PDB-5nup: Structural basis for maintenance of bacterial outer membrane lipi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5nup

タイトル

Structural basis for maintenance of bacterial outer membrane lipid asymmetry

要素

ABC transporter permease
OmpK36

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / Outer membrane / lipid asymmetry / lipoprotein / phospholipid translocation

機能・相同性

機能・相同性情報

intermembrane phospholipid transfer / porin activity / pore complex / cell outer membrane / monoatomic ion transmembrane transport / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.9 Å

データ登録者

Abellon-Ruiz, J. / Kaptan, S.S. / Basle, A. / Claudi, B. / Bumann, D. / Kleinekathofer, U. / van den Berg, B.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2017
タイトル: Structural basis for maintenance of bacterial outer membrane lipid asymmetry.
著者: Abellon-Ruiz, J. / Kaptan, S.S. / Basle, A. / Claudi, B. / Bumann, D. / Kleinekathofer, U. / van den Berg, B.

履歴

登録	2017年5月1日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年10月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月1日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2017年12月6日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5nup.cif.gz	658.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5nup.ent.gz	552.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5nup.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5nup_validation.pdf.gz	3.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5nup_full_validation.pdf.gz	3.9 MB	表示
XML形式データ	5nup_validation.xml.gz	64 KB	表示
CIF形式データ	5nup_validation.cif.gz	84.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nu/5nup ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nu/5nup	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5nuoC 5nuqC 5nurC 1osmS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5nuo-d 5nur-d 2029 97 22002 1kx5-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: OmpK36

B: OmpK36

C: OmpK36

D: ABC transporter permease

E: ABC transporter permease

F: ABC transporter permease

ヘテロ分子

201 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	92.377, 145.240, 232.535
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	OmpK36 分子量: 38030.934 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: ompK36 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D6QLY0, UniProt: F2VN85*PLUS
#2: タンパク質	ABC transporter permease / Lipoprotein / Phospholipid-binding lipoprotein MlaA / Putative phospholipid-binding lipoprotein ...Lipoprotein / Phospholipid-binding lipoprotein MlaA / Putative phospholipid-binding lipoprotein MlaA / VacJ protein 分子量: 26364.527 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) 遺伝子: mlaA, vacJ, AGG09_21815, BB749_07690, BCB67_11070, BL143_09030, BN49_3944, PMK1_00224, SAMEA3531778_01593, SM57_02930 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0W8AQT6
#3: 化合物	ChemComp-C8E / (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE / テトラエチレングリコ-ルモノオクチルエ-テル分子量: 306.438 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₃₄O₅ / コメント: C8E, 可溶化剤*YM
#4: 糖	ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシドタイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₄₆O₁₁ / コメント: 可溶化剤*YM

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 69.53 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.04 M magnesium chloride hexahydrate, 0.05 M sodium chloride, 0.1 M HEPES pH7.5 and 32 % PEG400

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年1月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.9→145.2 Å / Num. obs: 70200 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.2 % / CC_1/2: 0.996 / R_pim(I) all: 0.068 / Net I/σ(I): 7
反射シェル	解像度: 2.9→2.97 Å / 冗長度: 7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 4460 / CC_1/2: 0.82 / R_pim(I) all: 0.408 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築
PHENIX	(1.11.1_2575: ???)	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1OSM

1osm

解像度: 2.9→68.383 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 33.5

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2905	3408	4.87 %
R_work	0.2408	-	-
obs	0.2432	70035	99.88 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.9→68.383 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12893	0	345	0	13238

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	13550
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.368	18281
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.799	7762
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.072	1848
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	2399

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.9-2.9414	0.4242	133	0.3442	2711	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9414-2.9854	0.3698	154	0.3315	2738	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9854-3.032	0.4031	150	0.3107	2724	X-RAY DIFFRACTION	100
3.032-3.0817	0.3912	149	0.3021	2762	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0817-3.1349	0.3471	113	0.2856	2731	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1349-3.1919	0.3324	158	0.2697	2741	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1919-3.2532	0.3282	158	0.2671	2725	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2532-3.3197	0.3253	135	0.2631	2753	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3197-3.3918	0.3272	129	0.2619	2756	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3918-3.4707	0.3348	137	0.2604	2759	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4707-3.5575	0.3462	119	0.2482	2789	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5575-3.6537	0.3071	135	0.238	2745	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6537-3.7612	0.2881	144	0.2322	2751	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7612-3.8826	0.2866	150	0.2271	2747	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8826-4.0214	0.3079	141	0.2275	2793	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0214-4.1823	0.2891	141	0.2296	2771	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1823-4.3727	0.2803	144	0.2206	2764	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3727-4.6031	0.2585	147	0.2016	2788	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6031-4.8915	0.2526	155	0.1992	2783	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8915-5.269	0.2482	135	0.2072	2795	X-RAY DIFFRACTION	100
5.269-5.799	0.2446	143	0.2217	2827	X-RAY DIFFRACTION	100
5.799-6.6375	0.2443	159	0.2248	2818	X-RAY DIFFRACTION	100
6.6375-8.3602	0.2677	150	0.2353	2859	X-RAY DIFFRACTION	100
8.3602-68.4018	0.2724	129	0.2702	2997	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5848	-0.2978	-0.0557	0.9196	0.071	1.1671	-0.0399	0.0448	-0.1086	0.0739	0.0205	-0.0531	0.2003	-0.081	0.0175	0.9521	-0.054	-0.0032	0.3917	-0.0045	0.4928	-16.2184	32.6211	-59.4688
2	0.7388	0.1401	0.1136	1.054	-0.447	1.3747	-0.0731	0.0383	0.1382	0.2023	0.0488	-0.046	-0.3885	-0.0886	0.0163	0.9891	0.0198	-0.0167	0.4203	-0.0092	0.4912	-17.3497	70.1265	-67.4819
3	0.8789	0.0602	-0.2931	1.7663	0.2678	1.1554	-0.0856	0.254	0.0095	-0.3908	0.1066	-0.2226	-0.1705	0.0024	-0.0153	1.0628	-0.0777	0.0507	0.5589	-0.0162	0.4578	-10.114	44.7227	-95.3659
4	1.2772	-0.7472	-1.1988	0.8595	0.9885	1.9482	-0.03	-0.133	0.2933	0.4965	0.1368	0.1094	-0.5058	-0.2509	-0.1191	1.1266	0.1862	0.0597	0.4962	-0.0037	0.5081	-38.4641	60.515	-25.7606
5	1.1697	1.7419	0.5944	3.9202	1.1953	1.1268	-0.0007	0.0423	-0.375	0.0531	0.0496	-0.3143	0.1576	-0.0159	-0.0525	0.9603	-0.0458	0.0477	0.4858	-0.0665	0.6234	-23.9768	-2.4905	-91.7454
6	0.65	-0.2079	-0.466	2.4501	-1.627	1.6358	0.1323	0.2552	0.1414	0.0654	0.189	0.2166	-0.7222	-0.6494	-0.2971	1.1825	0.1809	0.0409	0.7399	0.1257	0.5375	-25.9806	86.9536	-112.82

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain 'A' and resid 1 through 342)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain 'B' and resid 1 through 342)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain 'C' and resid 1 through 342)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain 'D' and resid 13 through 211)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain 'E' and resid 13 through 211)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain 'F' and resid 13 through 216)

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)