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- PDB-5nwn: Deinococcus radiodurans BphP PAS-GAF-PHY Y263F mutant, dark -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5nwn
タイトルDeinococcus radiodurans BphP PAS-GAF-PHY Y263F mutant, dark
要素Bacteriophytochrome
キーワードTRANSFERASE / Kinase / Photosensor / Phytochrome
機能・相同性
機能・相同性情報


osmosensory signaling via phosphorelay pathway / detection of visible light / phosphorelay response regulator activity / protein kinase activator activity / histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / photoreceptor activity / regulation of DNA-templated transcription / ATP binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
PHY domain / : / Phytochrome, PHY domain superfamily / PAS fold-2 / PAS fold / Phytochrome, central region / Phytochrome region / GAF domain / Phytochrome chromophore attachment domain / Phytochrome chromophore attachment site domain profile. ...PHY domain / : / Phytochrome, PHY domain superfamily / PAS fold-2 / PAS fold / Phytochrome, central region / Phytochrome region / GAF domain / Phytochrome chromophore attachment domain / Phytochrome chromophore attachment site domain profile. / PAS domain / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / GAF domain / Domain present in phytochromes and cGMP-specific phosphodiesterases. / GAF domain / GAF-like domain superfamily / Beta-Lactamase / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / PAS domain superfamily / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-LBV / Bacteriophytochrome
類似検索 - 構成要素
生物種Deinococcus radiodurans (放射線耐性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Takala, H. / Westehoff, S. / Ihalainen, J.A.
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2018
タイトル: On the (un)coupling of the chromophore, tongue interactions, and overall conformation in a bacterial phytochrome.
著者: Takala, H. / Lehtivuori, H.K. / Berntsson, O. / Hughes, A. / Nanekar, R. / Niebling, S. / Panman, M. / Henry, L. / Menzel, A. / Westenhoff, S. / Ihalainen, J.A.
履歴
登録2017年5月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年4月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年6月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Bacteriophytochrome
B: Bacteriophytochrome
C: Bacteriophytochrome
D: Bacteriophytochrome
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)228,6038
ポリマ－226,2604
非ポリマー2,3434
水00
1
A: Bacteriophytochrome
B: Bacteriophytochrome
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,3014
ポリマ－113,1302
非ポリマー1,1712
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Bacteriophytochrome
D: Bacteriophytochrome
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,3014
ポリマ－113,1302
非ポリマー1,1712
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)84.110, 197.120, 214.110
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
12B
22A
32C
42D
13C
23A
33B
43D
14D
24A
34B
44C

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Beg auth comp-ID: PRO / Beg label comp-ID: PRO / End auth comp-ID: LBV / End label comp-ID: LBV / Refine code: 1 / Auth seq-ID: 7 - 600 / Label seq-ID: 21

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA - E
21BB - F
31CC - G
41DD - H
12BB - F
22AA - E
32CC - G
42DD - H
13CC - G
23AA - E
33BB - F
43DD - H
14DD - H
24AA - E
34BB - F
44CC - G

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.975792, -0.218699, 0.001178), (-0.218658, 0.975689, 0.014791), (-0.004384, 0.014176, -0.99989)85.545486, 9.57666, -10.18035
3given(-0.240456, 0.97, 0.035781), (0.97066, 0.240267, 0.009537), (0.000654, 0.037025, -0.999314)-161.951187, 127.580994, -69.099243
4given(-0.027155, -0.999204, -0.029217), (0.998641, -0.025816, -0.045264), (0.044474, -0.030406, 0.998548)218.924164, 176.43602, 57.71624
5given(1), (1), (1)
6given(-0.975792, -0.218658, -0.004384), (-0.218699, 0.975689, 0.014176), (0.001178, 0.014791, -0.99989)85.523956, 9.50915, -10.42167
7given(0.022389, -0.999217, -0.032619), (0.999659, 0.022813, -0.012686), (0.013421, -0.032324, 0.999387)215.960953, 168.427551, 60.366249
8given(-0.192059, 0.980793, 0.034029), (0.980933, 0.192905, -0.023619), (-0.029729, 0.028844, -0.999142)-166.932617, 134.595657, -65.263893
9given(1), (1), (1)
10given(-0.240456, 0.97066, 0.000654), (0.97, 0.240267, 0.037025), (0.035781, 0.009537, -0.999314)-162.734665, 128.997528, -64.47374
11given(0.022389, 0.999659, 0.013421), (-0.999217, 0.022813, -0.032324), (-0.032619, -0.012686, 0.999387)-174.015549, 213.900711, -51.148109
12given(0.9759, 0.215186, -0.036258), (0.215248, -0.976557, -0.002245), (-0.035891, -0.005613, -0.99934)-44.079151, 385.882812, -112.634392
13given(1), (1), (1)
14given(-0.027155, 0.998641, 0.044474), (-0.999204, -0.025816, -0.030406), (-0.029217, -0.045264, 0.998548)-172.818359, 225.059723, -43.249931
15given(-0.192059, 0.980933, -0.029729), (0.980793, 0.192905, 0.028844), (0.034029, -0.023619, -0.999142)-166.030426, 139.644638, -56.348351
16given(0.9759, 0.215248, -0.035891), (0.215186, -0.976557, -0.005613), (-0.036258, -0.002245, -0.99934)-44.086079, 385.689484, -113.291893

-
要素

#1: タンパク質
Bacteriophytochrome / Phytochrome-like protein


分子量: 56565.027 Da / 分子数: 4 / 変異: Y263F / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Deinococcus radiodurans (strain ATCC 13939 / DSM 20539 / JCM 16871 / LMG 4051 / NBRC 15346 / NCIMB 9279 / R1 / VKM B-1422) (放射線耐性)
遺伝子: bphP, DR_A0050 / プラスミド: pET21b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9RZA4, histidine kinase
#2: 化合物
ChemComp-LBV / 3-[2-[(Z)-[3-(2-carboxyethyl)-5-[(Z)-(4-ethenyl-3-methyl-5-oxidanylidene-pyrrol-2-ylidene)methyl]-4-methyl-pyrrol-1-ium -2-ylidene]methyl]-5-[(Z)-[(3E)-3-ethylidene-4-methyl-5-oxidanylidene-pyrrolidin-2-ylidene]methyl]-4-methyl-1H-pyrrol-3- yl]propanoic acid / 2(R),3(E)- PHYTOCHROMOBILIN


分子量: 585.670 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H37N4O6
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.64 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 100 mM Tris/HCL pH 8.5, 200 mM sodium acetate trihydrate, 30% PEG4000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97779 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年1月30日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97779 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.6→19.94 Å / Num. obs: 40750 / % possible obs: 96.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.389 % / Biso Wilson estimate: 139.832 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rrim(I) all: 0.082 / Χ2: 1.008 / Net I/σ(I): 11.59
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
3.6-3.694.5221.4140.929470.3431.59298.8
3.69-3.84.5131.121.231500.4591.26298
3.8-44.3550.6582.0449310.6970.74797.4
4-84.4030.09712.27261150.9950.11197.4
8-154.1650.02737.4732520.9990.03195.1
15-19.943.6280.02737.753550.9990.03150.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation7.83 Å19.94 Å
Translation7.83 Å19.94 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALENov 1, 2016データスケーリング
PHASER2.5.7位相決定
REFMAC5.8.0135精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5C5K

5c5k


解像度: 3.6→19.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / SU B: 46.295 / SU ML: 0.638 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.653
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2868 2037 5 %RANDOM
Rwork0.2475 ---
obs0.2495 38682 96.66 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 339.54 Å2 / Biso mean: 195.18 Å2 / Biso min: 87.23 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.06 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.1 Å2-0 Å2
3---0.04 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.6→19.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14443 0 172 0 14615
Biso mean--190.11 --
残基数----1891
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.01915005
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0214332
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1751.98820527
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.88332885
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.39151875
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.47523.185631
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.641152223
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.35915119
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0590.22311
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02116935
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.023328
Refine LS restraints NCS

数: 7162 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: TIGHT THERMAL / Weight position: 0.5

Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRms dev position (Å)
11A44.44
12B38.22
13C42.9
14D40.09
21B38.22
22A44.44
23C42.9
24D40.09
31C42.9
32A44.44
33B38.22
34D40.09
41D40.09
42A44.44
43B38.22
44C42.9
LS精密化 シェル解像度: 3.6→3.69 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.359 145 -
Rwork0.373 2783 -
all-2928 -
obs--98.75 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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