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- PDB-5nzy: Crystal structure of DNA cross-link repair protein 1A in complex ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5nzy
タイトルCrystal structure of DNA cross-link repair protein 1A in complex with Cefotaxime
要素DNA cross-link repair 1A protein
キーワードDNA BINDING PROTEIN / exonulcease / cephalosporin / cross-link repair / DCLRE1A
機能・相同性
機能・相同性情報


5'-3' DNA exonuclease activity / interstrand cross-link repair / Fanconi Anemia Pathway / beta-lactamase / beta-lactamase activity / double-strand break repair via nonhomologous end joining / fibrillar center / damaged DNA binding / cell division / zinc ion binding / nucleoplasm
類似検索 - 分子機能
Rossmann fold - #12650 / DNA repair metallo-beta-lactamase / DNA repair metallo-beta-lactamase / Rad18, zinc finger UBZ4-type / Zinc finger UBZ4-type profile. / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Metallo-beta-lactamase; Chain A / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / 4-Layer Sandwich / Rossmann fold ...Rossmann fold - #12650 / DNA repair metallo-beta-lactamase / DNA repair metallo-beta-lactamase / Rad18, zinc finger UBZ4-type / Zinc finger UBZ4-type profile. / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Metallo-beta-lactamase; Chain A / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / 4-Layer Sandwich / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-CE3 / NICKEL (II) ION / DNA cross-link repair 1A protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.551 Å
データ登録者Newman, J.A. / Aitkenhead, H. / Kupinska, K. / Burgess-Brown, N.A. / Talon, R. / Krojer, T. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A. / Bountra, C. / Gileadi, O.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of DNA cross-link repair protein 1A in complex with Cefotaxime
著者: Newman, J.A. / Aitkenhead, H. / Kupinska, K. / Burgess-Brown, N.A. / Talon, R. / Krojer, T. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A. / Bountra, C. / Gileadi, O.
履歴
登録2017年5月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年6月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月30日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.name / _citation.title ..._chem_comp.name / _citation.title / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA cross-link repair 1A protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,8924
ポリマ－38,9221
非ポリマー9703
水5,224290
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1340 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area15820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.122, 55.830, 112.743
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 DNA cross-link repair 1A protein / SNM1 homolog A / hSNM1A


分子量: 38922.070 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DCLRE1A, KIAA0086, SNM1, SNM1A
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q6PJP8
#2: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 化合物 ChemComp-CE3 / (6R,7R)-3-(acetyloxymethyl)-7-[[(2Z)-2-(2-amino-1,3-thiazol-4-yl)-2-methoxyimino-ethanoyl]amino]-8-oxo-5-thia-1-azabicy clo[4.2.0]oct-2-ene-2-carboxylic acid / CEFOTAXIME / セフォタキシム


分子量: 455.465 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H17N5O7S2 / コメント: 抗生剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 290 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.49 %
結晶化温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 30 % PEG 1000, 0.1 M MIB buffer pH 6.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.975 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.975 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→112.7 Å / Num. obs: 47632 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.1 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Rpim(I) all: 0.049 / Net I/σ(I): 8.8
反射 シェル解像度: 1.55→1.59 Å / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 1.35 / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 3452 / CC1/2: 0.533 / Rpim(I) all: 0.684 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5ago

5ago


解像度: 1.551→50.031 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 30.66
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2456 2246 4.89 %
Rwork0.2058 --
obs0.2078 45975 96.62 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.551→50.031 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2698 0 61 290 3049
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0042848
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7513879
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.4731687
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052428
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005494
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5506-1.58430.3873970.40312286X-RAY DIFFRACTION82
1.5843-1.62120.39561140.34172603X-RAY DIFFRACTION93
1.6212-1.66170.31371360.32922696X-RAY DIFFRACTION97
1.6617-1.70660.34971240.31322747X-RAY DIFFRACTION98
1.7066-1.75690.33911440.29952727X-RAY DIFFRACTION97
1.7569-1.81360.30351430.29192743X-RAY DIFFRACTION98
1.8136-1.87840.37631390.2692753X-RAY DIFFRACTION98
1.8784-1.95360.3141610.25392726X-RAY DIFFRACTION98
1.9536-2.04250.25581520.22492767X-RAY DIFFRACTION98
2.0425-2.15020.26991250.21072770X-RAY DIFFRACTION98
2.1502-2.28490.28711600.20882725X-RAY DIFFRACTION97
2.2849-2.46130.29461430.20792746X-RAY DIFFRACTION97
2.4613-2.7090.24541360.21122767X-RAY DIFFRACTION97
2.709-3.1010.23021450.20762800X-RAY DIFFRACTION98
3.101-3.90660.21211620.17252849X-RAY DIFFRACTION99
3.9066-50.05730.19371650.1653024X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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