PDB-5nus: Structure of a minimal complex between p44 and p34 from Chaetomiu...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5nus

タイトル

Structure of a minimal complex between p44 and p34 from Chaetomium thermophilum

要素

p34
p44

キーワード

TRANSCRIPTION / RING finger domain / von Willebrand factor A like

機能・相同性

機能・相同性情報

transcription factor TFIIH core complex / transcription factor TFIIH holo complex / nucleotide-excision repair / DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Chaetomium thermophilum (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Koelmel, W. / Schoenwetter, E. / Kuper, J. / Schmitt, D.R. / Kisker, C.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2017
タイトル: The intricate network between the p34 and p44 subunits is central to the activity of the transcription/DNA repair factor TFIIH.
著者: Radu, L. / Schoenwetter, E. / Braun, C. / Marcoux, J. / Koelmel, W. / Schmitt, D.R. / Kuper, J. / Cianferani, S. / Egly, J.M. / Poterszman, A. / Kisker, C.

履歴

登録	2017年5月2日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年10月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月1日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5nus.cif.gz	180.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5nus.ent.gz	146.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5nus.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5nus_validation.pdf.gz	438.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5nus_full_validation.pdf.gz	440 KB	表示
XML形式データ	5nus_validation.xml.gz	11.9 KB	表示
CIF形式データ	5nus_validation.cif.gz	15.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nu/5nus ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nu/5nus	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5o85C 5obzC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1rsz-d 1rt9-d 1i79-d 1rfg-d 1pf7-d 2nzl-d 2q7o-d 1rct-d 1tah-2 3pxn-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#87 - 2007年3月ジンクフィンガー (Zinc Fingers) 類似性 (3) #134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (4) #55 - 2004年7月 DNAリガーゼ (DNA Ligase) 類似性 (3) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (3) #112 - 2009年4月 Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors) 類似性 (3) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (3) #257 - 2021年5月胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin) 類似性 (3)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#87 - 2007年3月
ジンクフィンガー (Zinc Fingers)
類似性 (3)
#134 - 2011年2月
インテグリン (Integrin)
類似性 (4)
#55 - 2004年7月
DNAリガーゼ (DNA Ligase)
類似性 (3)
#166 - 2013年10月
プロテアソーム (Proteasome)
類似性 (3)
#112 - 2009年4月
Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors)
類似性 (3)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (3)
#257 - 2021年5月
胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin)
類似性 (3)

登録構造単位

A: p34

B: p44

ヘテロ分子

44.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	147.056, 147.056, 87.599
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	182
Space group name H-M	P6₃22

#1: タンパク質	p34 分子量: 31972.957 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類) 遺伝子: CTHT_0004460 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G0RXV8
#2: タンパク質	p44 分子量: 12263.829 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類) 遺伝子: CTHT_0002690 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G0RZE6
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.2 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: HEPES, PEG 4000, MPD

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.97625 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→48.14 Å / Num. obs: 28834 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 18.5 % / B_iso Wilson estimate: 40.91 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.121 / R_pim(I) all: 0.029 / Net I/σ(I): 19.6
反射シェル	解像度: 2.2→2.27 Å / 冗長度: 14.8 % / R_merge(I) obs: 4.399 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 2439 / CC_1/2: 0.7 / R_pim(I) all: 1.133 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.2→41.418 Å / SU ML: 0.48 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 31.5

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.227	1406	4.94 %
R_work	0.2097	-	-
obs	0.2106	28436	98.65 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 73.88 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→41.418 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2158	0	2	18	2178

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	2265
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.728	3093
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.52	821
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.029	361
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	398

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2002-2.2788	0.5051	126	0.5191	2337	X-RAY DIFFRACTION	88
2.2788-2.37	0.3673	127	0.3351	2698	X-RAY DIFFRACTION	100
2.37-2.4779	0.2917	141	0.2888	2675	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4779-2.6085	0.2774	121	0.2693	2712	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6085-2.7719	0.284	122	0.2559	2716	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7719-2.9859	0.2456	149	0.2351	2707	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9859-3.2862	0.234	156	0.2262	2723	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2862-3.7615	0.2154	152	0.1934	2732	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7615-4.738	0.1819	141	0.1624	2800	X-RAY DIFFRACTION	100
4.738-41.4258	0.2024	171	0.1774	2930	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.3834	0.8977	-2.729	9.6974	3.1051	4.8516	-0.4178	0.032	-0.3866	0.3069	0.1815	-0.6039	0.539	0.4179	0.5039	0.4332	-0.0658	-0.0513	0.6762	0.0347	0.3475	120.3095	74.5135	8
2	4.1239	-4.6431	-0.9001	9.2341	2.5034	3.0197	-0.306	-0.7986	0.1575	0.2729	0.3804	-0.0357	-0.0903	0.3987	-0.1565	0.4195	-0.1624	-0.0298	0.5796	0.0074	0.4828	120.1995	84.6799	21.1568
3	3.3504	-0.5495	-0.1718	7.5236	0.2011	6.6325	-0.0159	0.1444	0.4196	-0.9908	-0.0566	-0.558	-0.4379	0.4085	0.2067	0.4706	-0.218	-0.0586	0.5394	0.062	0.4522	122.2521	85.6929	8.2586
4	6.7269	4.3748	-4.8807	5.5251	-3.7833	5.1408	-1.1509	0.7575	1.0201	-0.6751	0.6324	-4.1447	-1.0761	2.8684	0.8819	1.13	-0.5268	0.0809	1.3583	0.0952	1.3578	132.22	84.8074	3.2208
5	4.484	-6.5116	-0.6318	6.5162	1.2141	5.7662	0.0748	-0.0935	0.7463	-0.6249	-0.1094	-2.5813	-0.4927	1.1944	-0.1105	0.5483	-0.1936	0.0356	0.8351	0.0248	0.8762	130.6417	85.5053	14.4856
6	4.1178	3.9986	5.6419	5.1794	6.6097	9.5142	-0.1102	0.1396	0.3756	-1.0167	0.2059	-0.6714	-0.2042	-0.0348	-0.2959	0.708	-0.0052	-0.0919	0.6361	-0.0128	0.7866	115.598	100.9301	14.5618
7	5.0362	-0.1338	0.3796	2.8771	0.4078	6.1305	-0.2912	0.3336	0.0329	-1.0986	0.1583	-0.1123	-0.1997	0.7265	0.0523	0.6652	-0.235	0.0208	0.5516	0.0463	0.4042	118.9151	81.4662	-1.4971
8	6.0348	1.3301	-0.4397	9.2958	3.1496	8.2936	-0.0968	0.0037	-0.3504	-1.3264	-0.4051	0.369	-0.3531	-0.1507	0.2708	0.4982	-0.1244	-0.0698	0.5055	0.1318	0.423	116.8354	76.9957	4.5448
9	8.0581	-6.1069	0.2671	7.7214	1.6237	6.8177	-0.3433	0.3294	0.4771	-0.118	-0.4894	0.4159	-0.3641	-0.7813	0.7065	0.6509	-0.1628	-0.1913	0.7237	-0.0382	0.524	105.8073	85.0163	0.5264
10	6.0334	6.7348	3.7941	4.029	4.4759	4.125	-0.3275	-0.7418	0.5517	-0.6711	-0.8012	1.2728	-0.5058	-2.349	0.8371	0.4689	0.0519	-0.1504	0.847	-0.1507	0.5498	105.4121	83.0457	12.9701
11	8.914	3.9006	7.2328	6.666	5.1811	6.8359	-0.0549	-0.9248	-0.0583	0.4128	-0.1556	0.6824	0.7492	-2.3135	0.2115	0.4194	-0.13	0.0781	0.838	0.0559	0.5063	105.9782	78.1155	17.2329
12	8.5911	-5.53	-4.9619	10.0914	1.5476	3.6732	-0.5197	-0.7627	-0.19	0.6061	0.534	-0.1703	-0.0045	1.2093	0.2511	0.4927	-0.1172	0.0171	0.6097	0.0991	0.463	115.2533	76.5016	23.228
13	5.0859	2.5631	-2.1705	6.7438	-3.1427	6.6147	-0.4945	1.6027	-0.3513	-0.2026	0.3185	-0.003	-0.7043	-0.2413	0.1547	1.2862	-0.2326	-0.2046	0.8794	0.218	0.6675	115.8415	94.5527	-13.5545
14	4.2729	-0.0001	-1.6592	3.3391	-1.5651	1.3944	0.0342	-0.7132	0.961	-0.7836	-0.0238	-1.002	-1.1781	2.1628	0.0865	1.2427	-0.706	0.0796	1.2134	0.0663	0.7813	130.3986	93.8454	-8.2643
15	2.375	2.9851	-3.5308	3.9435	-5.0194	7.3522	2.3263	-0.5976	0.5093	-1.7255	-0.9928	-1.5629	-0.665	2.1369	-1.0809	2.4643	-0.3169	0.4043	1.5931	-0.172	1.7445	138.1059	89.0442	-16.6167
16	5.6434	0.1456	-3.1098	5.9656	-2.0077	6.1042	-0.1328	1.0651	0.2929	-1.6054	0.0641	0.0451	-1.2721	-0.0897	-0.2237	1.3193	-0.4176	-0.0592	0.7698	0.0988	0.4425	119.3206	90.7934	-10.418
17	5.7607	1.1761	-3.0455	8.9521	3.8324	4.2806	0.6167	0.0412	1.215	-0.6912	-0.6078	0.3446	-1.477	-0.9227	-0.3164	0.989	-0.1738	-0.1825	0.4356	0.1037	0.6968	115.6266	98.6062	1.1727

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 18 through 30 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 31 through 62 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 63 through 82 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 83 through 108 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 109 through 126 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 127 through 141 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 142 through 161 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 162 through 212 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 213 through 232 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 233 through 252 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 253 through 262 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'A' and (resid 263 through 274 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 380 through 389 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 390 through 409 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 410 through 414 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 415 through 444 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 445 through 453 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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