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- PDB-5nxf: Crystal structure of the carboxy-terminal region of the bacteriop... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5nxf
タイトルCrystal structure of the carboxy-terminal region of the bacteriophage T4 proximal long tail fibre protein gp34, residues 795 to 1289, at 1.9 Angstrom.
要素Long-tail fiber proximal subunit
キーワードVIRAL PROTEIN / CAUDOVIRALES / MYOVIRIDAE
機能・相同性: / : / Long-tail fiber proximal subunit, C-terminal, trimerization domain / Long-tail fiber proximal subunit, C-terminal, second / virus tail, fiber / ACETATE ION / PHOSPHATE ION / UREA / Long-tail fiber proximal subunit
機能・相同性情報
生物種Enterobacteria phage T4 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Namura, M. / van Raaij, M.J. / Kanamaru, S.
資金援助 スペイン, 日本, 6件
組織認可番号国
Spanish Ministry of Economy and CompetitivenessBFU2008-01588 スペイン
Spanish Ministry of Economy and CompetitivenessBFU2011-24843
Spanish Ministry of Economy and CompetitivenessBFU2014-53425-P
Spanish Ministry of Economy and CompetitivenessBFU2014-61367-EXP スペイン
European CommissionNMP4-CT-2006-033256 スペイン
Japan Society for the Promotion of ScienceJP25440066 日本
引用
ジャーナル: Viruses / 年: 2017
タイトル: Crystal Structure of the Carboxy-Terminal Region of the Bacteriophage T4 Proximal Long Tail Fiber Protein Gp34.
著者: Granell, M. / Namura, M. / Alvira, S. / Kanamaru, S. / van Raaij, M.J.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2014
タイトル: Crystallization of the carboxy-terminal region of the bacteriophage T4 proximal long tail fibre protein gp34.
著者: Granell, M. / Namura, M. / Alvira, S. / Garcia-Doval, C. / Singh, A.K. / Gutsche, I. / van Raaij, M.J. / Kanamaru, S.
履歴
登録2017年5月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年7月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年7月19日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 2.02017年9月13日Group: Atomic model / Author supporting evidence ...Atomic model / Author supporting evidence / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / entity ...atom_site / entity / pdbx_audit_support / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id / _struct_site_gen.auth_seq_id / _struct_site_gen.label_asym_id
改定 2.12024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type
Item: _citation.country / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.country / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Long-tail fiber proximal subunit
B: Long-tail fiber proximal subunit
C: Long-tail fiber proximal subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)167,51027
ポリマ－165,4593
非ポリマー2,05224
水32,8051821
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: equilibrium centrifugation, Analytical centrifugation shows the protein is a trimer., native gel electrophoresis, On SDS-PAGE without heating the sample, the protein runs as a trimer.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area70720 Å2
ΔGint-398 kcal/mol
Surface area52700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.107, 75.943, 149.128
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.21, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Long-tail fiber proximal subunit / Gene product 34 / gp34


分子量: 55152.875 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 781-1289 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ)
遺伝子: 34 / プラスミド: pETDuet-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): KRX / 参照: UniProt: P18771

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非ポリマー , 6種, 1845分子

#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物 ChemComp-URE / UREA / 尿素


分子量: 60.055 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH4N2O
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1821 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.2 % / 解説: Clustered bar-shaped and rhombus-shaped crystals
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2 / 詳細: between 4 and 7 % (w/v) PEG 6000 100 mM TrisHCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 0.9788 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年6月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9788 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→46.12 Å / Num. obs: 161501 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 15 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.115 / Net I/σ(I): 10
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.425 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique obs: 23029 / % possible all: 97

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4UXF

4uxf


解像度: 1.9→46.12 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / SU B: 2.935 / SU ML: 0.084 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.115 / ESU R Free: 0.114 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20785 1957 1.2 %RANDOM
Rwork0.17106 ---
obs0.17151 159525 98.91 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 25.891 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.59 Å20 Å21.59 Å2
2---0.47 Å20 Å2
3---1.05 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.9→46.12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11299 0 130 1821 13250
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0211642
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0210372
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4291.94615825
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.943324094
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.28151480
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.31424.519520
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.334151745
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.481569
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.21797
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02113150
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022403
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4032.525932
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.4032.5195928
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.2053.7677406
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.2043.7687407
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.512.6385710
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.512.6385711
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.3793.9128420
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.64231.31513429
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.64231.31613430
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.896→1.945 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.275 159 -
Rwork0.244 11143 -
obs--93.92 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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