PDB-5nsm: unliganded Structure of Leucyl aminopeptidase from Trypanosoma brucei

基本情報

• 登録情報: データベース: PDB / ID: 5nsm
• タイトル: unliganded Structure of Leucyl aminopeptidase from Trypanosoma brucei
• 要素: Aminopeptidase, putative
• キーワード: HYDROLASE / M17 leucyl aminopeptidase / aminopeptidase / tryanosoma brucei

機能・相同性

分子機能:

metalloaminopeptidase activity / aminopeptidase activity / peptidase activity / manganese ion binding / proteolysis / cytoplasm

ドメイン・相同性:

Zn-dependent exopeptidases / Probable aminopeptidase NPEPL1, N-terminal / M17 aminopeptidase N-terminal domain 2 / Cytosol aminopeptidase signature. / Peptidase M17, leucyl aminopeptidase, C-terminal / Peptidase M17, leucine aminopeptidase/peptidase B / Cytosol aminopeptidase family, catalytic domain / Zn peptidases / Aminopeptidase / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta

構成要素:

BICARBONATE ION / : / Aminopeptidase, putative

• 生物種: Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
• 手法: X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
• データ登録者: Timm, J. / Wilson, K.
• 引用: ジャーナル: mSphere / 年: 2018; タイトル: Structural Characterization of Acidic M17 Leucine Aminopeptidases from the TriTryps and Evaluation of Their Role in Nutrient Starvation inTrypanosoma brucei.; 著者: Timm, J. / Valente, M. / Garcia-Caballero, D. / Wilson, K.S. / Gonzalez-Pacanowska, D.

履歴

登録	2017年4月26日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年8月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年8月30日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.2	2018年2月21日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.3	2018年3月28日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title / _citation.year
改定 1.4	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

集合体

登録構造単位

A: Aminopeptidase, putative

B: Aminopeptidase, putative

C: Aminopeptidase, putative

D: Aminopeptidase, putative

E: Aminopeptidase, putative

F: Aminopeptidase, putative

G: Aminopeptidase, putative

H: Aminopeptidase, putative

I: Aminopeptidase, putative

J: Aminopeptidase, putative

K: Aminopeptidase, putative

L: Aminopeptidase, putative

ヘテロ分子

概要:

• 667 kDa, 12 ポリマー

構成要素の詳細:

	分子量 (理論値)	分子数
合計 (水以外)	667,068	48
ポリマ－	665,018	12
非ポリマー	2,051	36
水	11,908	661

1

A: Aminopeptidase, putative

B: Aminopeptidase, putative

D: Aminopeptidase, putative

ヘテロ分子

J: Aminopeptidase, putative

K: Aminopeptidase, putative

L: Aminopeptidase, putative

ヘテロ分子

概要:

• 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
• 根拠: light scattering
• 334 kDa, 6 ポリマー

構成要素の詳細:

	分子量 (理論値)	分子数
合計 (水以外)	333,534	24
ポリマ－	332,509	6
非ポリマー	1,025	18
水	108	6

対称操作:

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	1_455	x-1,y,z	1

計算値:

Buried area	30360 Å2
ΔGint	-143 kcal/mol
Surface area	92290 Å2
手法	PISA

2

J: Aminopeptidase, putative

K: Aminopeptidase, putative

L: Aminopeptidase, putative

ヘテロ分子

A: Aminopeptidase, putative

B: Aminopeptidase, putative

D: Aminopeptidase, putative

ヘテロ分子

概要:

• 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
• 334 kDa, 6 ポリマー

構成要素の詳細:

	分子量 (理論値)	分子数
合計 (水以外)	333,534	24
ポリマ－	332,509	6
非ポリマー	1,025	18
水	108	6

対称操作:

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	1_655	x+1,y,z	1

計算値:

Buried area	30360 Å2
ΔGint	-143 kcal/mol
Surface area	92290 Å2
手法	PISA

3

C: Aminopeptidase, putative

E: Aminopeptidase, putative

F: Aminopeptidase, putative

G: Aminopeptidase, putative

H: Aminopeptidase, putative

I: Aminopeptidase, putative

ヘテロ分子

概要:

• 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
• 334 kDa, 6 ポリマー

構成要素の詳細:

	分子量 (理論値)	分子数
合計 (水以外)	333,534	24
ポリマ－	332,509	6
非ポリマー	1,025	18
水	108	6

対称操作:

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1

計算値:

Buried area	30340 Å2
ΔGint	-144 kcal/mol
Surface area	92280 Å2
手法	PISA

単位格子

Length a, b, c (Å)	87.368, 143.760, 270.085
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 95.47, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P1211

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	A
2	3	D
1	4	A
2	4	E
1	5	A
2	5	F
1	6	A
2	6	G
1	7	A
2	7	H
1	8	A
2	8	I
1	9	A
2	9	J
1	10	A
2	10	K
1	11	A
2	11	L
1	12	B
2	12	C
1	13	B
2	13	D
1	14	B
2	14	E
1	15	B
2	15	F
1	16	B
2	16	G
1	17	B
2	17	H
1	18	B
2	18	I
1	19	B
2	19	J
1	20	B
2	20	K
1	21	B
2	21	L
1	22	C
2	22	D
1	23	C
2	23	E
1	24	C
2	24	F
1	25	C
2	25	G
1	26	C
2	26	H
1	27	C
2	27	I
1	28	C
2	28	J
1	29	C
2	29	K
1	30	C
2	30	L
1	31	D
2	31	E
1	32	D
2	32	F
1	33	D
2	33	G
1	34	D
2	34	H
1	35	D
2	35	I
1	36	D
2	36	J
1	37	D
2	37	K
1	38	D
2	38	L
1	39	E
2	39	F
1	40	E
2	40	G
1	41	E
2	41	H
1	42	E
2	42	I
1	43	E
2	43	J
1	44	E
2	44	K
1	45	E
2	45	L
1	46	F
2	46	G
1	47	F
2	47	H
1	48	F
2	48	I
1	49	F
2	49	J
1	50	F
2	50	K
1	51	F
2	51	L
1	52	G
2	52	H
1	53	G
2	53	I
1	54	G
2	54	J
1	55	G
2	55	K
1	56	G
2	56	L
1	57	H
2	57	I
1	58	H
2	58	J
1	59	H
2	59	K
1	60	H
2	60	L
1	61	I
2	61	J
1	62	I
2	62	K
1	63	I
2	63	L
1	64	J
2	64	K
1	65	J
2	65	L
1	66	K
2	66	L

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: _ / Auth seq-ID: 3 - 521 / Label seq-ID: 3 - 521

Dom-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	A	A
2	1	B	B
1	2	A	A
2	2	C	C
1	3	A	A
2	3	D	D
1	4	A	A
2	4	E	E
1	5	A	A
2	5	F	F
1	6	A	A
2	6	G	G
1	7	A	A
2	7	H	H
1	8	A	A
2	8	I	I
1	9	A	A
2	9	J	J
1	10	A	A
2	10	K	K
1	11	A	A
2	11	L	L
1	12	B	B
2	12	C	C
1	13	B	B
2	13	D	D
1	14	B	B
2	14	E	E
1	15	B	B
2	15	F	F
1	16	B	B
2	16	G	G
1	17	B	B
2	17	H	H
1	18	B	B
2	18	I	I
1	19	B	B
2	19	J	J
1	20	B	B
2	20	K	K
1	21	B	B
2	21	L	L
1	22	C	C
2	22	D	D
1	23	C	C
2	23	E	E
1	24	C	C
2	24	F	F
1	25	C	C
2	25	G	G
1	26	C	C
2	26	H	H
1	27	C	C
2	27	I	I
1	28	C	C
2	28	J	J
1	29	C	C
2	29	K	K
1	30	C	C
2	30	L	L
1	31	D	D
2	31	E	E
1	32	D	D
2	32	F	F
1	33	D	D
2	33	G	G
1	34	D	D
2	34	H	H
1	35	D	D
2	35	I	I
1	36	D	D
2	36	J	J
1	37	D	D
2	37	K	K
1	38	D	D
2	38	L	L
1	39	E	E
2	39	F	F
1	40	E	E
2	40	G	G
1	41	E	E
2	41	H	H
1	42	E	E
2	42	I	I
1	43	E	E
2	43	J	J
1	44	E	E
2	44	K	K
1	45	E	E
2	45	L	L
1	46	F	F
2	46	G	G
1	47	F	F
2	47	H	H
1	48	F	F
2	48	I	I
1	49	F	F
2	49	J	J
1	50	F	F
2	50	K	K
1	51	F	F
2	51	L	L
1	52	G	G
2	52	H	H
1	53	G	G
2	53	I	I
1	54	G	G
2	54	J	J
1	55	G	G
2	55	K	K
1	56	G	G
2	56	L	L
1	57	H	H
2	57	I	I
1	58	H	H
2	58	J	J
1	59	H	H
2	59	K	K
1	60	H	H
2	60	L	L
1	61	I	I
2	61	J	J
1	62	I	I
2	62	K	K
1	63	I	I
2	63	L	L
1	64	J	J
2	64	K	K
1	65	J	J
2	65	L	L
1	66	K	K
2	66	L	L

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
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24
25
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27
28
29
30
31
32
33
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35
36
37
38
39
40
41
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43
44
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47
48
49
50
51
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54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66

要素

#1: タンパク質

A B C D E F G H I J K L
Aminopeptidase, putative

詳細:

分子量: 55418.141 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (strain 927/4 GUTat10.1) (トリパノソーマ)
株: 927/4 GUTat10.1 / 遺伝子: Tb11.02.4440 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q385B0

#2: 化合物

A-601 B-601 C-601 D-601 E-601 F-601 G-601 H-601 I-601 J-601 K-601 L-601
ChemComp-BCT / BICARBONATE ION / オキシラトぎ酸

詳細:

分子量: 61.017 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: CHO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM

#3: 化合物

A-602 A-603 B-602 B-603 C-602 C-603 D-602 D-603 E-602 E-603 F-602 F-603 G-602 G-603 H-602 H-603 I-602 I-603 J-602 J-603 ...
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION

詳細:

分子量: 54.938 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn

#4: 水

ChemComp-HOH / water

詳細:

分子量: 18.015 Da / 分子数: 661 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

実験情報

実験

• 実験: 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

試料調製

• 結晶: マシュー密度: 2.54 ų/Da / 溶媒含有率: 51.54 %
• 結晶化: 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法; 詳細: 0.1 M Tris pH 6.8, 0.2 M MgCl2, 11 % (w/v) PEG 8000, 10 microM ZnCl2, 10 mM L-leucine

データ収集

• 回折: 平均測定温度: 100 K
• 放射光源: 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
• 検出器: タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年4月27日
• 放射: プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
• 放射波長: 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
• 反射: 解像度: 2.4→32.73 Å / Num. obs: 244412 / % possible obs: 94.5 % / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 0.117 / Net I/σ(I): 5.7
• 反射 シェル: 解像度: 2.4→2.44 Å / 冗長度: 2.9 % / R_merge(I) obs: 0.351 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 11362 / % possible all: 88.7

解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0135	精密化
MOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5NSK

5nsk

解像度: 2.4→32.73 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.934 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.921 / SU B: 9.662 / SU ML: 0.217 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.51 / ESU R Free: 0.25 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	Rfactor	反射数	%反射	Selection details
Rfree	0.22508	11981	4.9 %	RANDOM
Rwork	0.20595	-	-	-
obs	0.20689	232199	94.27 %	-

• 溶媒の処理: イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.619 Ų

	Baniso -1	Baniso -2	Baniso -3
1-	3.46 Å2	0 Å2	-1.16 Å2
2-	-	-1.65 Å2	0 Å2
3-	-	-	-1.56 Å2

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.4→32.73 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	45554	0	72	661	46287

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.019	46699
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.008	0.02	43734
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.397	1.966	63650
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.323	3	100420
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.884	5	6234
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.511	24.463	1824
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.544	15	6767
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.568	15	205
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.074	0.2	7489
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	54162
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.006	0.02	10143
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.673	3.462	24930
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.673	3.462	24929
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.664	5.19	31145
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.664	5.19	31146
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.938	3.613	21769
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.934	3.612	21734
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.112	5.365	32463
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	4.434	27.267	49862
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	4.407	27.258	49721
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	61292	0.05
1	2	B	61292	0.05
2	1	A	62434	0.02
2	2	C	62434	0.02
3	1	A	61328	0.05
3	2	D	61328	0.05
4	1	A	61598	0.05
4	2	E	61598	0.05
5	1	A	61042	0.04
5	2	F	61042	0.04
6	1	A	62268	0.03
6	2	G	62268	0.03
7	1	A	61316	0.05
7	2	H	61316	0.05
8	1	A	61376	0.04
8	2	I	61376	0.04
9	1	A	62328	0.02
9	2	J	62328	0.02
10	1	A	60518	0.05
10	2	K	60518	0.05
11	1	A	61264	0.04
11	2	L	61264	0.04
12	1	B	61146	0.05
12	2	C	61146	0.05
13	1	B	60740	0.05
13	2	D	60740	0.05
14	1	B	62110	0.02
14	2	E	62110	0.02
15	1	B	60570	0.05
15	2	F	60570	0.05
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17	1	B	62086	0.02
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18	1	B	60570	0.05
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20	1	B	61484	0.02
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21	1	B	60540	0.05
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28	1	C	62088	0.03
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29	1	C	60628	0.05
29	2	K	60628	0.05
30	1	C	61150	0.04
30	2	L	61150	0.04
31	1	D	60786	0.06
31	2	E	60786	0.06
32	1	D	62016	0.03
32	2	F	62016	0.03
33	1	D	61184	0.05
33	2	G	61184	0.05
34	1	D	60524	0.05
34	2	H	60524	0.05
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36	1	D	61346	0.04
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39	1	E	60574	0.05
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50	1	F	60164	0.05
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52	1	G	61168	0.05
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57	1	H	60546	0.05
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58	1	H	61108	0.05
58	2	J	61108	0.05
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60	1	H	60518	0.05
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63	2	L	61984	0.03
64	1	J	60414	0.05
64	2	K	60414	0.05
65	1	J	61440	0.04
65	2	L	61440	0.04
66	1	K	60124	0.05
66	2	L	60124	0.05

LS精密化 シェル

解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20

	Rfactor	反射数	%反射
Rfree	0.297	805	-
Rwork	0.273	16011	-
obs	-	-	88.51 %