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万見
- PDB-5o2p: p130Cas SH3 domain PTP-PEST peptide chimera -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5o2p
タイトルp130Cas SH3 domain PTP-PEST peptide chimera
要素Breast cancer anti-estrogen resistance 1,Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 12
キーワードSTRUCTURE FROM CYANA 3.97 / SH3 domain / p130Cas
機能・相同性
機能・相同性情報


antigen receptor-mediated signaling pathway / negative regulation of platelet-derived growth factor receptor-beta signaling pathway / negative regulation of ERBB signaling pathway / regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / endothelin receptor signaling pathway / tissue regeneration / Signaling by PDGF / hepatocyte growth factor receptor signaling pathway / Interleukin-37 signaling / podosome ...antigen receptor-mediated signaling pathway / negative regulation of platelet-derived growth factor receptor-beta signaling pathway / negative regulation of ERBB signaling pathway / regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / endothelin receptor signaling pathway / tissue regeneration / Signaling by PDGF / hepatocyte growth factor receptor signaling pathway / Interleukin-37 signaling / podosome / cellular response to hepatocyte growth factor stimulus / p130Cas linkage to MAPK signaling for integrins / neurotrophin TRK receptor signaling pathway / peptidyl-tyrosine dephosphorylation / platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / phosphoprotein phosphatase activity / vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / PTK6 Regulates RHO GTPases, RAS GTPase and MAP kinases / protein dephosphorylation / ruffle / positive regulation of endothelial cell migration / protein tyrosine phosphatase activity / protein-tyrosine-phosphatase / protein tyrosine phosphatase activity, metal-dependent / histone H2AXY142 phosphatase activity / non-membrane spanning protein tyrosine phosphatase activity / Downstream signal transduction / SHC1 events in ERBB2 signaling / cellular response to epidermal growth factor stimulus / Constitutive Signaling by Overexpressed ERBB2 / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / actin filament organization / integrin-mediated signaling pathway / cell projection / cell chemotaxis / B cell receptor signaling pathway / regulation of cell growth / EGFR downregulation / SH3 domain binding / VEGFA-VEGFR2 Pathway / epidermal growth factor receptor signaling pathway / Downregulation of ERBB2 signaling / insulin receptor signaling pathway / cell migration / lamellipodium / actin cytoskeleton / T cell receptor signaling pathway / regulation of apoptotic process / cell adhesion / positive regulation of cell migration / G protein-coupled receptor signaling pathway / axon / cell division / focal adhesion / protein kinase binding / nucleoplasm / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Protein-tyrosine phosphatase, non-receptor type-12 / : / BCAR1, SH3 domain / : / Serine rich protein interaction domain / CAS family, C-terminal / CAS family / CAS, serine rich four helix bundle domain superfamily / Serine rich protein interaction domain / Crk-Associated Substrate C-terminal domain ...Protein-tyrosine phosphatase, non-receptor type-12 / : / BCAR1, SH3 domain / : / Serine rich protein interaction domain / CAS family, C-terminal / CAS family / CAS, serine rich four helix bundle domain superfamily / Serine rich protein interaction domain / Crk-Associated Substrate C-terminal domain / : / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain / PTP type protein phosphatase domain profile. / Protein-tyrosine phosphatase / Tyrosine-specific protein phosphatase, PTPase domain / Protein-tyrosine phosphatase, catalytic / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain motif / Tyrosine specific protein phosphatases active site. / Protein-tyrosine phosphatase, active site / Tyrosine-specific protein phosphatases domain / Tyrosine specific protein phosphatases domain profile. / Protein-tyrosine phosphatase-like / SH3 domain / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Breast cancer anti-estrogen resistance protein 1 / Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 12 / Breast cancer anti-estrogen resistance 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Hexnerova, R. / Veverka, V.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: Structural characterization of CAS SH3 domain selectivity and regulation reveals new CAS interaction partners.
著者: Gemperle, J. / Hexnerova, R. / Lepsik, M. / Tesina, P. / Dibus, M. / Novotny, M. / Brabek, J. / Veverka, V. / Rosel, D.
履歴
登録2017年5月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年9月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月8日Group: Data collection / カテゴリ: pdbx_nmr_software / Item: _pdbx_nmr_software.name
改定 1.22019年10月30日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: pdbx_database_related / pdbx_nmr_spectrometer / Item: _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.32024年6月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Breast cancer anti-estrogen resistance 1,Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 12


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,8471
ポリマ－10,8471
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area7580 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)40 / 100structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Breast cancer anti-estrogen resistance 1,Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 12 / CAS SH3 domain PTP-PEST peptide chimera / PTP-PEST / Protein-tyrosine phosphatase G1 / PTPG1 / CAS ...CAS SH3 domain PTP-PEST peptide chimera / PTP-PEST / Protein-tyrosine phosphatase G1 / PTPG1 / CAS SH3 domain PTP-PEST peptide chimera


分子量: 10847.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BCAR1, PTPN12 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q6P5Z4, UniProt: Q05209, UniProt: P56945*PLUS, protein-tyrosine-phosphatase

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic13D HN(CA)CB
131isotropic13D CBCA(CO)NH
141isotropic23D 1H-15N NOESY
151isotropic23D 1H-13C NOESY

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試料調製

詳細タイプ: solution / 内容: 25 mM sodium phosphate, 1 M TCEP, 90% H2O/10% D2O / Label: 1 / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
25 mMsodium phosphatenatural abundance1
1 MTCEPnatural abundance1
試料状態イオン強度: 100 mM / Label: 1 / pH: 7.5 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III6001
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III8502

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解析

NMR software
名称開発者分類
TopSpinBruker Biospincollection
TopSpinBruker Biospin解析
SparkyGoddardchemical shift assignment
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
YASARAKrieger精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 5
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 40

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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