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- PDB-5nzu: The structure of the COPI coat linkage II -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5nzu
タイトルThe structure of the COPI coat linkage II
要素
  • (Coatomer subunit ...) x 6
  • ADP-ribosylation factor 1
キーワードTRANSPORT PROTEIN / COPI / coatomer / coated vesicles
機能・相同性
機能・相同性情報


cerebellar Purkinje cell layer maturation / protein localization to cell leading edge / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / protein localization to axon / VxPx cargo-targeting to cilium / Synthesis of PIPs at the Golgi membrane / Intra-Golgi traffic / trans-Golgi Network Vesicle Budding / protein localization to Golgi membrane / Golgi localization ...cerebellar Purkinje cell layer maturation / protein localization to cell leading edge / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / protein localization to axon / VxPx cargo-targeting to cilium / Synthesis of PIPs at the Golgi membrane / Intra-Golgi traffic / trans-Golgi Network Vesicle Budding / protein localization to Golgi membrane / Golgi localization / COPI-coated vesicle / pancreatic juice secretion / regulation of Golgi organization / organelle membrane contact site / COPI vesicle coat / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / COPI-mediated anterograde transport / COPI-mediated anterograde transport / Golgi vesicle transport / positive regulation of mitochondrial fusion / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / organelle transport along microtubule / regulation of fatty acid metabolic process / establishment of Golgi localization / intra-Golgi vesicle-mediated transport / Golgi to plasma membrane transport / retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to endoplasmic reticulum / pigmentation / Golgi-associated vesicle / positive regulation of mitochondrial fission / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / protein secretion / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / vesicle-mediated transport / Neutrophil degranulation / adult locomotory behavior / small monomeric GTPase / establishment of localization in cell / macroautophagy / protein kinase C binding / intracellular protein transport / hormone activity / protein transport / growth cone / Golgi membrane / axon / GTPase activity / mRNA binding / neuronal cell body / GTP binding / structural molecule activity / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / extracellular space / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Coatomer beta subunit, C-terminal / Coatomer beta subunit (COPB1) / Coatomer beta subunit, appendage platform domain / Coatomer beta C-terminal region / Coatomer beta subunit appendage platform / Coatomer, gamma subunit, appendage, Ig-like subdomain / Coatomer gamma subunit / Coatomer subunit gamma, C-terminal / Coatomer, gamma subunit, appendage domain superfamily / Coatomer subunit zeta ...Coatomer beta subunit, C-terminal / Coatomer beta subunit (COPB1) / Coatomer beta subunit, appendage platform domain / Coatomer beta C-terminal region / Coatomer beta subunit appendage platform / Coatomer, gamma subunit, appendage, Ig-like subdomain / Coatomer gamma subunit / Coatomer subunit gamma, C-terminal / Coatomer, gamma subunit, appendage domain superfamily / Coatomer subunit zeta / Coatomer gamma subunit appendage platform subdomain / Coatomer subunit gamma-1 C-terminal appendage platform / Coatomer delta subunit / Coatomer, alpha subunit, C-terminal / Coatomer subunit alpha / : / Coatomer (COPI) alpha subunit C-terminus / Coatomer beta' subunit (COPB2) / Coatomer, WD associated region / : / Coatomer WD associated region / Cytochrome cd1-nitrite reductase-like, haem d1 domain superfamily / ADP-ribosylation factor 1-5 / Clathrin adaptor complex, small chain / Clathrin adaptor complexes small chain signature. / Coatomer/calthrin adaptor appendage, C-terminal subdomain / Adaptor complexes medium subunit family / AP complex, mu/sigma subunit / Clathrin adaptor complex small chain / AP-2 complex subunit mu, C-terminal superfamily / Mu homology domain / Mu homology domain (MHD) profile. / Clathrin/coatomer adaptor, adaptin-like, N-terminal / Adaptin N terminal region / Small GTPase superfamily, ARF type / Clathrin adaptor, appendage, Ig-like subdomain superfamily / small GTPase Arf family profile. / Sar1p-like members of the Ras-family of small GTPases / Small GTPase superfamily, ARF/SAR type / ADP-ribosylation factor family / Longin-like domain superfamily / Anaphase-promoting complex subunit 4 WD40 domain / ARF-like small GTPases; ARF, ADP-ribosylation factor / TBP domain superfamily / Rab subfamily of small GTPases / Armadillo-like helical / Small GTP-binding protein domain / Armadillo-type fold / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Coatomer subunit beta' / ADP-ribosylation factor 1 / Coatomer subunit zeta-1 / Coatomer subunit delta / Coatomer subunit alpha / Coatomer subunit beta / Coatomer subunit gamma-1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 15 Å
データ登録者Dodonova, S.O. / Aderhold, P. / Kopp, J. / Ganeva, I. / Roehling, S. / Hagen, W.J.H. / Sinning, I. / Wieland, F. / Briggs, J.A.G.
資金援助 ドイツ, 2件
組織認可番号国
German Research FoundationSFB638 (A16 and Z4) ドイツ
German Research FoundationWI 654/12-1 ドイツ
引用ジャーナル: Elife / 年: 2017
タイトル: 9Å structure of the COPI coat reveals that the Arf1 GTPase occupies two contrasting molecular environments.
著者: Svetlana O Dodonova / Patrick Aderhold / Juergen Kopp / Iva Ganeva / Simone Röhling / Wim J H Hagen / Irmgard Sinning / Felix Wieland / John A G Briggs /
要旨: COPI coated vesicles mediate trafficking within the Golgi apparatus and between the Golgi and the endoplasmic reticulum. Assembly of a COPI coated vesicle is initiated by the small GTPase Arf1 that ...COPI coated vesicles mediate trafficking within the Golgi apparatus and between the Golgi and the endoplasmic reticulum. Assembly of a COPI coated vesicle is initiated by the small GTPase Arf1 that recruits the coatomer complex to the membrane, triggering polymerization and budding. The vesicle uncoats before fusion with a target membrane. Coat components are structurally conserved between COPI and clathrin/adaptor proteins. Using cryo-electron tomography and subtomogram averaging, we determined the structure of the COPI coat assembled on membranes in vitro at 9 Å resolution. We also obtained a 2.57 Å resolution crystal structure of βδ-COP. By combining these structures we built a molecular model of the coat. We additionally determined the coat structure in the presence of ArfGAP proteins that regulate coat dissociation. We found that Arf1 occupies contrasting molecular environments within the coat, leading us to hypothesize that some Arf1 molecules may regulate vesicle assembly while others regulate coat disassembly.
履歴
登録2017年5月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年6月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月30日Group: Author supporting evidence / Data collection ...Author supporting evidence / Data collection / Experimental preparation / Refinement description
カテゴリ: em_3d_fitting / em_imaging_optics ...em_3d_fitting / em_imaging_optics / em_sample_support / em_software / pdbx_audit_support
Item: _em_3d_fitting.target_criteria / _em_imaging_optics.energyfilter_name ..._em_3d_fitting.target_criteria / _em_imaging_optics.energyfilter_name / _em_sample_support.details / _em_sample_support.grid_type / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22018年1月31日Group: Data processing / カテゴリ: em_software / Item: _em_software.name / _em_software.version
改定 1.32018年10月24日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_validate_close_contact / struct_conn
改定 1.42024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-3723
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-3723
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Coatomer subunit alpha
B: Coatomer subunit beta
C: Coatomer subunit beta'
D: Coatomer subunit delta
F: ADP-ribosylation factor 1
G: Coatomer subunit gamma-1
R: ADP-ribosylation factor 1
Z: Coatomer subunit zeta-1
K: Coatomer subunit gamma-1
L: Coatomer subunit zeta-1
M: ADP-ribosylation factor 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)708,89011
ポリマ－708,89011
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
モデル数3

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要素

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Coatomer subunit ... , 6種, 8分子 ABCDGKZL

#1: タンパク質 Coatomer subunit alpha / Alpha-coat protein / Alpha-COP


分子量: 142532.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Copa / 細胞株 (発現宿主): SF9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q8CIE6
#2: タンパク質 Coatomer subunit beta / Beta-coat protein / Beta-COP


分子量: 109148.109 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Copb1, Copb / 細胞株 (発現宿主): SF9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9JIF7
#3: タンパク質 Coatomer subunit beta' / Beta'-coat protein / Beta'-COP / p102


分子量: 102566.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Copb2 / 細胞株 (発現宿主): SF9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O55029
#4: タンパク質 Coatomer subunit delta / Archain / Delta-coat protein / Delta-COP


分子量: 57304.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Arcn1, Copd / 細胞株 (発現宿主): SF9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q5XJY5
#6: タンパク質 Coatomer subunit gamma-1 / Gamma-1-coat protein / Gamma-1-COP


分子量: 97622.703 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Copg1, Copg / 細胞株 (発現宿主): SF9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9QZE5
#7: タンパク質 Coatomer subunit zeta-1 / Zeta-1-coat protein / Zeta-1 COP


分子量: 20218.168 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Copz1, Copz / 細胞株 (発現宿主): SF9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P61924

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タンパク質 , 1種, 3分子 FRM

#5: タンパク質 ADP-ribosylation factor 1


分子量: 20552.438 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: ARF1, YDL192W, D1244 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P11076

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: 3D ARRAY / ３次元再構成法: サブトモグラム平均法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプ詳細Entity IDParent-ID由来
1The structure of the COPI coat leafCOMPLEXThe asymmetric unit of the COPI coatall0MULTIPLE SOURCES
2COPI coat complexCOMPLEX#1-#4, #6-#71RECOMBINANT
3ADP-ribosylation factor 1COMPLEX#51RECOMBINANT
分子量値: 1.65 MDa / 実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Mus musculus (ハツカネズミ)10090
23Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)4932
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)7108
23Escherichia coli (大腸菌)562
緩衝液pH: 7.4
詳細: Protein-A conjugated 10 nm gold was added to the reaction mix in 1:6 volume ratio before plunge-freezing
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
150 mMHEPES1
250 mMKOAc1
31 mMMgCl21
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: COPI-coated vesicles were produced in vitro by incubating coatomer, Arf1, GTPgS, ARNO and GUVs in a total volume of 40 ul for 30 minutes at 37C
試料支持詳細: Protochips C-flat MultiHole, 20 mA / グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat
急速凍結装置: HOMEMADE PLUNGER / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 85 % / 凍結前の試料温度: 296 K
詳細: The sample was applied onto glow-discharged (30 sec, 20 mA) C-flat (Protochips Inc.) multihole grids. The grids were blotted from the back side for 11 seconds at room temperature in a chamber ...詳細: The sample was applied onto glow-discharged (30 sec, 20 mA) C-flat (Protochips Inc.) multihole grids. The grids were blotted from the back side for 11 seconds at room temperature in a chamber at 85% humidity and plunge-frozen into liquid ethane using a manual plunger.

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
詳細: Tomographic tilt series were acquired with the dose-symmetric tilt-scheme (Hagen et al., J Struct Biol. 2017)
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 5000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 2 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1
詳細: Each of the images in the tilt series was low-pass filtered according to the electron-dose acquired by the sample (Grant and Grigorieff, 2015).
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター 上限: 20 eV / エネルギーフィルター 下限: 0 eV
画像スキャン動画フレーム数/画像: 5 / 利用したフレーム数/画像: 1-5

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1Amiravolume selection
2SerialEM画像取得
4CTFFIND4CTF補正
7UCSF Chimera1.11モデルフィッティング
13TOM Toolbox３次元再構成
14TOM Toolboxvolume selection
15IMODCTF補正
16AV3３次元再構成
CTF補正詳細: CTF-determination for each individual tilt image was performed using CTFFIND4. Strip-based CTF-correction and tomogram reconstruction was performed in Imod.
タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 15 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 3312 / 対称性のタイプ: POINT
EM volume selection詳細: 1733 vesicles and near-complete buds were picked from 61 tomograms. Subtomograms were extracted from the surface of the vesicles.
Num. of tomograms: 54 / Num. of volumes extracted: 3312
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL / Target criteria: Cross-correlation coefficient

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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