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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5o1k | ||||||
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タイトル | Crystal structure of murine neuroglobin mutant V140W under 20 bar xenon pressure | ||||||
![]() | Neuroglobin | ||||||
![]() | TRANSPORT PROTEIN / globin / oxygen transporter | ||||||
機能・相同性 | ![]() Intracellular oxygen transport / GDP-dissociation inhibitor activity / nitrite reductase activity / 酸化還元酵素; 他の含窒素化合物が電子供与する / oxygen transport / oxygen carrier activity / oxygen binding / cellular response to hydrogen peroxide / neuron projection development / cellular response to hypoxia ...Intracellular oxygen transport / GDP-dissociation inhibitor activity / nitrite reductase activity / 酸化還元酵素; 他の含窒素化合物が電子供与する / oxygen transport / oxygen carrier activity / oxygen binding / cellular response to hydrogen peroxide / neuron projection development / cellular response to hypoxia / perikaryon / response to hypoxia / mitochondrial matrix / heme binding / negative regulation of apoptotic process / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Colloc'h, N. / Prange, T. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Mapping Hydrophobic Tunnels and Cavities in Neuroglobin with Noble Gas under Pressure. 著者: Colloc'h, N. / Carpentier, P. / Montemiglio, L.C. / Vallone, B. / Prange, T. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 48.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 33.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 869.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 872.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 9.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 12.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 16721.949 Da / 分子数: 1 / 変異: C55S C120S V140W / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 61分子 ![](data/chem/img/HEM.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/XE.gif)
![](data/chem/img/DIO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/XE.gif)
![](data/chem/img/DIO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-HEM / | ||||
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#3: 化合物 | ChemComp-SO4 / | ||||
#4: 化合物 | ChemComp-XE / #5: 化合物 | ChemComp-DIO / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.51 % / Mosaicity: 0 ° |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 1.6 M ammonium sulfate, 0.1 M MES, 10 % dioxane |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月20日 / 詳細: mirrors | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.048→23.121 Å / Num. obs: 11323 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 28.01 Å2 / Rpim(I) all: 0.034 / Rrim(I) all: 0.092 / Rsym value: 0.077 / Net I/av σ(I): 8.2 / Net I/σ(I): 14.6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1q1f 解像度: 2.05→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU B: 4.117 / SU ML: 0.111 / SU R Cruickshank DPI: 0.1551 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.155 / ESU R Free: 0.147 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 122.88 Å2 / Biso mean: 43.341 Å2 / Biso min: 18.78 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.05→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.048→2.101 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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