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- PDB-5nuz: Junin virus GP1 glycoprotein in complex with an antibody Fab fragment -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5nuz
タイトルJunin virus GP1 glycoprotein in complex with an antibody Fab fragment
要素
  • Pre-glycoprotein polyprotein GP complex
  • eOD01 heavy chain
  • eOD01 light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / viral antigen-antibody complex
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell Golgi membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / host cell endoplasmic reticulum membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Arenavirus glycoprotein, zinc binding domain / Arenavirus glycoprotein / Arenavirus glycoprotein / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ISOPROPYL ALCOHOL / Pre-glycoprotein polyprotein GP complex
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Junin mammarenavirus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Zeltina, A. / Krumm, S.A. / Sahin, M. / Struwe, W.B. / Harlos, K. / Nunberg, J.H. / Crispin, M. / Pinschewer, D.D. / Doores, K.J. / Bowden, T.A.
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2017
タイトル: Convergent immunological solutions to Argentine hemorrhagic fever virus neutralization.
著者: Zeltina, A. / Krumm, S.A. / Sahin, M. / Struwe, W.B. / Harlos, K. / Nunberg, J.H. / Crispin, M. / Pinschewer, D.D. / Doores, K.J. / Bowden, T.A.
履歴
登録2017年5月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年6月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年7月12日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_id_ASTM ..._citation.country / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年10月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: eOD01 heavy chain
H: eOD01 heavy chain
B: eOD01 light chain
C: Pre-glycoprotein polyprotein GP complex
L: eOD01 light chain
D: Pre-glycoprotein polyprotein GP complex
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)139,48828
ポリマ－134,8196
非ポリマー4,67022
水16,214900
1
A: eOD01 heavy chain
B: eOD01 light chain
C: Pre-glycoprotein polyprotein GP complex
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,46814
ポリマ－67,4093
非ポリマー2,05911
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
H: eOD01 heavy chain
L: eOD01 light chain
D: Pre-glycoprotein polyprotein GP complex
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,02014
ポリマ－67,4093
非ポリマー2,61111
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)97.090, 101.910, 147.760
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21H
12B
22L
13C
23D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLUGLUASPASPAA1 - 2144 - 224
21GLUGLUASPASPHB1 - 2144 - 224
12GLYGLYASNASNBC0 - 2123 - 219
22GLYGLYASNASNLE0 - 2123 - 219
13LEULEUASPASPCD88 - 2295 - 146
23LEULEUASPASPDF88 - 2295 - 146

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 CD

#3: タンパク質 Pre-glycoprotein polyprotein GP complex


分子量: 18095.586 Da / 分子数: 2 / 断片: receptor attachment glycoprotein GP1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Fragment: receptor attachment glycoprotein GP1, residues 87-232
由来: (組換発現) Junin mammarenavirus (ウイルス) / 遺伝子: GPC / プラスミド: pOPINTTGNeo / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: C1K9J9

-
抗体 , 2種, 4分子 AHBL

#1: 抗体 eOD01 heavy chain


分子量: 25127.076 Da / 分子数: 2
断片: Fab fragment (domains: variable heavy and constant heavy 1)
由来タイプ: 組換発現
詳細: Fab fragment (domains: variable heavy and constant heavy 1)
由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / Variant: BALB/c / プラスミド: pHLsec / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 eOD01 light chain


分子量: 24186.633 Da / 分子数: 2
断片: Fab fragment (domains: variable light and constant light)
由来タイプ: 組換発現
詳細: Fab fragment (domains: variable light and constant light)
由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / Variant: BALB/c / プラスミド: pHLsec / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
糖 , 3種, 5分子

#4: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1072.964 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpa1-6[DManpa1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1_e3-f1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1559.386 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-2DManpa1-6[DManpa1-3]DManpa1-6[DManpa1-2DManpa1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,9,8/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-f1_d2-e1_f3-g1_f6-h1_h2-i1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#8: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 917分子

#6: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 化合物
ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル


分子量: 60.095 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 900 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.63 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 20 % (v/v) 2-propanol, 20 % (w/v) PEG 4000, 0.1 M tri-Sodium Citrate (pH 5.6)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月10日
詳細: Kirkpatrick Baez (KB) bimorph mirror pair for horizontal and vertical focussing
放射モノクロメーター: Double Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→50.93 Å / Num. obs: 124898 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 11.9 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.131 / Net I/σ(I): 15.6
反射 シェル解像度: 1.85→1.9 Å / 冗長度: 12 % / Rmerge(I) obs: 1.78 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 9101 / CC1/2: 0.669 / % possible all: 99.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
xia2データ削減
PHASER位相決定
Cootモデル構築
REFMAC5.8.0158精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
xia2データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.85→50.93 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / SU B: 5.959 / SU ML: 0.088 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.126 / ESU R Free: 0.116
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES, WITH TLS ADDED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2099 6121 4.9 %RANDOM
Rwork0.1845 ---
obs0.1858 118415 99.37 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 105.86 Å2 / Biso mean: 36.176 Å2 / Biso min: 18.18 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.6 Å20 Å2-0 Å2
2---1.99 Å20 Å2
3---0.39 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.85→50.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8935 0 309 900 10144
Biso mean--65.51 42.87 -
残基数----1151
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.029536
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.028406
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3381.97412986
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8723.00119706
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.9045.0561160
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.25624.593381
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.827151484
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.2871530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.21484
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02110262
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021844
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A133760.04
12H133760.04
21B134780.05
22L134780.05
31C88600.09
32D88600.09
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.898 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.316 444 -
Rwork0.312 8581 -
all-9025 -
obs--98.86 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.06790.1626-0.09331.5231-0.18180.2601-0.00930.0027-0.02580.05770.05320.1284-0.04710.0342-0.04390.0481-0.00210.04090.06720.00930.134-7.39649.226115.2355
20.1419-0.0134-0.05561.34290.21040.2106-0.02860.02950.00490.12370.03720.0650.01610.0291-0.00860.0727-0.00240.04180.0873-0.01310.072921.479516.229144.0782
30.20220.2898-0.0940.8401-0.28170.1418-0.04870.0851-0.0525-0.15040.0576-0.0047-0.00230.0136-0.00890.0896-0.03050.01340.112-0.03230.07584.43575.01042.0743
42.94671.0716-1.10490.9716-1.4092.61070.46840.2670.09330.5139-0.14010.1261-0.60650.1508-0.32820.3745-0.12660.07680.14750.01330.10626.400254.00888.0154
50.0987-0.1021-0.00710.64790.33380.4284-0.0091-0.0051-0.009-0.07040.0535-0.0264-0.06090.1501-0.04440.0317-0.04350.03660.1403-0.03590.081434.60720.393632.4764
61.3457-0.4763-0.96981.17220.6831.7592-0.03240.0814-0.14130.2023-0.11810.11870.23630.04030.15050.18440.02550.03380.0559-0.04850.098328.1597-27.721628.6948
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 214
2X-RAY DIFFRACTION2H1 - 214
3X-RAY DIFFRACTION3B0 - 213
4X-RAY DIFFRACTION4C88 - 229
5X-RAY DIFFRACTION5L-1 - 213
6X-RAY DIFFRACTION6D88 - 229

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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