PDB-5ntd: Structure of Leucyl aminopeptidase from Trypanosoma brucei in com...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ntd

タイトル

Structure of Leucyl aminopeptidase from Trypanosoma brucei in complex with Bestatin

要素

leucyl aminopeptidase

キーワード

HYDROLASE / M17 leucyl aminopeptidase / aminopeptidase / tryanosoma brucei bestatin

機能・相同性

機能・相同性情報

metalloaminopeptidase activity / aminopeptidase activity / peptidase activity / manganese ion binding / proteolysis / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Timm, J. / Wilson, K.

引用

ジャーナル: mSphere / 年: 2018
タイトル: Structural Characterization of Acidic M17 Leucine Aminopeptidases from the TriTryps and Evaluation of Their Role in Nutrient Starvation inTrypanosoma brucei.
著者: Timm, J. / Valente, M. / Garcia-Caballero, D. / Wilson, K.S. / Gonzalez-Pacanowska, D.

履歴

登録	2017年4月27日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年8月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年8月30日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.2	2018年2月21日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.3	2018年3月28日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title / _citation.year
改定 1.4	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ntd.cif.gz	1.2 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ntd.ent.gz	968.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ntd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5ntd_validation.pdf.gz	3.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5ntd_full_validation.pdf.gz	3.7 MB	表示
XML形式データ	5ntd_validation.xml.gz	231 KB	表示
CIF形式データ	5ntd_validation.cif.gz	325.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nt/5ntd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nt/5ntd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5nskSC 5nsmC 5nsqC 5ntfC 5ntgC 5nthC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5nsm-2 5nsm-3 5nsm-1 5nsk-d 5nsq-d 4efd-d 5ntf-1 5lhj-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#244 - 2020年4月光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes) 類似性 (1) #49 - 2004年1月炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase) 類似性 (1) #59 - 2004年11月光化学系II (Photosystem II) 類似性 (1)

登録構造単位

A: leucyl aminopeptidase

B: leucyl aminopeptidase

D: leucyl aminopeptidase

C: leucyl aminopeptidase

E: leucyl aminopeptidase

F: leucyl aminopeptidase

G: leucyl aminopeptidase

H: leucyl aminopeptidase

I: leucyl aminopeptidase

J: leucyl aminopeptidase

K: leucyl aminopeptidase

L: leucyl aminopeptidase

ヘテロ分子

673 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

J: leucyl aminopeptidase

K: leucyl aminopeptidase

L: leucyl aminopeptidase

ヘテロ分子

G: leucyl aminopeptidase

H: leucyl aminopeptidase

I: leucyl aminopeptidase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: light scattering
336 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: leucyl aminopeptidase

B: leucyl aminopeptidase

D: leucyl aminopeptidase

C: leucyl aminopeptidase

E: leucyl aminopeptidase

F: leucyl aminopeptidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
336 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

G: leucyl aminopeptidase

H: leucyl aminopeptidase

I: leucyl aminopeptidase

ヘテロ分子

J: leucyl aminopeptidase

K: leucyl aminopeptidase

L: leucyl aminopeptidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
336 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	87.260, 143.450, 268.030
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 95.54, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	THR	THR	LEU	LEU	A	A	3 - 521	3 - 521
2	1	THR	THR	LEU	LEU	B	B	3 - 521	3 - 521
1	2	THR	THR	LEU	LEU	A	A	3 - 521	3 - 521
2	2	THR	THR	LEU	LEU	D	C	3 - 521	3 - 521
1	3	LEU	LEU	LYS	LYS	A	A	4 - 520	4 - 520
2	3	LEU	LEU	LYS	LYS	C	D	4 - 520	4 - 520
1	4	THR	THR	LEU	LEU	A	A	3 - 521	3 - 521
2	4	THR	THR	LEU	LEU	E	E	3 - 521	3 - 521
1	5	THR	THR	LEU	LEU	A	A	3 - 521	3 - 521
2	5	THR	THR	LEU	LEU	F	F	3 - 521	3 - 521
1	6	LEU	LEU	LYS	LYS	A	A	4 - 520	4 - 520
2	6	LEU	LEU	LYS	LYS	G	G	4 - 520	4 - 520
1	7	THR	THR	LEU	LEU	A	A	3 - 521	3 - 521
2	7	THR	THR	LEU	LEU	H	H	3 - 521	3 - 521
1	8	THR	THR	LEU	LEU	A	A	3 - 521	3 - 521
2	8	THR	THR	LEU	LEU	I	I	3 - 521	3 - 521
1	9	THR	THR	LEU	LEU	A	A	3 - 521	3 - 521
2	9	THR	THR	LEU	LEU	J	J	3 - 521	3 - 521
1	10	THR	THR	LEU	LEU	A	A	3 - 521	3 - 521
2	10	THR	THR	LEU	LEU	K	K	3 - 521	3 - 521
1	11	THR	THR	LEU	LEU	A	A	3 - 521	3 - 521
2	11	THR	THR	LEU	LEU	L	L	3 - 521	3 - 521
1	12	THR	THR	LEU	LEU	B	B	3 - 521	3 - 521
2	12	THR	THR	LEU	LEU	D	C	3 - 521	3 - 521
1	13	LEU	LEU	LYS	LYS	B	B	4 - 520	4 - 520
2	13	LEU	LEU	LYS	LYS	C	D	4 - 520	4 - 520
1	14	THR	THR	LEU	LEU	B	B	3 - 521	3 - 521
2	14	THR	THR	LEU	LEU	E	E	3 - 521	3 - 521
1	15	THR	THR	LEU	LEU	B	B	3 - 521	3 - 521
2	15	THR	THR	LEU	LEU	F	F	3 - 521	3 - 521
1	16	LEU	LEU	LYS	LYS	B	B	4 - 520	4 - 520
2	16	LEU	LEU	LYS	LYS	G	G	4 - 520	4 - 520
1	17	THR	THR	LEU	LEU	B	B	3 - 521	3 - 521
2	17	THR	THR	LEU	LEU	H	H	3 - 521	3 - 521
1	18	THR	THR	LEU	LEU	B	B	3 - 521	3 - 521
2	18	THR	THR	LEU	LEU	I	I	3 - 521	3 - 521
1	19	THR	THR	LEU	LEU	B	B	3 - 521	3 - 521
2	19	THR	THR	LEU	LEU	J	J	3 - 521	3 - 521
1	20	THR	THR	LEU	LEU	B	B	3 - 521	3 - 521
2	20	THR	THR	LEU	LEU	K	K	3 - 521	3 - 521
1	21	THR	THR	LEU	LEU	B	B	3 - 521	3 - 521
2	21	THR	THR	LEU	LEU	L	L	3 - 521	3 - 521
1	22	LEU	LEU	LYS	LYS	D	C	4 - 520	4 - 520
2	22	LEU	LEU	LYS	LYS	C	D	4 - 520	4 - 520
1	23	THR	THR	LEU	LEU	D	C	3 - 521	3 - 521
2	23	THR	THR	LEU	LEU	E	E	3 - 521	3 - 521
1	24	THR	THR	LEU	LEU	D	C	3 - 521	3 - 521
2	24	THR	THR	LEU	LEU	F	F	3 - 521	3 - 521
1	25	THR	THR	LYS	LYS	D	C	3 - 520	3 - 520
2	25	THR	THR	LYS	LYS	G	G	3 - 520	3 - 520
1	26	THR	THR	LEU	LEU	D	C	3 - 521	3 - 521
2	26	THR	THR	LEU	LEU	H	H	3 - 521	3 - 521
1	27	THR	THR	LEU	LEU	D	C	3 - 521	3 - 521
2	27	THR	THR	LEU	LEU	I	I	3 - 521	3 - 521
1	28	THR	THR	LEU	LEU	D	C	3 - 521	3 - 521
2	28	THR	THR	LEU	LEU	J	J	3 - 521	3 - 521
1	29	THR	THR	LEU	LEU	D	C	3 - 521	3 - 521
2	29	THR	THR	LEU	LEU	K	K	3 - 521	3 - 521
1	30	THR	THR	LEU	LEU	D	C	3 - 521	3 - 521
2	30	THR	THR	LEU	LEU	L	L	3 - 521	3 - 521
1	31	LEU	LEU	LYS	LYS	C	D	4 - 520	4 - 520
2	31	LEU	LEU	LYS	LYS	E	E	4 - 520	4 - 520
1	32	LEU	LEU	LYS	LYS	C	D	4 - 520	4 - 520
2	32	LEU	LEU	LYS	LYS	F	F	4 - 520	4 - 520
1	33	LEU	LEU	LYS	LYS	C	D	4 - 520	4 - 520
2	33	LEU	LEU	LYS	LYS	G	G	4 - 520	4 - 520
1	34	LEU	LEU	LYS	LYS	C	D	4 - 520	4 - 520
2	34	LEU	LEU	LYS	LYS	H	H	4 - 520	4 - 520
1	35	LEU	LEU	LYS	LYS	C	D	4 - 520	4 - 520
2	35	LEU	LEU	LYS	LYS	I	I	4 - 520	4 - 520
1	36	LEU	LEU	LYS	LYS	C	D	4 - 520	4 - 520
2	36	LEU	LEU	LYS	LYS	J	J	4 - 520	4 - 520
1	37	LEU	LEU	LYS	LYS	C	D	4 - 520	4 - 520
2	37	LEU	LEU	LYS	LYS	K	K	4 - 520	4 - 520
1	38	LEU	LEU	LYS	LYS	C	D	4 - 520	4 - 520
2	38	LEU	LEU	LYS	LYS	L	L	4 - 520	4 - 520
1	39	THR	THR	LEU	LEU	E	E	3 - 521	3 - 521
2	39	THR	THR	LEU	LEU	F	F	3 - 521	3 - 521
1	40	LEU	LEU	LYS	LYS	E	E	4 - 520	4 - 520
2	40	LEU	LEU	LYS	LYS	G	G	4 - 520	4 - 520
1	41	THR	THR	LEU	LEU	E	E	3 - 521	3 - 521
2	41	THR	THR	LEU	LEU	H	H	3 - 521	3 - 521
1	42	THR	THR	LEU	LEU	E	E	3 - 521	3 - 521
2	42	THR	THR	LEU	LEU	I	I	3 - 521	3 - 521
1	43	THR	THR	LEU	LEU	E	E	3 - 521	3 - 521
2	43	THR	THR	LEU	LEU	J	J	3 - 521	3 - 521
1	44	THR	THR	LEU	LEU	E	E	3 - 521	3 - 521
2	44	THR	THR	LEU	LEU	K	K	3 - 521	3 - 521
1	45	THR	THR	LEU	LEU	E	E	3 - 521	3 - 521
2	45	THR	THR	LEU	LEU	L	L	3 - 521	3 - 521
1	46	THR	THR	LYS	LYS	F	F	3 - 520	3 - 520
2	46	THR	THR	LYS	LYS	G	G	3 - 520	3 - 520
1	47	THR	THR	LEU	LEU	F	F	3 - 521	3 - 521
2	47	THR	THR	LEU	LEU	H	H	3 - 521	3 - 521
1	48	THR	THR	LEU	LEU	F	F	3 - 521	3 - 521
2	48	THR	THR	LEU	LEU	I	I	3 - 521	3 - 521
1	49	THR	THR	LEU	LEU	F	F	3 - 521	3 - 521
2	49	THR	THR	LEU	LEU	J	J	3 - 521	3 - 521
1	50	THR	THR	LEU	LEU	F	F	3 - 521	3 - 521
2	50	THR	THR	LEU	LEU	K	K	3 - 521	3 - 521
1	51	THR	THR	LEU	LEU	F	F	3 - 521	3 - 521
2	51	THR	THR	LEU	LEU	L	L	3 - 521	3 - 521
1	52	THR	THR	LYS	LYS	G	G	3 - 520	3 - 520
2	52	THR	THR	LYS	LYS	H	H	3 - 520	3 - 520
1	53	THR	THR	LYS	LYS	G	G	3 - 520	3 - 520
2	53	THR	THR	LYS	LYS	I	I	3 - 520	3 - 520
1	54	LEU	LEU	LYS	LYS	G	G	4 - 520	4 - 520
2	54	LEU	LEU	LYS	LYS	J	J	4 - 520	4 - 520
1	55	LEU	LEU	LYS	LYS	G	G	4 - 520	4 - 520
2	55	LEU	LEU	LYS	LYS	K	K	4 - 520	4 - 520
1	56	THR	THR	LYS	LYS	G	G	3 - 520	3 - 520
2	56	THR	THR	LYS	LYS	L	L	3 - 520	3 - 520
1	57	THR	THR	LEU	LEU	H	H	3 - 521	3 - 521
2	57	THR	THR	LEU	LEU	I	I	3 - 521	3 - 521
1	58	THR	THR	LEU	LEU	H	H	3 - 521	3 - 521
2	58	THR	THR	LEU	LEU	J	J	3 - 521	3 - 521
1	59	THR	THR	LEU	LEU	H	H	3 - 521	3 - 521
2	59	THR	THR	LEU	LEU	K	K	3 - 521	3 - 521
1	60	THR	THR	LEU	LEU	H	H	3 - 521	3 - 521
2	60	THR	THR	LEU	LEU	L	L	3 - 521	3 - 521
1	61	THR	THR	LEU	LEU	I	I	3 - 521	3 - 521
2	61	THR	THR	LEU	LEU	J	J	3 - 521	3 - 521
1	62	THR	THR	LEU	LEU	I	I	3 - 521	3 - 521
2	62	THR	THR	LEU	LEU	K	K	3 - 521	3 - 521
1	63	THR	THR	LEU	LEU	I	I	3 - 521	3 - 521
2	63	THR	THR	LEU	LEU	L	L	3 - 521	3 - 521
1	64	THR	THR	LEU	LEU	J	J	3 - 521	3 - 521
2	64	THR	THR	LEU	LEU	K	K	3 - 521	3 - 521
1	65	THR	THR	LEU	LEU	J	J	3 - 521	3 - 521
2	65	THR	THR	LEU	LEU	L	L	3 - 521	3 - 521
1	66	THR	THR	LEU	LEU	K	K	3 - 521	3 - 521
2	66	THR	THR	LEU	LEU	L	L	3 - 521	3 - 521

NCSアンサンブル:

-
タンパク質 , 1種, 12分子 ABDCEFGHIJKL

#1: タンパク質	leucyl aminopeptidase 分子量: 55418.141 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ) 遺伝子: Tb11.02.4440 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q385B0

-
非ポリマー , 6種, 2860分子

#2: 化合物	ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES 分子量: 238.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈N₂O₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	... ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#5: 化合物	ChemComp-BES / 2-(3-AMINO-2-HYDROXY-4-PHENYL-BUTYRYLAMINO)-4-METHYL-PENTANOIC ACID / BESTATIN / ベスタチン分子量: 308.373 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₂₄N₂O₄ / コメント: プロテアーゼ阻害剤*YM
#6: 化合物	ChemComp-BCT / BICARBONATE ION / 炭酸水素アニオン分子量: 61.017 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: CHO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2798 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.51 Å³/Da / 溶媒含有率: 51 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.1 M HEPES pH 7.0, 40 % (v/v) MPD, 5 mM MnCl2, 5 mM bestatin

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97625 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年3月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→80.33 Å / Num. obs: 290030 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.9 % / R_merge(I) obs: 0.091 / Net I/σ(I): 9.1
反射シェル	解像度: 2.3→2.34 Å / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.523 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 14130

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0135	精密化
MOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5NSK

5nsk

解像度: 2.3→80.33 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.951 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.937 / SU B: 8.322 / SU ML: 0.189 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.345 / ESU R Free: 0.211 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21375	14322	4.9 %	RANDOM
R_work	0.18871	-	-	-
obs	0.18995	275670	99.71 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.041 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.59 Å²	-0 Å²	-1.71 Å²
2-	-	-0.65 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.58 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.3→80.33 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	45572	0	436	2798	48806

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.019	47108
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.009	0.02	44060
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.475	1.974	64128
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.348	3	101121
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.888	5	6233
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.752	24.322	1828
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.499	15	6770
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.75	15	219
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.079	0.2	7550
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.021	54396
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.007	0.02	10283
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.588	3.257	24920
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.588	3.256	24919
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.491	4.883	31133
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.491	4.883	31134
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.161	3.439	22188
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.14	3.439	22153
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.284	5.098	32952
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	4.971	26.654	54205
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	4.971	26.655	54206
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	60940	0.06
1	2	B	60940	0.06
2	1	A	61772	0.06
2	2	D	61772	0.06
3	1	A	61336	0.06
3	2	C	61336	0.06
4	1	A	61384	0.06
4	2	E	61384	0.06
5	1	A	61942	0.05
5	2	F	61942	0.05
6	1	A	61116	0.05
6	2	G	61116	0.05
7	1	A	60892	0.06
7	2	H	60892	0.06
8	1	A	61106	0.06
8	2	I	61106	0.06
9	1	A	62090	0.06
9	2	J	62090	0.06
10	1	A	61024	0.06
10	2	K	61024	0.06
11	1	A	61460	0.05
11	2	L	61460	0.05
12	1	B	61192	0.05
12	2	D	61192	0.05
13	1	B	60878	0.05
13	2	C	60878	0.05
14	1	B	61852	0.04
14	2	E	61852	0.04
15	1	B	61478	0.05
15	2	F	61478	0.05
16	1	B	60966	0.05
16	2	G	60966	0.05
17	1	B	61232	0.04
17	2	H	61232	0.04
18	1	B	61162	0.04
18	2	I	61162	0.04
19	1	B	61650	0.05
19	2	J	61650	0.05
20	1	B	61500	0.05
20	2	K	61500	0.05
21	1	B	61222	0.05
21	2	L	61222	0.05
22	1	D	61678	0.04
22	2	C	61678	0.04
23	1	D	61602	0.05
23	2	E	61602	0.05
24	1	D	62236	0.04
24	2	F	62236	0.04
25	1	D	61472	0.04
25	2	G	61472	0.04
26	1	D	61274	0.04
26	2	H	61274	0.04
27	1	D	61570	0.04
27	2	I	61570	0.04
28	1	D	62268	0.04
28	2	J	62268	0.04
29	1	D	61244	0.05
29	2	K	61244	0.05
30	1	D	61762	0.04
30	2	L	61762	0.04
31	1	C	61354	0.05
31	2	E	61354	0.05
32	1	C	62072	0.05
32	2	F	62072	0.05
33	1	C	61724	0.03
33	2	G	61724	0.03
34	1	C	61294	0.05
34	2	H	61294	0.05
35	1	C	61144	0.05
35	2	I	61144	0.05
36	1	C	61980	0.05
36	2	J	61980	0.05
37	1	C	61004	0.06
37	2	K	61004	0.06
38	1	C	61392	0.04
38	2	L	61392	0.04
39	1	E	61836	0.05
39	2	F	61836	0.05
40	1	E	61566	0.05
40	2	G	61566	0.05
41	1	E	61554	0.05
41	2	H	61554	0.05
42	1	E	61270	0.05
42	2	I	61270	0.05
43	1	E	62036	0.05
43	2	J	62036	0.05
44	1	E	61904	0.05
44	2	K	61904	0.05
45	1	E	61132	0.05
45	2	L	61132	0.05
46	1	F	61656	0.05
46	2	G	61656	0.05
47	1	F	61752	0.05
47	2	H	61752	0.05
48	1	F	61694	0.04
48	2	I	61694	0.04
49	1	F	62492	0.05
49	2	J	62492	0.05
50	1	F	61558	0.05
50	2	K	61558	0.05
51	1	F	62176	0.04
51	2	L	62176	0.04
52	1	G	60990	0.05
52	2	H	60990	0.05
53	1	G	61256	0.04
53	2	I	61256	0.04
54	1	G	61862	0.04
54	2	J	61862	0.04
55	1	G	60960	0.05
55	2	K	60960	0.05
56	1	G	61140	0.04
56	2	L	61140	0.04
57	1	H	60846	0.04
57	2	I	60846	0.04
58	1	H	61490	0.05
58	2	J	61490	0.05
59	1	H	61468	0.05
59	2	K	61468	0.05
60	1	H	61178	0.04
60	2	L	61178	0.04
61	1	I	61772	0.04
61	2	J	61772	0.04
62	1	I	61046	0.05
62	2	K	61046	0.05
63	1	I	61282	0.03
63	2	L	61282	0.03
64	1	J	61714	0.05
64	2	K	61714	0.05
65	1	J	61988	0.04
65	2	L	61988	0.04
66	1	K	61172	0.05
66	2	L	61172	0.05

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.31	1081	-
R_work	0.29	20181	-
obs	-	-	98.91 %

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 12分子 ABDCEFGHIJKL

-
非ポリマー , 6種, 2860分子

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-タンパク質 , 1種, 12分子 ABDCEFGHIJKL

-非ポリマー , 6種, 2860分子

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 12分子 ABDCEFGHIJKL

-
非ポリマー , 6種, 2860分子

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)