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- PDB-5nqe: Human PARP14 (ARTD8), catalytic fragment in complex with an N-ary... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5nqe
タイトルHuman PARP14 (ARTD8), catalytic fragment in complex with an N-aryl piperazine inhibitor
要素Poly [ADP-ribose] polymerase 14
キーワードTRANSFERASE / ADP-ribosylation / Inhibitor complex / Transferase domain
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / positive regulation of interleukin-4-mediated signaling pathway / Nicotinamide salvage / Maturation of nucleoprotein / Maturation of nucleoprotein / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / protein poly-ADP-ribosylation / NAD+-protein-glutamate ADP-ribosyltransferase activity / negative regulation of type II interferon-mediated signaling pathway / NAD+-protein mono-ADP-ribosyltransferase activity ...negative regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / positive regulation of interleukin-4-mediated signaling pathway / Nicotinamide salvage / Maturation of nucleoprotein / Maturation of nucleoprotein / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / protein poly-ADP-ribosylation / NAD+-protein-glutamate ADP-ribosyltransferase activity / negative regulation of type II interferon-mediated signaling pathway / NAD+-protein mono-ADP-ribosyltransferase activity / NAD+ poly-ADP-ribosyltransferase activity / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの / NAD+ binding / nucleotidyltransferase activity / transcription corepressor activity / innate immune response / negative regulation of gene expression / enzyme binding / nucleus / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
PARP-14, RNA recognition motif 2 / : / Parp14 WWE domain / PARP14, first type I KH domain / PARP14, second RRM domain / PARP14, second type I KH domain / PARP14, third type I KH domain / PARP14, fourth type I KH domain / PARP14, fifth type I KH domain / PARP14, sixth type I KH domain ...PARP-14, RNA recognition motif 2 / : / Parp14 WWE domain / PARP14, first type I KH domain / PARP14, second RRM domain / PARP14, second type I KH domain / PARP14, third type I KH domain / PARP14, fourth type I KH domain / PARP14, fifth type I KH domain / PARP14, sixth type I KH domain / PAR14-like, first RRM domain / PARP14, third RRM domain / PARP14-like, eighth type I KH domain / : / WWE domain superfamily / WWE domain / WWE domain profile. / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 3 - #10 / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 3 / Poly(ADP-ribose) polymerase catalytic domain / Poly(ADP-ribose) polymerase, catalytic domain / PARP catalytic domain profile. / Appr-1"-p processing enzyme / Macro domain / Macro domain profile. / Macro domain / Macro domain-like / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-94Z / Protein mono-ADP-ribosyltransferase PARP14
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.71 Å
データ登録者Karlberg, T. / Thorsell, A.G. / Schuler, H.
引用ジャーナル: Bioorg. Med. Chem. Lett. / 年: 2017
タイトル: Design and synthesis of potent inhibitors of the mono(ADP-ribosyl)transferase, PARP14.
著者: Upton, K. / Meyers, M. / Thorsell, A.G. / Karlberg, T. / Holechek, J. / Lease, R. / Schey, G. / Wolf, E. / Lucente, A. / Schuler, H. / Ferraris, D.
履歴
登録2017年4月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年5月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年6月7日Group: Database references
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Poly [ADP-ribose] polymerase 14
B: Poly [ADP-ribose] polymerase 14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,0344
ポリマ－44,2372
非ポリマー7972
水30617
1
A: Poly [ADP-ribose] polymerase 14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,5172
ポリマ－22,1191
非ポリマー3981
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Poly [ADP-ribose] polymerase 14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,5172
ポリマ－22,1191
非ポリマー3981
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.430, 90.360, 80.070
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 116.42, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Poly [ADP-ribose] polymerase 14 / PARP-14 / ADP-ribosyltransferase diphtheria toxin-like 8 / ARTD8 / B aggressive lymphoma protein 2


分子量: 22118.590 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PARP14, BAL2, KIAA1268 / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): R3 pRARE / 参照: UniProt: Q460N5, NAD+ ADP-ribosyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-94Z / 3-[[4-[4-(4-fluorophenyl)piperazin-1-yl]-4-oxidanylidene-butanoyl]amino]benzamide


分子量: 398.431 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H23FN4O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.8 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20% PEG3350, 0.2M Sodium-malonate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.71→45.2 Å / Num. all: 97208 / Num. obs: 14476 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 63.32 Å2 / CC1/2: 0.984 / Rmerge(I) obs: 0.288 / Net I/σ(I): 6.5
反射 シェル解像度: 2.71→2.87 Å / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 1.153 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 14938 / CC1/2: 0.641 / % possible all: 97.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
xia2データ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4F1L

4f1l


解像度: 2.71→45.18 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.89 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.869 / SU R Cruickshank DPI: 0.681 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.597 / SU Rfree Blow DPI: 0.306 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.319
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.258 724 5 %RANDOM
Rwork0.227 ---
obs0.228 14473 99.4 %-
原子変位パラメータBiso mean: 40.21 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.9926 Å20 Å2-1.3639 Å2
2---6.5622 Å20 Å2
3---8.5548 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.4 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.71→45.18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2930 0 58 17 3005
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.013076HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.124178HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1354SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes100HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes444HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3076HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.18
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.98
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion380SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3401SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.71→2.93 Å / Total num. of bins used: 7
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3121 148 5.01 %
Rwork0.2798 2808 -
all0.2815 2956 -
obs--98.4 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.9494-0.21060.59171.1407-0.06373.1197-0.05630.04040.07190.1055-0.0564-0.0326-0.25650.20570.1127-0.0557-0.0161-0.0093-0.09950.0175-0.1283-0.3191-0.544316.9566
21.7943-0.2434-0.31491.09860.52953.4641-0.0069-0.0623-0.01280.196-0.0607-0.04110.2895-0.26920.0676-0.05-0.0427-0.0248-0.0921-0.0106-0.13062.980833.16516.7188
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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