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- PDB-5nqz: Structure of a fHbp(V1.1):PorA(P1.16) chimera. Fusion at fHbp pos... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5nqz
タイトルStructure of a fHbp(V1.1):PorA(P1.16) chimera. Fusion at fHbp position 309.
要素Factor H binding protein,Major outer membrane protein P.IA,Factor H binding protein
キーワードIMMUNE SYSTEM / Meningitis / Vaccine / Complement / Chimeric
機能・相同性
機能・相同性情報


bacterial extracellular vesicle / porin activity / pore complex / cell outer membrane / monoatomic ion transmembrane transport
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin-like - #1980 / Porin, Neisseria sp. type / Factor H binding protein, C-terminal / : / : / Factor H binding protein, C-terminal / Factor H binding protein, N-terminal / Porin - #90 / Porin, Gram-negative type, conserved site / General diffusion Gram-negative porins signature. ...Immunoglobulin-like - #1980 / Porin, Neisseria sp. type / Factor H binding protein, C-terminal / : / : / Factor H binding protein, C-terminal / Factor H binding protein, N-terminal / Porin - #90 / Porin, Gram-negative type, conserved site / General diffusion Gram-negative porins signature. / Gram-negative porin / Porin domain, Gram-negative type / Porin, Gram-negative type / : / Porin domain superfamily / Outer membrane protein/outer membrane enzyme PagP, beta-barrel / Porin / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Beta Barrel / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Major outer membrane protein P.IA / Factor H binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Neisseria meningitidis MC58 (髄膜炎菌)
Neisseria meningitidis serogroup C (髄膜炎菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.63 Å
データ登録者Johnson, S. / Hollingshead, S. / Lea, S.M. / Tang, C.M.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Medical Research Council (United Kingdom)G0900888 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Structure-based design of chimeric antigens for multivalent protein vaccines.
著者: Hollingshead, S. / Jongerius, I. / Exley, R.M. / Johnson, S. / Lea, S.M. / Tang, C.M.
履歴
登録2017年4月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年2月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年3月28日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Factor H binding protein,Major outer membrane protein P.IA,Factor H binding protein
B: Factor H binding protein,Major outer membrane protein P.IA,Factor H binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,37820
ポリマ－58,2552
非ポリマー1,12318
水9,728540
1
A: Factor H binding protein,Major outer membrane protein P.IA,Factor H binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,87713
ポリマ－29,1281
非ポリマー75012
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Factor H binding protein,Major outer membrane protein P.IA,Factor H binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,5017
ポリマ－29,1281
非ポリマー3736
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.370, 76.270, 83.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.26, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1010A78 - 339
2010B78 - 339

-
要素

#1: タンパク質 Factor H binding protein,Major outer membrane protein P.IA,Factor H binding protein / Protein IA / Class 1 protein


分子量: 29127.508 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Neisseria meningitidis MC58, (組換発現) Neisseria meningitidis serogroup C (髄膜炎菌)
遺伝子: NMB1870, porA / Variant: V1.1 / プラスミド: pET21b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): B834 / 参照: UniProt: Q9JXV4, UniProt: P13415
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 540 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 51 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: 0.01M zinc chloride, 0.1M sodium acetate, 20%(w/v) PEG6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92818 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92818 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.63→58.55 Å / Num. obs: 70772 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.062 / Rpim(I) all: 0.041 / Net I/σ(I): 12.7
反射 シェル解像度: 1.63→1.67 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.615 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 4967 / Rpim(I) all: 0.534 / % possible all: 93.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0103精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4ayd

4ayd


解像度: 1.63→58.55 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / SU B: 1.93 / SU ML: 0.063 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.083 / ESU R Free: 0.085 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1944 3445 4.9 %RANDOM
Rwork0.16199 ---
obs0.16353 67325 98.54 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 26.699 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.18 Å20 Å20.01 Å2
2---0.72 Å2-0 Å2
3----0.46 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.63→58.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4046 0 45 540 4631
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.0194139
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0080.023964
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9751.955554
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.44639124
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9395528
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.56725.077195
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.59215729
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.0481518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1680.2603
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.024804
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.02950
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.7822.1942126
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.6372.1882117
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.8993.2682644
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.9073.272645
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.3122.8342013
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.3122.8342013
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.7534.0172911
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined10.2319.8064527
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other10.2319.8154528
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 29158 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.08 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 1.63→1.672 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.297 225 -
Rwork0.289 4735 -
obs--93.64 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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