PDB-5o46: Crystal structure of Iristatin, a secreted salivary cystatin from...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5o46

タイトル

Crystal structure of Iristatin, a secreted salivary cystatin from the hard tick Ixodes ricinus

要素

Iristatin

キーワード

hydrolase inhibitor / cystatin / protease inhibitor / tick / saliva

機能・相同性

機能・相同性情報

cysteine-type endopeptidase inhibitor activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Ixodes ricinus (ダニ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.76 Å

データ登録者

Busa, M. / Rezacova, P. / Kotal, J. / Kotsyfakis, M. / Mares, M.

資金援助

チェコ, 7件

組織	認可番号	国
Czech Science Foundation	13-11043S	チェコ
Ministry of Education, Youth and Sports of the Czech Republic	InterBioMed LO1302	チェコ
INSTITUTE OF ORGANIC CHEMISTRY AND BIOCHEMISTRY AS CR V.V.I.	RVO 61388963	チェコ
Institute of Parasitology, the Czech Academy of Sciences	RVO 60077344	チェコ
Czech Science Foundation	P502/12/2409	チェコ
Grant Agency of the University of South Bohemia in Ceske Budejovice	038/2016/P	チェコ
European Union	Marie Curie Reintegration grant PIRG07-GA-2010-268177

引用

ジャーナル: Cell.Mol.Life Sci. / 年: 2019
タイトル: The structure and function of Iristatin, a novel immunosuppressive tick salivary cystatin.
著者: Kotal, J. / Stergiou, N. / Busa, M. / Chlastakova, A. / Berankova, Z. / Rezacova, P. / Langhansova, H. / Schwarz, A. / Calvo, E. / Kopecky, J. / Mares, M. / Schmitt, E. / Chmelar, J. / Kotsyfakis, M.

履歴

登録	2017年5月26日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年6月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年6月26日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb5o46.ent.gz	92.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5o46.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5o46_validation.pdf.gz	453.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5o46_full_validation.pdf.gz	454.5 KB	表示
XML形式データ	5o46_validation.xml.gz	13.9 KB	表示
CIF形式データ	5o46_validation.cif.gz	19.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o4/5o46 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o4/5o46	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3l0rS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	7nqi-d 3l0r-2 3k6g-1 5xhe-d 3l0r-1 6y0e-2 3iqt-d 2zez-3 7nqj-d 4lw9-9 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#224 - 2018年8月レグマイン (Legumain) 類似性 (3)

登録構造単位

B: Iristatin

A: Iristatin

ヘテロ分子

28 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: Iristatin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: homology
13.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: Iristatin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
14 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	39.033, 76.929, 92.122
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Iristatin 分子量: 13850.943 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ixodes ricinus (ダニ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A3B6UEB6*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 241 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.73 %
結晶化	温度: 288.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.1 M Bis-Tris buffer, pH 5.5 1 M ammonium sulphate 1% (w/v) PEG 3350 mother liquor: protein ratio 1.5:1

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.76→59.05 Å / Num. obs: 27677 / % possible obs: 97.84 % / 冗長度: 3.73 % / B_iso Wilson estimate: 36.75 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.038 / R_pim(I) all: 0.044 / Net I/σ(I): 19.32
反射シェル	解像度: 1.76→1.87 Å / 冗長度: 3.69 % / R_merge(I) obs: 0.71 / Mean I/σ(I) obs: 1.56 / Num. unique obs: 4357 / CC_1/2: 0.76 / R_pim(I) all: 0.83 / % possible all: 96.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0158	精密化
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3L0R

3l0r

解像度: 1.76→59.05 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.934 / SU B: 8.634 / SU ML: 0.127 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.122 / ESU R Free: 0.133 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25572	1384	5 %	RANDOM
R_work	0.19089	-	-	-
obs	0.1941	26286	97.84 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 41.036 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.01 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.76→59.05 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1858	0	18	241	2117

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.019	2000
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	1857
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.722	1.95	2723
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.947	3	4324
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.71	5	245
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.489	23.333	87
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.639	15	358
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.676	15	11
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.096	0.2	297
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	2174
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	417
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.997	1.29	936
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.972	1.284	935
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.757	1.923	1174
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.761	1.93	1175
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.79	1.45	1064
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.788	1.45	1064
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.282	2.124	1542
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	7.486	17.228	2288
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	7.485	17.264	2289
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.76→1.805 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.373	100	-
R_work	0.373	1890	-
obs	-	-	97.79 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	9.6684	0.4894	-2.433	8.56	-1.3287	43.3599	0.2036	0.0478	0.8799	0.3691	0.03	0.0325	-2.8435	-2.3516	-0.2337	0.3889	0.1167	0.0338	0.2079	0.0611	0.3486	11.18	30.639	7.544
2	0.4205	0.3368	-1.1303	11.0975	-14.9699	21.8774	0.0968	-0.1262	-0.1392	-0.3973	-0.3205	-0.3085	0.2035	0.5799	0.2237	0.166	0.0033	0.0338	0.235	0.069	0.3387	17.723	18.04	2.979
3	1.172	0.243	0.4679	3.7357	-1.2646	4.7868	0.0022	0.0263	-0.0411	0.1448	-0.0881	-0.1311	0.0304	0.1158	0.0858	0.1648	0.0229	-0.0001	0.0493	0.0137	0.1859	7.904	7.696	13.246
4	3.962	3.9447	0.5835	6.4957	1.1667	1.5764	0.1191	-0.0776	0.2759	0.2028	-0.1259	0.027	-0.1566	0.1245	0.0067	0.1608	-0.005	0.0002	0.0899	0.0403	0.227	10.012	20.277	8.59
5	7.1882	2.723	-1.2009	6.9384	-0.5634	0.5636	0.3218	-0.1541	-0.5039	0.5242	-0.3557	-0.6517	0.3036	0.272	0.034	0.4707	0.171	-0.0697	0.2232	0.0039	0.2698	9.727	-2.04	13.817
6	13.141	5.883	11.5989	25.648	4.3235	15.2252	0.4891	1.3838	-0.2436	-1.0821	-0.4576	-2.1654	1.1919	1.3932	-0.0315	0.3244	0.1642	0.0853	0.2829	0.0686	0.4468	15.464	0.504	7.343
7	2.3787	-0.2015	-0.1234	3.544	-0.4184	2.4345	0.0636	0.0911	-0.0272	-0.0638	-0.1962	0.1912	0.2876	-0.0377	0.1327	0.1905	0.0026	0.0166	0.0852	0.0515	0.1619	3.973	8.843	6.728
8	54.3592	7.0011	0.9049	10.6366	1.944	4.5654	-0.0967	-0.517	0.4658	0.8923	-0.0745	-1.5033	-0.4071	1.0291	0.1712	0.311	-0.1155	-0.1334	0.282	0.089	0.4169	16.566	19.748	18.325
9	12.5173	0.9468	16.8403	1.8849	3.0109	25.3889	0.2457	-1.0417	-0.1602	-0.0859	-0.2179	0.3987	-0.0258	-1.0454	-0.0278	0.2241	-0.0925	0.0541	0.3192	-0.0292	0.2996	-0.854	14.759	12.312
10	5.4514	-2.6172	-4.3887	9.5351	-3.8649	9.1713	0.1268	0.4659	0.0174	-0.7248	0.145	0.6289	0.8771	-1.3586	-0.2718	0.3329	-0.2399	-0.0157	0.4851	-0.0322	0.3468	-6.295	7.811	2.617
11	50.0466	27.5792	15.2256	31.4323	15.8513	30.7207	0.9659	1.1558	-4.5779	-0.0299	1.166	-2.9368	3.3798	-0.286	-2.1319	0.7572	-0.1649	-0.141	0.0931	-0.0478	0.7725	7.548	-12.594	32.097
12	5.1862	3.2741	0.2869	10.7533	-3.611	9.6578	0.0088	-0.3523	-0.1165	0.4469	0.0142	0.0727	0.0513	-0.804	-0.0229	0.2236	-0.021	-0.0175	0.1749	0.0084	0.1883	10.177	1.358	42.248
13	4.0932	-1.9456	3.9372	4.3176	-4.8828	8.9338	0.0301	-0.0138	-0.0057	0.0708	-0.0837	-0.1125	-0.1483	0.1455	0.0536	0.1593	-0.0186	0.0168	0.0678	-0.0022	0.1846	8.046	9.522	30.395
14	2.2555	-1.2632	1.3795	2.6105	-1.45	3.8805	0.0326	-0.1542	-0.1401	-0.019	0.0103	0.1569	0.0326	-0.2578	-0.043	0.1548	-0.0631	-0.0029	0.1569	0.0097	0.1939	4.257	6.239	31.271
15	11.6057	-8.9314	-0.799	8.8344	0.5818	4.4252	0.1351	0.0095	-0.0782	0.0306	-0.0456	0.0924	0.303	-0.401	-0.0896	0.1642	-0.0581	-0.0195	0.0761	0.0395	0.1917	5.227	1.335	33.266
16	21.2859	11.0341	-13.8668	23.1352	-9.5234	9.7574	0.3392	-0.1862	0.6065	0.254	-0.0601	0.503	-0.626	-0.0561	-0.2792	0.4331	0.1176	-0.0543	0.1513	-0.0461	0.2897	0.315	21.084	28.971
17	10.0355	-2.1748	3.9947	8.754	1.1324	15.5031	-0.5016	-0.6005	0.8629	0.9373	0.2519	-0.3672	-1.5957	-0.0172	0.2498	0.5243	0.0272	-0.0545	0.1771	-0.0554	0.4023	4.737	21.691	33.481
18	11.3466	-3.564	0.3018	3.9584	-0.6364	2.0806	-0.04	-0.6078	0.5025	0.1079	0.1155	0.0657	-0.0039	-0.329	-0.0754	0.1736	-0.0412	0.0009	0.2226	0.0078	0.2272	0.846	6.716	31.289
19	30.1488	-2.9693	12.9665	2.8541	-1.2485	6.9338	-0.1013	1.103	0.0065	-0.2688	-0.1867	-0.6303	0.0627	1.1564	0.288	0.2448	0.0056	0.0478	0.4155	0.1351	0.3525	18.205	1.52	27.087
20	3.2369	-2.6189	1.7011	3.2384	-2.5632	3.3516	0.048	-0.1364	0.0071	0.0609	0.1668	0.5646	0.0399	-0.5468	-0.2147	0.1996	-0.0464	0.027	0.3483	-0.0259	0.4633	-6.256	7.298	28.351

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	B	1 - 8
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	9 - 17
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	18 - 38
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	39 - 61
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	62 - 72
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	73 - 76
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	77 - 92
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	93 - 104
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	105 - 109
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	110 - 114
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	1 - 6
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	7 - 15
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	16 - 29
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	30 - 50
15	X-RAY DIFFRACTION	15	A	51 - 59
16	X-RAY DIFFRACTION	16	A	60 - 66
17	X-RAY DIFFRACTION	17	A	67 - 80
18	X-RAY DIFFRACTION	18	A	81 - 93
19	X-RAY DIFFRACTION	19	A	94 - 104
20	X-RAY DIFFRACTION	20	A	105 - 113

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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