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- PDB-5o45: Structure of human PD-L1 in complex with inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5o45
タイトルStructure of human PD-L1 in complex with inhibitor
要素
  • PHE-MEA-9KK-SAR-ASP-VAL-MEA-TYR-SAR-TRP-TYR-LEU-CCS-GLY-NH2
  • Programmed cell death 1 ligand 1
キーワードCELL CYCLE / PD-1 / Programmed Death 1 / PD-L1 / Programmed Death Ligand 1 / immune checkpoint / cancer
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of tolerance induction to tumor cell / negative regulation of tumor necrosis factor superfamily cytokine production / positive regulation of activated CD8-positive, alpha-beta T cell apoptotic process / negative regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / TRIF-dependent toll-like receptor signaling pathway / negative regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / STAT3 nuclear events downstream of ALK signaling / negative regulation of interleukin-10 production / negative regulation of activated T cell proliferation / positive regulation of interleukin-10 production ...positive regulation of tolerance induction to tumor cell / negative regulation of tumor necrosis factor superfamily cytokine production / positive regulation of activated CD8-positive, alpha-beta T cell apoptotic process / negative regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / TRIF-dependent toll-like receptor signaling pathway / negative regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / STAT3 nuclear events downstream of ALK signaling / negative regulation of interleukin-10 production / negative regulation of activated T cell proliferation / positive regulation of interleukin-10 production / negative regulation of type II interferon production / PD-1 signaling / positive regulation of T cell proliferation / T cell costimulation / response to cytokine / recycling endosome membrane / actin cytoskeleton / early endosome membrane / cellular response to lipopolysaccharide / adaptive immune response / transcription coactivator activity / cell surface receptor signaling pathway / positive regulation of cell migration / immune response / external side of plasma membrane / signal transduction / extracellular exosome / nucleoplasm / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
CD80-like, immunoglobulin C2-set / CD80-like C2-set immunoglobulin domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins ...CD80-like, immunoglobulin C2-set / CD80-like C2-set immunoglobulin domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Programmed cell death 1 ligand 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 0.99 Å
データ登録者Magiera, K. / Grudnik, P. / Dubin, G. / Holak, T.A.
資金援助 ポーランド, 3件
組織認可番号国
National Science CenterUMO-2014/12/W/NZ1/00457 ポーランド
European CommissionMarie Curie FP7-Reintegration-Grant ポーランド
National Science CenterUMO-2012/07/E/NZ1/01907 ポーランド
引用ジャーナル: Angew. Chem. Int. Ed. Engl. / 年: 2017
タイトル: Bioactive Macrocyclic Inhibitors of the PD-1/PD-L1 Immune Checkpoint.
著者: Magiera-Mularz, K. / Skalniak, L. / Zak, K.M. / Musielak, B. / Rudzinska-Szostak, E. / Kocik, J. / Grudnik, P. / Sala, D. / Zarganes-Tzitzikas, T. / Shaabani, S. / Domling, A. / Dubin, G. / Holak, T.A.
履歴
登録2017年5月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年9月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年10月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Programmed cell death 1 ligand 1
B: PHE-MEA-9KK-SAR-ASP-VAL-MEA-TYR-SAR-TRP-TYR-LEU-CCS-GLY-NH2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,6062
ポリマ－16,6062
非ポリマー00
水6,089338
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1120 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area8570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)31.814, 53.682, 80.926
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Programmed cell death 1 ligand 1 / Programmed death ligand 1 / B7 homolog 1 / B7-H1


分子量: 14792.861 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD274, B7H1, PDCD1L1, PDCD1LG1, PDL1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NZQ7
#2: タンパク質・ペプチド PHE-MEA-9KK-SAR-ASP-VAL-MEA-TYR-SAR-TRP-TYR-LEU-CCS-GLY-NH2


分子量: 1813.102 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Synthetic construct (人工物)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 338 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.34 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M imidazole malate (pH 8.5) 27% PEG 10000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 0.99→44.735 Å / Num. obs: 73554 / % possible obs: 94.29 % / 冗長度: 6.7 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.033 / Net I/σ(I): 19.7
反射 シェル解像度: 0.99→1.025 Å / Rmerge(I) obs: 0.887 / CC1/2: 0.723

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5c3t

5c3t


解像度: 0.99→44.735 Å / SU ML: 0.06 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 12.56 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1367 3738 5.08 %
Rwork0.1123 69796 -
obs0.1136 73534 94.29 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 106.11 Å2 / Biso mean: 16.6353 Å2 / Biso min: 5.49 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 0.99→44.735 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1026 0 244 378 1648
Biso mean--13.12 35.47 -
残基数----129
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.021336
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.761833
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.134193
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.011244
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d23.71522
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 27

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
0.99-1.00250.21751410.21772394253590
1.0025-1.01570.1991280.20762457258591
1.0157-1.02960.24331200.18252483260391
1.0296-1.04440.19081420.17352452259491
1.0444-1.05990.17641460.16022467261391
1.0599-1.07650.16071370.15752501263892
1.0765-1.09420.14831360.13872489262592
1.0942-1.1130.14011340.12652474260892
1.113-1.13330.12711410.11042519266093
1.1333-1.15510.1171360.10332508264493
1.1551-1.17860.10781200.10182586270693
1.1786-1.20430.1191490.10622499264893
1.2043-1.23230.12741370.10592555269294
1.2323-1.26310.14221250.10242567269294
1.2631-1.29730.13361420.10132577271995
1.2973-1.33540.12461370.10322597273495
1.3354-1.37850.14421220.10282615273795
1.3785-1.42780.12231610.09862589275096
1.4278-1.4850.12541560.09792609276596
1.485-1.55260.11011410.09492632277396
1.5526-1.63440.10861270.09432683281097
1.6344-1.73680.11491420.10152665280797
1.7368-1.87090.12541390.10112710284997
1.8709-2.05920.10931230.10662710283397
2.0592-2.35720.14771430.10732754289798
2.3572-2.96970.13961480.11832804295299
2.9697-44.78030.15271650.11632900306598

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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