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- PDB-5nqn: CU(I)-CSP3 (COPPER STORAGE PROTEIN 3) FROM METHYLOSINUS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5nqn
タイトルCU(I)-CSP3 (COPPER STORAGE PROTEIN 3) FROM METHYLOSINUS
要素CSP3
キーワードCOPPER-BINDING PROTEIN / METHANE OXIDATION / COPPER STORAGE / METHANOTROPHS / PARTICULATE METHANE MONOOXYGENASE
機能・相同性Uncharacterized cysteine-rich protein YhjQ-like / metal ion binding / COPPER (I) ION / CSP3
機能・相同性情報
生物種Methylosinus trichosporium OB3b (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.62 Å
データ登録者Basle, A. / Platsaki, S. / Dennison, C.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/K008439/1 英国
引用ジャーナル: Angew. Chem. Int. Ed. Engl. / 年: 2017
タイトル: Visualizing Biological Copper Storage: The Importance of Thiolate-Coordinated Tetranuclear Clusters.
著者: Basle, A. / Platsaki, S. / Dennison, C.
履歴
登録2017年4月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年5月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年6月28日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_id_ASTM ..._citation.country / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.title
改定 1.22017年7月19日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_id_ASTM ..._citation.country / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32017年8月30日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CSP3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,52217
ポリマ－14,5461
非ポリマー97616
水1,26170
1
A: CSP3
ヘテロ分子

A: CSP3
ヘテロ分子

A: CSP3
ヘテロ分子

A: CSP3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,08868
ポリマ－58,1834
非ポリマー3,90564
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
crystal symmetry operation3_656-x+1,y,-z+11
crystal symmetry operation4_556x,-y,-z+11
Buried area17160 Å2
ΔGint-599 kcal/mol
Surface area19930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.899, 106.126, 45.604
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number21
Space group name H-MC222

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要素

#1: タンパク質 CSP3


分子量: 14545.769 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methylosinus trichosporium OB3b (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1I9GEP2
#2: 化合物
ChemComp-CU1 / COPPER (I) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 70 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.13 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 200 mM MgCl2, 100 mM Hepes pH 7.5, 30% PEG 400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 1.3669 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.3669 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.62→45.6 Å / Num. obs: 14074 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 11.6
反射 シェル解像度: 1.62→1.65 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.414 / Num. unique obs: 669 / % possible all: 92.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.8.0131精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5ARM

5arm


解像度: 1.62→45.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU B: 3.505 / SU ML: 0.054 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.118 / ESU R Free: 0.097 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21083 687 4.9 %RANDOM
Rwork0.1433 ---
obs0.14651 13386 98.56 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 24.596 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.68 Å2-0 Å2-0 Å2
2---1.05 Å2-0 Å2
3---0.38 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.62→45.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数931 0 16 70 1017
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.019942
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.02883
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5061.9451261
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.96932038
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.8035123
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg27.93623.72143
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.98115175
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.0741510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.090.2147
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021068
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02202
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.2252.022499
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.222.012498
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.4653.016618
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.4653.019619
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.3762.71443
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.3722.711444
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.9293.832643
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined3.73317.8921143
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other3.67417.5281118
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.72431825
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free25.77530
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded9.51651878
LS精密化 シェル解像度: 1.62→1.662 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.179 62 -
Rwork0.144 914 -
obs--94.48 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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