PDB-5nsq: Structure of Leucyl aminopeptidase from Trypanosoma brucei in com...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5nsq

タイトル

Structure of Leucyl aminopeptidase from Trypanosoma brucei in complex with Actinonin

要素

Aminopeptidase, putative

キーワード

HYDROLASE / M17 leucyl aminopeptidase / aminopeptidase / tryanosoma brucei actinonin

機能・相同性

機能・相同性情報

metalloaminopeptidase activity / aminopeptidase activity / manganese ion binding / peptidase activity / proteolysis / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Trypanosoma brucei brucei TREU927 (トリパノソーマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3 Å

データ登録者

Timm, J. / Wilson, K.

引用

ジャーナル: mSphere / 年: 2018
タイトル: Structural Characterization of Acidic M17 Leucine Aminopeptidases from the TriTryps and Evaluation of Their Role in Nutrient Starvation inTrypanosoma brucei.
著者: Timm, J. / Valente, M. / Garcia-Caballero, D. / Wilson, K.S. / Gonzalez-Pacanowska, D.

履歴

登録	2017年4月26日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年8月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年8月30日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.2	2018年2月21日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.3	2018年3月28日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title / _citation.year
改定 1.4	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5nsq.cif.gz	559.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5nsq.ent.gz	459.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5nsq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5nsq_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5nsq_full_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示
XML形式データ	5nsq_validation.xml.gz	100.5 KB	表示
CIF形式データ	5nsq_validation.cif.gz	136.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ns/5nsq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ns/5nsq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5nskSC 5nsmC 5ntdC 5ntfC 5ntgC 5nthC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5ntd-1 5nsm-2 5ntd-2 5nsm-3 5ntd-3 5ntf-1 5nsm-1 5nsk-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Aminopeptidase, putative

B: Aminopeptidase, putative

C: Aminopeptidase, putative

D: Aminopeptidase, putative

E: Aminopeptidase, putative

F: Aminopeptidase, putative

ヘテロ分子

336 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: light scattering

単位格子

Length a, b, c (Å)	95.909, 165.730, 121.980
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 112.45, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	THR	THR	LEU	LEU	A	A	3 - 521	3 - 521
2	1	THR	THR	LEU	LEU	B	B	3 - 521	3 - 521
1	2	LEU	LEU	LYS	LYS	A	A	4 - 520	4 - 520
2	2	LEU	LEU	LYS	LYS	C	C	4 - 520	4 - 520
1	3	THR	THR	LEU	LEU	A	A	3 - 521	3 - 521
2	3	THR	THR	LEU	LEU	D	D	3 - 521	3 - 521
1	4	THR	THR	LEU	LEU	A	A	3 - 521	3 - 521
2	4	THR	THR	LEU	LEU	E	E	3 - 521	3 - 521
1	5	THR	THR	LEU	LEU	A	A	3 - 521	3 - 521
2	5	THR	THR	LEU	LEU	F	F	3 - 521	3 - 521
1	6	LEU	LEU	LYS	LYS	B	B	4 - 520	4 - 520
2	6	LEU	LEU	LYS	LYS	C	C	4 - 520	4 - 520
1	7	THR	THR	LEU	LEU	B	B	3 - 521	3 - 521
2	7	THR	THR	LEU	LEU	D	D	3 - 521	3 - 521
1	8	THR	THR	LEU	LEU	B	B	3 - 521	3 - 521
2	8	THR	THR	LEU	LEU	E	E	3 - 521	3 - 521
1	9	THR	THR	LEU	LEU	B	B	3 - 521	3 - 521
2	9	THR	THR	LEU	LEU	F	F	3 - 521	3 - 521
1	10	LEU	LEU	LYS	LYS	C	C	4 - 520	4 - 520
2	10	LEU	LEU	LYS	LYS	D	D	4 - 520	4 - 520
1	11	LEU	LEU	LYS	LYS	C	C	4 - 520	4 - 520
2	11	LEU	LEU	LYS	LYS	E	E	4 - 520	4 - 520
1	12	LEU	LEU	LEU	LEU	C	C	4 - 521	4 - 521
2	12	LEU	LEU	LEU	LEU	F	F	4 - 521	4 - 521
1	13	THR	THR	LEU	LEU	D	D	3 - 521	3 - 521
2	13	THR	THR	LEU	LEU	E	E	3 - 521	3 - 521
1	14	THR	THR	LEU	LEU	D	D	3 - 521	3 - 521
2	14	THR	THR	LEU	LEU	F	F	3 - 521	3 - 521
1	15	THR	THR	LEU	LEU	E	E	3 - 521	3 - 521
2	15	THR	THR	LEU	LEU	F	F	3 - 521	3 - 521

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15

#1: タンパク質	Aminopeptidase, putative / leucyl aminopeptidase 分子量: 55432.168 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei TREU927 (トリパノソーマ) 遺伝子: Tb11.02.4440 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q385B0
#2: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物	ChemComp-BB2 / ACTINONIN / 2-[(FORMYL-HYDROXY-AMINO)-METHYL]-HEPTANOIC ACID [1-(2-HYDROXYMETHYL-PYRROLIDINE-1-CARBONYL)-2-METHYL-PROPYL]-AMIDE / (-)-アクチノニン分子量: 385.498 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₉H₃₅N₃O₅ / コメント: 抗腫瘍剤, 抗生剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.69 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.34 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.1 M Tris pH 8.0, 2.4 M (NH4)2SO4, 5 mM MnSO4, 5 mM actinonin

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年9月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3→41.5 Å / Num. obs: 68219 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 3.2 % / R_merge(I) obs: 0.116 / Net I/σ(I): 4.5
反射シェル	解像度: 3→3.07 Å / 冗長度: 3.2 % / R_merge(I) obs: 0.44 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 4424 / % possible all: 98

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0135	精密化
MOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5NSK

5nsk

解像度: 3→41.5 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.823 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.784 / SU B: 27.827 / SU ML: 0.47 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.547 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.29641	3327	4.9 %	RANDOM
R_work	0.26464	-	-	-
obs	0.26617	63948	95.52 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 35.895 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.08 Å²	-0 Å²	0.22 Å²
2-	-	-3.67 Å²	-0 Å²
3-	-	-	1.8 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 3→41.5 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	22467	0	174	34	22675

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.019	23204
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.006	0.02	21588
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.443	1.972	31632
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.254	3	49500
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.039	5	3113
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.439	24.314	874
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.316	15	3224
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.986	15	100
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.072	0.2	3745
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	26944
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.005	0.02	5032
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.773	3.699	12446
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.772	3.699	12445
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.593	5.543	15549
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.593	5.544	15550
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.087	3.706	10758
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.087	3.706	10759
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.632	5.559	16080
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	6.16	28.679	23979
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	6.16	28.68	23980
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	58630	0.06
1	2	B	58630	0.06
2	1	A	59144	0.05
2	2	C	59144	0.05
3	1	A	57986	0.05
3	2	D	57986	0.05
4	1	A	58522	0.05
4	2	E	58522	0.05
5	1	A	55820	0.05
5	2	F	55820	0.05
6	1	B	59208	0.05
6	2	C	59208	0.05
7	1	B	58180	0.05
7	2	D	58180	0.05
8	1	B	59196	0.05
8	2	E	59196	0.05
9	1	B	55188	0.06
9	2	F	55188	0.06
10	1	C	58170	0.05
10	2	D	58170	0.05
11	1	C	58908	0.05
11	2	E	58908	0.05
12	1	C	55660	0.05
12	2	F	55660	0.05
13	1	D	58292	0.05
13	2	E	58292	0.05
14	1	D	54958	0.05
14	2	F	54958	0.05
15	1	E	55336	0.06
15	2	F	55336	0.06

LS精密化シェル

解像度: 3→3.078 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.357	272	-
R_work	0.35	4810	-
obs	-	-	97.69 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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