PDB-5o7g: The crystal structure of a highly thermostable carboxyl esterase ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5o7g

タイトル

The crystal structure of a highly thermostable carboxyl esterase from Bacillus coagulans

要素

Alpha/beta hydrolase family protein

キーワード

HYDROLASE / carboxyl esterase / lipase / alpha/beta hydrolase

機能・相同性

Serine aminopeptidase, S33 / Serine aminopeptidase, S33 / Alpha/Beta hydrolase fold / hydrolase activity / Lysophospholipase, alpha-beta hydrolase superfamily

機能・相同性情報

生物種

Bacillus coagulans DSM 1 = ATCC 7050 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Gourlay, L.J.

引用

ジャーナル: FEBS J. / 年: 2018
タイトル: A stereospecific carboxyl esterase from Bacillus coagulans hosting nonlipase activity within a lipase-like fold.
著者: De Vitis, V. / Nakhnoukh, C. / Pinto, A. / Contente, M.L. / Barbiroli, A. / Milani, M. / Bolognesi, M. / Molinari, F. / Gourlay, L.J. / Romano, D.

履歴

登録	2017年6月8日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年12月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年4月18日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5o7g.cif.gz	134.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5o7g.ent.gz	105.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5o7g.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5o7g_validation.pdf.gz	426.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5o7g_full_validation.pdf.gz	428.9 KB	表示
XML形式データ	5o7g_validation.xml.gz	12.8 KB	表示
CIF形式データ	5o7g_validation.cif.gz	17.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o7/5o7g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o7/5o7g	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5oluC 3pe6S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5olu-d 4cf9-d 4cgg-d 1f76-3 1cvm-d 5f2t-2 4cho-d 4ovl-d 4cer-d 3e6k-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Alpha/beta hydrolase family protein

39 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体
根拠: light scattering

単位格子

Length a, b, c (Å)	138.608, 138.608, 83.770
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	182
Space group name H-M	P6₃22

#1: タンパク質	Alpha/beta hydrolase family protein 分子量: 39024.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacillus coagulans DSM 1 = ATCC 7050 (バクテリア) 遺伝子: BF29_2874 / プラスミド: pET100D/TOPO / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Star / 参照: UniProt: A0A0B5WSQ6
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 50 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.1 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: PACT Premier Crystallization screen (Molecular Dimensions) condition 2-11 (20% PEG3350; 0.1M sodium citrate tribasic hydrate)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年7月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→40 Å / Num. obs: 37667 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 19.4 % / R_merge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 26.8
反射シェル	解像度: 1.9→1.94 Å / 冗長度: 20.4 % / R_merge(I) obs: 0.504 / Mean I/σ(I) obs: 7.8 / Num. unique obs: 2359 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
BALBES		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3PE6

3pe6

解像度: 1.9→39.895 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.16 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2384	1895	5.03 %
R_work	0.2167	-	-
obs	0.2178	37654	99.65 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→39.895 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2457	0	0	50	2507

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	2527
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.996	3432
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.64	1467
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.059	357
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	450

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9001-1.9476	0.3278	123	0.2694	2487	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9476-2.0003	0.2663	129	0.2678	2501	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0003-2.0591	0.2911	138	0.265	2483	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0591-2.1256	0.3348	143	0.2601	2517	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1256-2.2016	0.3198	137	0.2587	2506	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2016-2.2897	0.2869	137	0.2559	2513	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2897-2.3939	0.3091	138	0.248	2521	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3939-2.5201	0.2841	126	0.2507	2555	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5201-2.6779	0.2887	131	0.2404	2537	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6779-2.8847	0.2515	143	0.2388	2552	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8847-3.1748	0.2579	131	0.2297	2576	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1748-3.634	0.204	119	0.1998	2618	X-RAY DIFFRACTION	100
3.634-4.5774	0.1629	141	0.1698	2619	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5774-39.9034	0.177	159	0.1618	2774	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7256	-0.1101	-0.0977	0.4171	0.0826	0.2873	-0.0409	0.0905	0.0672	0.05	0.0843	-0.0716	-0.0954	0.3431	-0.0408	0.117	-0.0093	-0.0293	0.3327	0.048	0.1765	-30.2534	-28.9309	-14.3078
2	1.0852	-0.0109	0.0288	0.3341	-0.1787	0.15	0.0393	0.1498	-0.0687	-0.0193	0.0447	-0.0655	0.0385	0.1946	-0.0632	0.1203	0.0809	-0.0274	0.3821	0.0056	0.1648	-26.5767	-43.1038	-14.5902
3	2.5569	1.4262	0.9782	0.798	0.5511	0.3892	-0.0044	0.0974	0.0105	-0.0562	0.0853	-0.1291	-0.0984	0.2217	-0.0357	0.2176	0.0245	0.0006	0.6596	-0.0267	0.2969	-16.438	-43.5723	-31.6374
4	0.8475	-0.6378	-0.0281	1.2615	-0.6896	0.6532	0.023	0.1347	-0.0773	-0.1634	-0.0113	-0.0109	0.1056	0.0168	0.0017	0.2115	0.0224	-0.0093	0.2576	0.0402	0.1894	-35.8907	-41.4075	-36.408
5	0.6489	-0.4024	-0.0796	0.3033	0.0583	0.0114	0.0263	0.1251	0.0316	-0.0857	0.0071	-0.0651	0.0162	0.1021	-0.0016	0.134	0.011	0.002	0.5539	0.0194	0.2715	-20.298	-37.8216	-25.5078
6	0.0655	-0.0247	-0.0208	0.0836	0.0509	0.0777	-0.001	0.01	-0.0243	0.0121	0.034	-0.0554	0.065	0.0887	-0.0064	0.0501	0.22	-0.022	0.2671	0.0595	0.1414	-32.9523	-52.2817	-14.6668
7	0.5986	-0.2531	0.2854	0.5843	-0.2472	0.395	-0.0684	0.0112	-0.0002	0.0213	0.0306	0.0457	-0.0756	-0.0281	0.0239	0.1245	0.0462	-0.0006	0.2346	0.0299	0.1652	-41.8539	-46.0512	-20.9447
8	1.4169	-0.1177	0.2658	1.6644	-0.6596	2.5367	-0.0118	-0.119	-0.0339	0.065	0.0352	0.1249	-0.0164	-0.2267	-0.0325	0.1185	0.0941	0.0093	0.1776	0.0603	0.2015	-47.0317	-39.8516	-12.2927

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 0 through 102 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 103 through 158 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 159 through 178 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 179 through 203 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 204 through 226 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 227 through 269 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 270 through 292 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 293 through 309 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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