[日本語] English
万見
- PDB-5nx6: Crystal structure of 1,8-cineole synthase from Streptomyces clavu... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5nx6
タイトルCrystal structure of 1,8-cineole synthase from Streptomyces clavuligerus in complex with 2-fluoroneryl diphosphate
要素Pentalenene synthase
キーワードLYASE / terpene synthase / 1 / 8-cineole / monoterpenoid / Eucalyptol
機能・相同性
機能・相同性情報


1,8-cineole synthase / 1,8-cineole synthase activity / geranyl diphosphate metabolic process / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
Terpene cyclase-like 2 / Terpene synthase family 2, C-terminal metal binding / Isoprenoid synthase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
2-ethyl-2-(hydroxymethyl)propane-1,3-diol / Chem-LA6 / ETHYL DIMETHYL AMMONIO PROPANE SULFONATE / 1,8-cineole synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces clavuligerus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.63 Å
データ登録者Karuppiah, V. / Leys, D. / Scrutton, N.S.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/M000354/1 英国
引用ジャーナル: ACS Catal / 年: 2017
タイトル: Structural Basis of Catalysis in the Bacterial Monoterpene Synthases Linalool Synthase and 1,8-Cineole Synthase.
著者: Karuppiah, V. / Ranaghan, K.E. / Leferink, N.G.H. / Johannissen, L.O. / Shanmugam, M. / Ni Cheallaigh, A. / Bennett, N.J. / Kearsey, L.J. / Takano, E. / Gardiner, J.M. / van der Kamp, M.W. / ...著者: Karuppiah, V. / Ranaghan, K.E. / Leferink, N.G.H. / Johannissen, L.O. / Shanmugam, M. / Ni Cheallaigh, A. / Bennett, N.J. / Kearsey, L.J. / Takano, E. / Gardiner, J.M. / van der Kamp, M.W. / Hay, S. / Mulholland, A.J. / Leys, D. / Scrutton, N.S.
履歴
登録2017年5月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年9月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年10月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Pentalenene synthase
B: Pentalenene synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,15314
ポリマ－75,5492
非ポリマー1,60512
水14,574809
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3680 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area24750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.810, 60.830, 64.100
Angle α, β, γ (deg.)90.04, 92.89, 101.98
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Pentalenene synthase / 1 / 8-cineole synthase


分子量: 37774.359 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces clavuligerus (バクテリア)
遺伝子: SCLAV_p0982, SSCG_00536 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B5GMG2, pentalenene synthase

-
非ポリマー , 6種, 821分子

#2: 化合物 ChemComp-LA6 / (2E)-2-fluoro-3,7-dimethylocta-2,6-dien-1-yl trihydrogen diphosphate


分子量: 332.200 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C10H19FO7P2
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-9D2 / 2-ethyl-2-(hydroxymethyl)propane-1,3-diol / トリメチロ-ルプロパン


分子量: 134.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O3
#5: 化合物 ChemComp-NDS / ETHYL DIMETHYL AMMONIO PROPANE SULFONATE


分子量: 195.280 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H17NO3S
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 809 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.57 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 90mM of LiNaK (0.3M lithium sulphate, 0.3M sodium sulphate, 0.3 M potassium sulphate), 0.1M of buffer system 4 (1M MOPSO, 1M Bis-Tris) pH 6.5 and 50% precipitant mix 8 (10% PEG 20000, 50% ...詳細: 90mM of LiNaK (0.3M lithium sulphate, 0.3M sodium sulphate, 0.3 M potassium sulphate), 0.1M of buffer system 4 (1M MOPSO, 1M Bis-Tris) pH 6.5 and 50% precipitant mix 8 (10% PEG 20000, 50% trimethyl propane, 2% NDSB 195)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.99 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年5月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.63→32.27 Å / Num. obs: 107492 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 1.8 % / CC1/2: 0.987 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Rpim(I) all: 0.09 / Net I/σ(I): 6.7
反射 シェル解像度: 1.63→1.66 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.639 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 5258 / CC1/2: 0.479 / Rpim(I) all: 0.639 / % possible all: 94.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_2621: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIXモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1PS1

1ps1


解像度: 1.63→32.264 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 20.37
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1938 5155 4.8 %
Rwork0.1662 --
obs0.1675 107482 95.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.63→32.264 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4943 0 98 809 5850
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0135283
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.157226
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.253118
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.063755
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009947
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.63-1.64850.31661380.29873388X-RAY DIFFRACTION95
1.6485-1.66790.25361460.29113349X-RAY DIFFRACTION94
1.6679-1.68830.3161780.27613403X-RAY DIFFRACTION94
1.6883-1.70960.30061690.27513299X-RAY DIFFRACTION95
1.7096-1.73210.29491660.26573461X-RAY DIFFRACTION95
1.7321-1.75590.28671520.25993345X-RAY DIFFRACTION95
1.7559-1.78090.2831420.253446X-RAY DIFFRACTION95
1.7809-1.80750.24841660.23353346X-RAY DIFFRACTION95
1.8075-1.83580.2421630.22853425X-RAY DIFFRACTION95
1.8358-1.86590.24361540.21993326X-RAY DIFFRACTION95
1.8659-1.8980.22281760.21453433X-RAY DIFFRACTION96
1.898-1.93250.20431770.19863386X-RAY DIFFRACTION96
1.9325-1.96970.21021810.20393416X-RAY DIFFRACTION96
1.9697-2.00990.25132010.17773387X-RAY DIFFRACTION95
2.0099-2.05360.20161700.16793388X-RAY DIFFRACTION96
2.0536-2.10140.19891680.16163444X-RAY DIFFRACTION96
2.1014-2.15390.18651430.16563424X-RAY DIFFRACTION96
2.1539-2.21210.21611800.15243440X-RAY DIFFRACTION97
2.2121-2.27720.17381900.14793380X-RAY DIFFRACTION97
2.2772-2.35070.17961640.13543452X-RAY DIFFRACTION97
2.3507-2.43470.1651740.12993468X-RAY DIFFRACTION97
2.4347-2.53210.14951680.1353482X-RAY DIFFRACTION97
2.5321-2.64730.17341710.13893429X-RAY DIFFRACTION97
2.6473-2.78680.18111730.14463455X-RAY DIFFRACTION98
2.7868-2.96130.17311880.13963442X-RAY DIFFRACTION97
2.9613-3.18970.17022010.14793456X-RAY DIFFRACTION97
3.1897-3.51040.17321860.13833403X-RAY DIFFRACTION97
3.5104-4.01750.16111950.12133449X-RAY DIFFRACTION97
4.0175-5.05850.13811890.13633420X-RAY DIFFRACTION97
5.0585-32.27030.24511860.20053385X-RAY DIFFRACTION96
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.06460.05040.01960.6914-0.16390.822-0.002-0.13820.02550.09340.01270.0353-0.0627-0.0553-0.0160.1088-0.0133-0.00970.106-0.00720.09697.855216.143525.3083
20.81130.02040.11721.1332-0.07340.71640.01570.1349-0.0311-0.1849-0.022-0.07460.04680.0744-0.00020.1256-0.00750.01050.11440.00620.099229.8148-1.67990.5473
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 4 through 406)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and resid 4 through 406)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る