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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5nqf | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Plasmodium falciparum AMA1 in complex with a 39 aa PvRON2 peptide | ||||||
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![]() | CELL INVASION / AMA1 / RON2 / MALARIA | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Vulliez-le Normand, B. / Saul, F.A. / Faber, B.W. / Bentley, G.A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Cross-reactivity between apical membrane antgen 1 and rhoptry neck protein 2 in P. vivax and P. falciparum: A structural and binding study. 著者: Vulliez-Le Normand, B. / Saul, F.A. / Hoos, S. / Faber, B.W. / Bentley, G.A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 91.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 65.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 434.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 437.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 16.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 25.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 42690.598 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 97-442 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 詳細: RESIDUES I97-P442 OF PFAMA1-FVO. N-TERMINAL STRETCH EF IS A CLONING ARTEFACT. C-TERMINAL STRETCH GLEQKLISEEDLNSAVDHHHHHH IS AN EXPRESSION TAG ( C-MYC + HEXA-HIS ). N162K, T288V, S373D, N422D, ...詳細: RESIDUES I97-P442 OF PFAMA1-FVO. N-TERMINAL STRETCH EF IS A CLONING ARTEFACT. C-TERMINAL STRETCH GLEQKLISEEDLNSAVDHHHHHH IS AN EXPRESSION TAG ( C-MYC + HEXA-HIS ). N162K, T288V, S373D, N422D, S423K ARE ENGINEERED MUTATIONS. 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: PFFVO_05649 / 発現宿主: ![]() |
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4106.740 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP Residues 2034-2072 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) ![]() ![]() 参照: UniProt: A5K3N8 |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.3 % |
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結晶化 | 温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.2 詳細: PEG 3350, TRIS 8.2, SODIUM ACETATE, ISOPROPANOL, PH 8.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 290K PH範囲: 8.2 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年4月4日 |
放射 | モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.91165 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→46.92 Å / Num. obs: 29741 / % possible obs: 96.2 % / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 23.33 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 9.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.569 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / CC1/2: 0.822 / % possible all: 78.3 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: AMA1-FVO 解像度: 1.9→35.78 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU R Cruickshank DPI: 0.132 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.142 / SU Rfree Blow DPI: 0.128 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.124
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原子変位パラメータ | Biso mean: 28.57 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.214 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→35.78 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→1.97 Å / Total num. of bins used: 15
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