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万見
- PDB-5nwv: NMR assignment and structure of a peptide derived from the fusion... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5nwv
タイトルNMR assignment and structure of a peptide derived from the fusion peptide of HIV-1 gp41 in the presence of dodecylphosphocholine micelles
要素scrFP-tag,Gp41
キーワードVIRAL PROTEIN / Envelope glycoprotein gp41 / fusion peptide / STRUCTURE FROM CYANA 2.1
機能・相同性Gp41
機能・相同性情報
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Jimenez, M.A. / Serrano, S. / Nieva, J.L. / Huarte, N.
資金援助 スペイン, 1件
組織認可番号国
MINECOCTQ2014-52633P スペイン
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2017
タイトル: Structure-Related Roles for the Conservation of the HIV-1 Fusion Peptide Sequence Revealed by Nuclear Magnetic Resonance.
著者: Serrano, S. / Huarte, N. / Rujas, E. / Andreu, D. / Nieva, J.L. / Jimenez, M.A.
履歴
登録2017年5月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年12月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月8日Group: Data collection / カテゴリ: pdbx_nmr_software / Item: _pdbx_nmr_software.name
改定 1.22019年10月30日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: pdbx_database_related / pdbx_nmr_spectrometer / Item: _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_validate_torsion / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
改定 2.12024年11月6日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: scrFP-tag,Gp41


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,8221
ポリマ－3,8221
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area330 Å2
ΔGint5 kcal/mol
Surface area3600 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1fewest violations

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要素

#1: タンパク質・ペプチド scrFP-tag,Gp41


分子量: 3822.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: Residues 1-4 and 12-15 are derived from gp41 fusion peptide and correspond to residues 514-517 and 525-528 of gp41. Residues 5-11 are residues 518-524 of gp41 in a scrambled order. Residues ...詳細: Residues 1-4 and 12-15 are derived from gp41 fusion peptide and correspond to residues 514-517 and 525-528 of gp41. Residues 5-11 are residues 518-524 of gp41 in a scrambled order. Residues 19-35 are derived from gp41 MPER region and correspond to residues 655-671 of gp41. Residues 16-18 are the linker sequence.
由来: (合成) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
参照: UniProt: Q69894
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-1H COSY
121isotropic12D 1H-1H TOCSY
131isotropic12D 1H-1H NOESY
141isotropic12D 1H-13C HSQC aliphatic
151isotropic12D 1H-15N HSQC

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 0.6 mM scrFP-tag, 25 % [U-98% 2H] HFIP, 7.5 % H2O, 67.5 % [U-99% 2H] D2O, 2 mM HEPES, 0.1 mM DSS, hexafluoroisopropanol/water
詳細: 25 % hexafluoroisopropanol / Label: scrFP-tag / 溶媒系: hexafluoroisopropanol/water
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.6 mMscrFP-tagnatural abundance1
25 %HFIP[U-98% 2H]1
7.5 %H2Onatural abundance1
67.5 %D2O[U-99% 2H]1
2 mMHEPESnatural abundance1
0.1 mMDSSnatural abundance1
試料状態イオン強度: 2 mM / Label: conditions_1 / pH: 6.8 pH* / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz / 詳細: equipped with a cryoprobe

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解析

NMR software
名称開発者分類
TopSpinBruker Biospincollection
TopSpinBruker Biospin解析
SparkyGoddardchemical shift assignment
SparkyGoddardpeak picking
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 6
代表構造選択基準: fewest violations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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