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万見
- PDB-5nqf: Crystal structure of Plasmodium falciparum AMA1 in complex with a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5nqf
タイトルCrystal structure of Plasmodium falciparum AMA1 in complex with a 39 aa PvRON2 peptide
要素
  • Apical membrane antigen 1
  • Rhoptry neck protein 2
キーワードCELL INVASION / AMA1 / RON2 / MALARIA
機能・相同性
機能・相同性情報


Apical membrane antigen 1 domain superfamily / Apical membrane antigen 1 / Apical membrane antigen 1 / Apical membrane antigen 1 / Hepatocyte Growth Factor / Hepatocyte Growth Factor / 3-Layer(bba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Apical membrane antigen 1 / Rhoptry neck protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum Vietnam Oak-Knoll (マラリア病原虫)
Plasmodium vivax Sal-1 (マラリア 病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Vulliez-le Normand, B. / Saul, F.A. / Faber, B.W. / Bentley, G.A.
引用ジャーナル: PLoS ONE / 年: 2017
タイトル: Cross-reactivity between apical membrane antgen 1 and rhoptry neck protein 2 in P. vivax and P. falciparum: A structural and binding study.
著者: Vulliez-Le Normand, B. / Saul, F.A. / Hoos, S. / Faber, B.W. / Bentley, G.A.
履歴
登録2017年4月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年9月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Apical membrane antigen 1
B: Rhoptry neck protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,7972
ポリマ－46,7972
非ポリマー00
水5,531307
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: SPR analysis of binding interaction
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2970 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area15070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.481, 38.248, 72.356
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.55, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Apical membrane antigen 1


分子量: 42690.598 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 97-442 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
詳細: RESIDUES I97-P442 OF PFAMA1-FVO. N-TERMINAL STRETCH EF IS A CLONING ARTEFACT. C-TERMINAL STRETCH GLEQKLISEEDLNSAVDHHHHHH IS AN EXPRESSION TAG ( C-MYC + HEXA-HIS ). N162K, T288V, S373D, N422D, ...詳細: RESIDUES I97-P442 OF PFAMA1-FVO. N-TERMINAL STRETCH EF IS A CLONING ARTEFACT. C-TERMINAL STRETCH GLEQKLISEEDLNSAVDHHHHHH IS AN EXPRESSION TAG ( C-MYC + HEXA-HIS ). N162K, T288V, S373D, N422D, S423K ARE ENGINEERED MUTATIONS.
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum Vietnam Oak-Knoll (FVO) (マラリア病原虫)
遺伝子: PFFVO_05649 / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: A0A024UZE1
#2: タンパク質・ペプチド Rhoptry neck protein 2


分子量: 4106.740 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP Residues 2034-2072 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Plasmodium vivax Sal-1 (マラリア 病原虫)
参照: UniProt: A5K3N8
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 307 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.3 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.2
詳細: PEG 3350, TRIS 8.2, SODIUM ACETATE, ISOPROPANOL, PH 8.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 290K
PH範囲: 8.2

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.91165 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年4月4日
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91165 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→46.92 Å / Num. obs: 29741 / % possible obs: 96.2 % / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 23.33 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 9.2
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.569 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / CC1/2: 0.822 / % possible all: 78.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
BUSTER2.10.2精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: AMA1-FVO

解像度: 1.9→35.78 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU R Cruickshank DPI: 0.132 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.142 / SU Rfree Blow DPI: 0.128 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.124
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.205 1511 5.08 %RANDOM
Rwork0.169 ---
obs0.171 29729 95.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 28.57 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.3093 Å20 Å20.3143 Å2
2---0.3694 Å20 Å2
3---6.6786 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.214 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→35.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2626 0 0 307 2933
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.012738HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.043720HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d930SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes82HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes391HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2738HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.54
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.14
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion350SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3319SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / Total num. of bins used: 15
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2946 113 5.17 %
Rwork0.2331 2073 -
all0.2363 2186 -
obs--72.84 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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