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万見
- PDB-5o57: Solution Structure of the N-terminal Region of Dkk4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5o57
タイトルSolution Structure of the N-terminal Region of Dkk4
要素Dickkopf-related protein 4
キーワードSIGNALING PROTEIN / Dkk4 / Wnt Signalling / Cysteine-rich domain 1
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of hair follicle placode formation / Signaling by LRP5 mutants / Negative regulation of TCF-dependent signaling by WNT ligand antagonists / receptor antagonist activity / co-receptor binding / negative regulation of Wnt signaling pathway / TCF dependent signaling in response to WNT / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / Wnt signaling pathway / extracellular space
類似検索 - 分子機能
: / Dickkopf, N-terminal cysteine-rich / Dickkopf-like protein / : / : / Dickkopf N-terminal cysteine-rich region / Dickkopf-related protein 1/2/4, C-terminal subdomain 2 / Dickkopf-related protein 1/2/4, C-terminal subdomain 1
類似検索 - ドメイン・相同性
Dickkopf-related protein 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Waters, L.C. / Patel, S. / Barkell, A.M. / Muskett, F.W. / Robinson, M.K. / Holdsworth, G. / Carr, M.D.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council 英国
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2018
タイトル: Structural and functional analysis of Dickkopf 4 (Dkk4): New insights into Dkk evolution and regulation of Wnt signaling by Dkk and Kremen proteins.
著者: Patel, S. / Barkell, A.M. / Gupta, D. / Strong, S.L. / Bruton, S. / Muskett, F.W. / Addis, P.W. / Renshaw, P.S. / Slocombe, P.M. / Doyle, C. / Clargo, A. / Taylor, R.J. / Prosser, C.E. / ...著者: Patel, S. / Barkell, A.M. / Gupta, D. / Strong, S.L. / Bruton, S. / Muskett, F.W. / Addis, P.W. / Renshaw, P.S. / Slocombe, P.M. / Doyle, C. / Clargo, A. / Taylor, R.J. / Prosser, C.E. / Henry, A.J. / Robinson, M.K. / Waters, L.C. / Holdsworth, G. / Carr, M.D.
履歴
登録2017年6月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年6月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年6月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.title / _citation.year
改定 2.02018年7月4日Group: Atomic model / Data collection / Database references / カテゴリ: atom_site / citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 2.12018年8月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 2.22019年5月8日Group: Data collection / カテゴリ: pdbx_nmr_software / Item: _pdbx_nmr_software.name
改定 2.32019年10月30日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: pdbx_database_related / pdbx_nmr_spectrometer / Item: _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 2.42024年11月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dickkopf-related protein 4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,9311
ポリマ－10,9311
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area10250 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)70 / 100target function
代表モデルモデル #13closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Dickkopf-related protein 4 / hDkk-4


分子量: 10931.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DKK4 / プラスミド: pLEICS-05 / 詳細 (発現宿主): University of Leicester vector / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2 (DE3) / 参照: UniProt: Q9UBT3
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic23D TROSY-HN(CA)CB
121isotropic13D TROSY-HN(CO)CACB
131isotropic13D TROSY-HNCO
141isotropic13D HBHA(CO)NH
151isotropic12D TROSY
163isotropic12D 1H-1H TOCSY
173isotropic12D 1H-1H NOESY
184isotropic13D (H)CCH-TOCSY
195isotropic33D 13C/1H HSQC-NOESY
1105isotropic23D 13C/1H HSQC-NOESY
1112isotropic23D 15N/1H NOESY-HSQC

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution1140 uM [U-13C; U-15N] Dkk4n, 95% H2O/5% D2ODkk4n15N_13C_Dkk4n95% H2O/5% D2ODkk4n
solution2210 uM [U-15N] Dkk4n, 95% H2O/5% D2O15N_Dkk4n95% H2O/5% D2O
solution390 uM [U-15N] Dkk4n, 100% D2O15N_Dkk4n_(D2O)100% D2O
solution4140 uM [U-13C; U-15N] Dkk4n, 100% D2O15N_13C_Dkk4n_(D2O)100% D2O
solution5230 uM [U-13C; U-15N] Dkk4n, 100% D2O15N_13C_Dkkn_(D2O)_2100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
140 uMDkk4n[U-13C; U-15N]1
210 uMDkk4n[U-15N]2
90 uMDkk4n[U-15N]3
140 uMDkk4n[U-13C; U-15N]4
230 uMDkk4n[U-13C; U-15N]5
試料状態詳細: 25mM Sodium Phosphate, 100mM Sodium Chloride, 0.02% (w/v) Sodium Azide, pH 6.5
イオン強度: 150 mM / Label: Conditions_1 / pH: 6.5 / 圧: 1 atm / 温度: 308 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVIIIBrukerAVIII6001
Bruker AVIIBrukerAVII8002
Bruker AVANCE III HDBrukerAVANCE III HD9503

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpinBruker Biospincollection
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
SparkyNMRFAM-Sparky 1.4Goddardデータ解析
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 5 / 詳細: REDAC
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 70

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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