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area28220 Å2
ΔGint-126 kcal/mol
Surface area59450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)157.002, 65.894, 160.682
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.61, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MI121

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要素

#1: RNA鎖 crRNA


分子量: 13756.292 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Shewanella putrefaciens CN-32 (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#2: タンパク質 CRISPR-associated protein, Csy4 family


分子量: 18863.229 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Shewanella putrefaciens (strain CN-32 / ATCC BAA-453) (バクテリア)
株: CN-32 / ATCC BAA-453 / 遺伝子: Sputcn32_1823 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A4Y6G3
#3: タンパク質 Cas7fv


分子量: 35836.527 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Shewanella putrefaciens (strain CN-32 / ATCC BAA-453) (バクテリア)
株: CN-32 / ATCC BAA-453 / 遺伝子: Sputcn32_1821 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A4Y6G1
#4: タンパク質 Cas5fv


分子量: 38373.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Shewanella putrefaciens (strain CN-32 / ATCC BAA-453) (バクテリア)
株: CN-32 / ATCC BAA-453 / 遺伝子: Sputcn32_1822 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A4Y6G2

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.09 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 16% w/v PEG6000, 0.1 M Tris pH 8.0 and 20 mM 5-amino-2,4,6-triiodoisophthalic acid

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→49.97 Å / Num. obs: 32876 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.0547 / Net I/σ(I): 13.18
反射 シェル解像度: 3→3.1 Å / 冗長度: 9.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.05 / Num. unique obs: 3271 / CC1/2: 0.72 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
CRANK2位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3→49.288 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.68
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2671 1617 4.92 %
Rwork0.2213 --
obs0.2235 32876 99.79 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→49.288 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10909 897 0 0 11806
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00212107
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.45416510
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.2947210
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0391860
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0021967
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3-3.08830.38961340.33572564X-RAY DIFFRACTION100
3.0883-3.1880.34391230.30872610X-RAY DIFFRACTION100
3.188-3.30190.32181430.30212591X-RAY DIFFRACTION100
3.3019-3.4340.28221280.26772535X-RAY DIFFRACTION99
3.434-3.59030.30271350.26412596X-RAY DIFFRACTION100
3.5903-3.77950.28691230.25642617X-RAY DIFFRACTION100
3.7795-4.01620.29571480.23732592X-RAY DIFFRACTION100
4.0162-4.32610.26881490.20952577X-RAY DIFFRACTION100
4.3261-4.76120.24791390.18712604X-RAY DIFFRACTION100
4.7612-5.44940.21131240.18632633X-RAY DIFFRACTION100
5.4494-6.86270.2561570.21832607X-RAY DIFFRACTION100
6.8627-49.29490.23281140.18322733X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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