PDB-5nsk: apo Structure of Leucyl aminopeptidase from Trypanosoma brucei

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5nsk

タイトル

apo Structure of Leucyl aminopeptidase from Trypanosoma brucei

要素

Aminopeptidase, putative

キーワード

HYDROLASE / M17 leucyl aminopeptidase / aminopeptidase / tryanosoma brucei

機能・相同性

機能・相同性情報

metalloaminopeptidase activity / aminopeptidase activity / peptidase activity / manganese ion binding / proteolysis / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Trypanosoma brucei brucei TREU927 (トリパノソーマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Timm, J. / Wilson, K.S.

資金援助

スペイン, 5件

組織	認可番号	国
European Commission	GA223238
European Commission	GA290080
RICET FIS Network	RD12/0018/0017	スペイン
Junta de Andalucia	BIO-199, P12-BIO-2059	スペイン
Plan Nacional	SAF2016-79957-R	スペイン

引用

ジャーナル: mSphere / 年: 2018
タイトル: Structural Characterization of Acidic M17 Leucine Aminopeptidases from the TriTryps and Evaluation of Their Role in Nutrient Starvation inTrypanosoma brucei.
著者: Timm, J. / Valente, M. / Garcia-Caballero, D. / Wilson, K.S. / Gonzalez-Pacanowska, D.

履歴

登録	2017年4月26日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年8月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年8月30日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.2	2018年2月21日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.3	2018年3月28日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title / _citation.year
改定 1.4	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5nsk.cif.gz	549.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5nsk.ent.gz	450.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5nsk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ns/5nsk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ns/5nsk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5nsmC 5nsqC 5ntdC 5ntfC 5ntgC 5nthC 2hb6S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5nsm-3 5nsm-2 5ntd-1 5ntd-3 4efd-d 5ntd-2 5nsm-1 5ntf-1 5ntg-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Aminopeptidase, putative

B: Aminopeptidase, putative

C: Aminopeptidase, putative

D: Aminopeptidase, putative

E: Aminopeptidase, putative

F: Aminopeptidase, putative

333 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: light scattering

単位格子

Length a, b, c (Å)	162.330, 162.450, 176.990
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	LEU	LEU	LYS	LYS	A	A	5 - 520	4 - 520
2	1	LEU	LEU	LYS	LYS	B	B	5 - 520	4 - 520
1	2	LEU	LEU	LYS	LYS	A	A	5 - 520	4 - 520
2	2	LEU	LEU	LYS	LYS	C	C	5 - 520	4 - 520
1	3	LEU	LEU	LYS	LYS	A	A	5 - 520	4 - 520
2	3	LEU	LEU	LYS	LYS	D	D	5 - 520	4 - 520
1	4	LEU	LEU	LYS	LYS	A	A	5 - 520	4 - 520
2	4	LEU	LEU	LYS	LYS	E	E	5 - 520	4 - 520
1	5	THR	THR	LEU	LEU	A	A	4 - 521	3 - 521
2	5	THR	THR	LEU	LEU	F	F	4 - 521	3 - 521
1	6	LEU	LEU	LEU	LEU	B	B	5 - 521	4 - 521
2	6	LEU	LEU	LEU	LEU	C	C	5 - 521	4 - 521
1	7	LEU	LEU	LEU	LEU	B	B	5 - 521	4 - 521
2	7	LEU	LEU	LEU	LEU	D	D	5 - 521	4 - 521
1	8	LEU	LEU	LEU	LEU	B	B	5 - 521	4 - 521
2	8	LEU	LEU	LEU	LEU	E	E	5 - 521	4 - 521
1	9	LEU	LEU	LEU	LEU	B	B	5 - 521	4 - 521
2	9	LEU	LEU	LEU	LEU	F	F	5 - 521	4 - 521
1	10	LEU	LEU	LEU	LEU	C	C	5 - 521	4 - 521
2	10	LEU	LEU	LEU	LEU	D	D	5 - 521	4 - 521
1	11	LEU	LEU	LEU	LEU	C	C	5 - 521	4 - 521
2	11	LEU	LEU	LEU	LEU	E	E	5 - 521	4 - 521
1	12	LEU	LEU	LEU	LEU	C	C	5 - 521	4 - 521
2	12	LEU	LEU	LEU	LEU	F	F	5 - 521	4 - 521
1	13	LEU	LEU	LEU	LEU	D	D	5 - 521	4 - 521
2	13	LEU	LEU	LEU	LEU	E	E	5 - 521	4 - 521
1	14	LEU	LEU	LEU	LEU	D	D	5 - 521	4 - 521
2	14	LEU	LEU	LEU	LEU	F	F	5 - 521	4 - 521
1	15	LEU	LEU	LEU	LEU	E	E	5 - 521	4 - 521
2	15	LEU	LEU	LEU	LEU	F	F	5 - 521	4 - 521

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15

#1: タンパク質	Aminopeptidase, putative 分子量: 55418.141 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei TREU927 (トリパノソーマ) 遺伝子: Tb11.02.4440 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q385B0
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 500 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.51 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.94 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.8 M Na citrate pH 7.0, 5 mM CoSO4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年4月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→72.61 Å / Num. obs: 143992 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.4 % / R_merge(I) obs: 0.165 / Net I/σ(I): 9.5
反射シェル	解像度: 2.6→2.64 Å / 冗長度: 7.5 % / R_merge(I) obs: 1.019 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 7106 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0135	精密化
MOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2HB6 poly-Ala model

2hb6

解像度: 2.6→72.61 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.942 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.928 / SU B: 9.272 / SU ML: 0.186 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.355 / ESU R Free: 0.227 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21085	7257	5 %	RANDOM
R_work	0.19113	-	-	-
obs	0.19212	136637	99.99 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 38.096 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.81 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.71 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.11 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.6→72.61 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	22152	0	0	500	22652

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.019	22596
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.008	0.02	21166
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.532	1.962	30873
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.006	3	48506
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.017	5	3027
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.344	24.252	889
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.692	15	3222
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.352	15	111
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.085	0.2	3653
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.021	26306
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.007	0.02	4973
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.076	3.844	12144
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.076	3.844	12143
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.377	5.758	15159
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.377	5.758	15160
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.257	3.978	10452
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.257	3.978	10453
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.593	5.901	15715
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.181	30.135	24740
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	5.169	30.117	24601
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	58668	0.05
1	2	B	58668	0.05
2	1	A	59078	0.05
2	2	C	59078	0.05
3	1	A	59150	0.03
3	2	D	59150	0.03
4	1	A	58980	0.04
4	2	E	58980	0.04
5	1	A	59122	0.04
5	2	F	59122	0.04
6	1	B	58880	0.06
6	2	C	58880	0.06
7	1	B	58912	0.05
7	2	D	58912	0.05
8	1	B	58650	0.06
8	2	E	58650	0.06
9	1	B	58486	0.05
9	2	F	58486	0.05
10	1	C	59268	0.05
10	2	D	59268	0.05
11	1	C	59548	0.05
11	2	E	59548	0.05
12	1	C	59354	0.05
12	2	F	59354	0.05
13	1	D	59252	0.04
13	2	E	59252	0.04
14	1	D	58874	0.04
14	2	F	58874	0.04
15	1	E	59266	0.05
15	2	F	59266	0.05

LS精密化シェル

解像度: 2.6→2.668 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.325	549	-
R_work	0.309	10030	-
obs	-	-	100 %

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関連情報:EMDBヘッダ

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