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- PDB-5nu2: Structure of non-fluorescent human urine RBP4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5nu2
タイトルStructure of non-fluorescent human urine RBP4
要素Retinol-binding protein 4
キーワードTRANSPORT PROTEIN / RBP4 / urine retinol-binding protein / lipocalin / fatty acid
機能・相同性
機能・相同性情報


Retinoid metabolism disease events / urinary bladder development / embryonic retina morphogenesis in camera-type eye / retinol transport / female genitalia morphogenesis / retinol transmembrane transporter activity / embryonic organ morphogenesis / maintenance of gastrointestinal epithelium / embryonic skeletal system development / negative regulation of cardiac muscle cell proliferation ...Retinoid metabolism disease events / urinary bladder development / embryonic retina morphogenesis in camera-type eye / retinol transport / female genitalia morphogenesis / retinol transmembrane transporter activity / embryonic organ morphogenesis / maintenance of gastrointestinal epithelium / embryonic skeletal system development / negative regulation of cardiac muscle cell proliferation / eye development / heart trabecula formation / retinal binding / cardiac muscle tissue development / retinol metabolic process / retinol binding / positive regulation of immunoglobulin production / Defective visual phototransduction due to STRA6 loss of function / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / uterus development / vagina development / response to retinoic acid / Retinoid metabolism and transport / visual perception / gluconeogenesis / lung development / positive regulation of insulin secretion / glucose homeostasis / heart development / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Retinol binding protein/Purpurin / Lipocalin, ApoD type / Lipocalin family conserved site / Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Lipocalin/cytosolic fatty-acid binding domain / Calycin beta-barrel core domain / Calycin / Lipocalin / Lipocalin signature. / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PALMITIC ACID / Retinol-binding protein 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Perduca, M. / Monaco, H.L. / Galliano, M.
引用ジャーナル: Biochim. Biophys. Acta / 年: 2018
タイトル: Human plasma retinol-binding protein (RBP4) is also a fatty acid-binding protein.
著者: Perduca, M. / Nicolis, S. / Mannucci, B. / Galliano, M. / Monaco, H.L.
履歴
登録2017年4月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年3月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Retinol-binding protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,3124
ポリマ－20,9841
非ポリマー3273
水2,234124
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area890 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area9210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.680, 102.680, 73.180
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: タンパク質 Retinol-binding protein 4 / Plasma retinol-binding protein / RBP


分子量: 20984.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P02753
#2: 化合物 ChemComp-PLM / PALMITIC ACID / パルミチン酸


分子量: 256.424 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H32O2
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 124 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 4.3 M NaCl, 100 mM Hepes, pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→56.49 Å / Num. obs: 44537 / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.037 / Net I/σ(I): 10.5
反射 シェル解像度: 1.5→1.58 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.443 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 96.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 5NTY

5nty


解像度: 1.5→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.977 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.97 / SU B: 2.966 / SU ML: 0.046 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.056 / ESU R Free: 0.054
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18362 2267 5 %RANDOM
Rwork0.15648 ---
obs0.15783 43086 98.4 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 41.007 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.62 Å20.31 Å20 Å2
2--0.62 Å2-0 Å2
3----2.02 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.5→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1408 0 20 124 1552
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.021469
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.021353
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.7021.9381983
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0873.0083108
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.545175
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.70123.67179
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.91715244
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.5141513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0410.2203
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.021682
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other00.02367
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it10.7362.611698
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other10.732.616699
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it10.5023.926872
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other10.5233.924872
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it13.4363.256771
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other13.4293.256772
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other13.9734.6641111
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined14.68924.0621752
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other14.86623.9661699
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr17.62932822
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free20.401547
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded28.18952866
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.286 161 -
Rwork0.285 3134 -
obs--96.77 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 29.6801 Å / Origin y: 19.2841 Å / Origin z: -0.6933 Å
111213212223313233
T0.0651 Å20.0509 Å2-0.0666 Å2-0.0758 Å2-0.0649 Å2--0.1054 Å2
L0.9488 °2-0.0392 °2-0.1033 °2-0.812 °20.4728 °2--1.3834 °2
S0.0917 Å °-0.0571 Å °-0.0134 Å °0.0285 Å °0.1209 Å °-0.0311 Å °0.1083 Å °0.2374 Å °-0.2126 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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