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- PDB-5nuf: Cytosolic Malate Dehydrogenase 1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5nuf
タイトルCytosolic Malate Dehydrogenase 1
要素Malate dehydrogenase 1, cytoplasmic
キーワードOXIDOREDUCTASE / Dehydrogenase / Malate/Oxaloacetate / NAD+
機能・相同性
機能・相同性情報


malate dehydrogenase / L-malate dehydrogenase (NAD+) activity / malate metabolic process / apoplast / plasmodesma / plant-type vacuole / chloroplast stroma / response to zinc ion / tricarboxylic acid cycle / chloroplast ...malate dehydrogenase / L-malate dehydrogenase (NAD+) activity / malate metabolic process / apoplast / plasmodesma / plant-type vacuole / chloroplast stroma / response to zinc ion / tricarboxylic acid cycle / chloroplast / mRNA binding / extracellular region / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Malate dehydrogenase, NAD-dependent, cytosolic / Malate dehydrogenase, type 2 / Malate dehydrogenase, active site / Malate dehydrogenase active site signature. / L-2-Hydroxyisocaproate Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal / L-lactate/malate dehydrogenase / Lactate/malate dehydrogenase, N-terminal / Lactate/malate dehydrogenase, C-terminal / lactate/malate dehydrogenase, NAD binding domain ...Malate dehydrogenase, NAD-dependent, cytosolic / Malate dehydrogenase, type 2 / Malate dehydrogenase, active site / Malate dehydrogenase active site signature. / L-2-Hydroxyisocaproate Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal / L-lactate/malate dehydrogenase / Lactate/malate dehydrogenase, N-terminal / Lactate/malate dehydrogenase, C-terminal / lactate/malate dehydrogenase, NAD binding domain / lactate/malate dehydrogenase, alpha/beta C-terminal domain / Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / FORMIC ACID / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / HYDROGEN PEROXIDE / Malate dehydrogenase 1, cytoplasmic
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Young, D. / Messens, J. / Huang, J. / Reichheld, J.-P.
引用ジャーナル: J. Exp. Bot. / 年: 2018
タイトル: Self-protection of cytosolic malate dehydrogenase against oxidative stress in Arabidopsis.
著者: Huang, J. / Niazi, A.K. / Young, D. / Rosado, L.A. / Vertommen, D. / Bodra, N. / Abdelgawwad, M.R. / Vignols, F. / Wei, B. / Wahni, K. / Bashandy, T. / Bariat, L. / Van Breusegem, F. / ...著者: Huang, J. / Niazi, A.K. / Young, D. / Rosado, L.A. / Vertommen, D. / Bodra, N. / Abdelgawwad, M.R. / Vignols, F. / Wei, B. / Wahni, K. / Bashandy, T. / Bariat, L. / Van Breusegem, F. / Messens, J. / Reichheld, J.P.
履歴
登録2017年4月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年1月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年7月4日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Malate dehydrogenase 1, cytoplasmic
B: Malate dehydrogenase 1, cytoplasmic
C: Malate dehydrogenase 1, cytoplasmic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,26239
ポリマ－106,8333
非ポリマー4,42936
水9,620534
1
A: Malate dehydrogenase 1, cytoplasmic
ヘテロ分子

A: Malate dehydrogenase 1, cytoplasmic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,36230
ポリマ－71,2222
非ポリマー3,14028
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_577x,-y+2,-z+21
Buried area11030 Å2
ΔGint-158 kcal/mol
Surface area24380 Å2
手法PISA
2
B: Malate dehydrogenase 1, cytoplasmic
C: Malate dehydrogenase 1, cytoplasmic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,08124
ポリマ－71,2222
非ポリマー2,85922
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10070 Å2
ΔGint-120 kcal/mol
Surface area23910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.592, 118.545, 148.219
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
Space group name HallP22ab(z,x,y)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x,-y+1/2,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-684-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Malate dehydrogenase 1, cytoplasmic / Cytosolic NAD-dependent malate dehydrogenase 1 / cNAD-MDH1 / Cytsolic malate dehydrogenase 1 / Cytosolic MDH1


分子量: 35610.918 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
Cell: Cytoplasmic / 遺伝子: MDH1, At1g04410, F19P19.13 / プラスミド: pDEST17 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: P93819, malate dehydrogenase

-
非ポリマー , 10種, 570分子

#2: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-PEO / HYDROGEN PEROXIDE


分子量: 34.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: H2O2
#6: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#8: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#9: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#10: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#11: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 534 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.85 %
結晶化温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.18 M ammonium sulfate, 0.09 M sodium acetate trihydrate, 27% polyethylene glycol monomethyl ether 2000, 10% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: liquid nitrogen cryogenic stream
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54187 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2015年2月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54187 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→43.67 Å / Num. obs: 110856 / % possible obs: 94.42 % / 冗長度: 6.7 % / CC1/2: 0.985 / Rmerge(I) obs: 0.1717 / Rpim(I) all: 0.07035 / Rrim(I) all: 0.186 / Net I/σ(I): 10.15
反射 シェル解像度: 0.864→1.8 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 1.072 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / CC1/2: 0.454 / Rpim(I) all: 0.6292 / Rrim(I) all: 1.252 / % possible all: 67.49

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4MDH

4mdh


解像度: 1.8→43.67 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3142 --
Rwork0.1895 --
obs-95355 94.5 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→43.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7409 0 279 534 8222
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.864 Å / Rfactor Rfree: 0.3263 / Rfactor Rwork: 0.3142

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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