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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5nxz | |||||||||
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タイトル | A C145A mutant of Nesterenkonia AN1 amidase from the nitrilase superfamily | |||||||||
![]() | Amidase | |||||||||
![]() | HYDROLASE / active site / amidase / cysteine 145 / alanine 145 / nitrilase superfamily | |||||||||
機能・相同性 | ![]() amidase / indoleacetamide hydrolase activity / N-carbamoylputrescine amidase activity / putrescine biosynthetic process from arginine / beta-alanine biosynthetic process via 3-ureidopropionate / beta-ureidopropionase activity / amidase activity 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Kimani, S.W. / Sewell, B.T. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Substrate recognition by an amidase of the nitrilase superfamily 著者: Kimani, S.W. / Venter, G.A. / Sewell, B.T. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 69.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 49.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 422.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 424.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 13.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 20.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30068.686 Da / 分子数: 1 / 変異: C145A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: Nit2 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.75 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 2.0 M AMMONIUM SULFATE |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年3月6日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9173 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.21→57.49 Å / Num. obs: 82613 / % possible obs: 95.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.668 % / Biso Wilson estimate: 17.776 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Rrim(I) all: 0.052 / Χ2: 0.948 / Net I/σ(I): 20.21 / Num. measured all: 550851 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: Undeposited model 解像度: 1.21→57.49 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / WRfactor Rfree: 0.2008 / WRfactor Rwork: 0.1688 / FOM work R set: 0.8772 / SU B: 0.563 / SU ML: 0.026 / SU R Cruickshank DPI: 0.0365 / SU Rfree: 0.0402 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.036 / ESU R Free: 0.04 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 129.71 Å2 / Biso mean: 14.849 Å2 / Biso min: 6.55 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.21→57.49 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.21→1.242 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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