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- PDB-5nqb: Rabbit Muscle L-lactate dehydrogenase in complex with malonate -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5nqb
タイトルRabbit Muscle L-lactate dehydrogenase in complex with malonate
要素L-lactate dehydrogenase A chain
キーワードOXIDOREDUCTASE / malonate
機能・相同性
機能・相同性情報


L-lactate dehydrogenase / L-lactate dehydrogenase (NAD+) activity / lactate metabolic process / pyruvate metabolic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
L-lactate dehydrogenase / L-lactate dehydrogenase active site. / L-lactate dehydrogenase, active site / L-2-Hydroxyisocaproate Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal / L-lactate/malate dehydrogenase / Lactate/malate dehydrogenase, N-terminal / Lactate/malate dehydrogenase, C-terminal / lactate/malate dehydrogenase, NAD binding domain / lactate/malate dehydrogenase, alpha/beta C-terminal domain ...L-lactate dehydrogenase / L-lactate dehydrogenase active site. / L-lactate dehydrogenase, active site / L-2-Hydroxyisocaproate Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal / L-lactate/malate dehydrogenase / Lactate/malate dehydrogenase, N-terminal / Lactate/malate dehydrogenase, C-terminal / lactate/malate dehydrogenase, NAD binding domain / lactate/malate dehydrogenase, alpha/beta C-terminal domain / Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
MALONATE ION / L-lactate dehydrogenase A chain
類似検索 - 構成要素
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.58 Å
データ登録者Luisi, B.F. / Olin-Sandoval, V.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust094229/Z/10/Z 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: The self-inhibitory nature of metabolic networks and its alleviation through compartmentalization.
著者: Alam, M.T. / Olin-Sandoval, V. / Stincone, A. / Keller, M.A. / Zelezniak, A. / Luisi, B.F. / Ralser, M.
履歴
登録2017年4月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年5月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年7月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年10月16日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: L-lactate dehydrogenase A chain
B: L-lactate dehydrogenase A chain
C: L-lactate dehydrogenase A chain
D: L-lactate dehydrogenase A chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)147,10911
ポリマ－146,3944
非ポリマー7147
水25,3291406
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area23430 Å2
ΔGint-111 kcal/mol
Surface area45670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.806, 76.952, 118.858
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.48, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
L-lactate dehydrogenase A chain / LDH-A / LDH muscle subunit / LDH-M


分子量: 36598.547 Da / 分子数: 4 / 変異: T248->S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 遺伝子: LDHA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P13491, L-lactate dehydrogenase
#2: 化合物
ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト


分子量: 102.046 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H2O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1406 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.01 %
結晶化温度: 293 K
詳細: crystals were cryoprotected by washing in reservoir supplemented with 20% w/v PEG400 and 2.5 mM oxaloacetate before freezing in liquid nitrogen.
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: The crystallisation condition is 10% w/v PEG3350 and 0.1 M sodium malonate.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92819 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 300K / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年12月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92819 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.58→29.423 Å / Num. obs: 318978 / % possible obs: 89.7 % / 冗長度: 2.1 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3H3F

3h3f


解像度: 1.58→29.423 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.03 / 位相誤差: 25.42
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2178 15234 4.97 %
Rwork0.1927 --
obs0.194 155035 89.75 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.58→29.423 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10145 0 49 1406 11600
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00910408
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0514096
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.7646267
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0661662
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071772
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5797-1.59760.39384460.35028092X-RAY DIFFRACTION76
1.5976-1.61640.35954440.32918735X-RAY DIFFRACTION80
1.6164-1.63610.34444440.33298967X-RAY DIFFRACTION82
1.6361-1.65680.34574460.32698889X-RAY DIFFRACTION82
1.6568-1.67860.32384960.32468864X-RAY DIFFRACTION82
1.6786-1.70160.35284700.31668991X-RAY DIFFRACTION84
1.7016-1.72590.31745710.316710141X-RAY DIFFRACTION93
1.7259-1.75170.32035260.302310052X-RAY DIFFRACTION94
1.7517-1.7790.35135120.310110009X-RAY DIFFRACTION93
1.779-1.80820.32095420.286110112X-RAY DIFFRACTION93
1.8082-1.83940.2945660.276310053X-RAY DIFFRACTION93
1.8394-1.87280.27494530.26569980X-RAY DIFFRACTION92
1.8728-1.90880.28835060.25899957X-RAY DIFFRACTION91
1.9088-1.94780.29765420.24049738X-RAY DIFFRACTION91
1.9478-1.99010.25964730.23619638X-RAY DIFFRACTION89
1.9901-2.03640.25985120.22089019X-RAY DIFFRACTION84
2.0364-2.08730.27094610.220610375X-RAY DIFFRACTION94
2.0873-2.14380.22445210.205310246X-RAY DIFFRACTION94
2.1438-2.20680.23065220.184610101X-RAY DIFFRACTION94
2.2068-2.2780.22924770.184410136X-RAY DIFFRACTION93
2.278-2.35940.21515470.17610038X-RAY DIFFRACTION93
2.3594-2.45380.21814900.17649997X-RAY DIFFRACTION93
2.4538-2.56550.19035580.16849741X-RAY DIFFRACTION90
2.5655-2.70060.20355400.179663X-RAY DIFFRACTION90
2.7006-2.86970.19795080.174310439X-RAY DIFFRACTION96
2.8697-3.0910.19615680.170210287X-RAY DIFFRACTION95
3.091-3.40170.17895140.158310024X-RAY DIFFRACTION93
3.4017-3.8930.15884880.14579376X-RAY DIFFRACTION87
3.893-4.90110.15145630.132310203X-RAY DIFFRACTION95
4.9011-29.42820.16755280.14959645X-RAY DIFFRACTION89

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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