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万見
- PDB-5npg: Solution structure of Drosophila melanogaster Loquacious dsRBD1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5npg
タイトルSolution structure of Drosophila melanogaster Loquacious dsRBD1
要素Loquacious, isoform F
キーワードRNA BINDING PROTEIN / dsRBD / RNA interference / siRNA
機能・相同性
機能・相同性情報


regulatory ncRNA processing / female germ-line stem cell asymmetric division / regulation of regulatory ncRNA processing / dosage compensation by hyperactivation of X chromosome / germ-line stem cell population maintenance / miRNA metabolic process / pre-miRNA processing / siRNA processing / central nervous system development / double-stranded RNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Staufen, C-terminal / Staufen C-terminal domain / Double Stranded RNA Binding Domain - #20 / Double-stranded RNA binding motif / Double-stranded RNA binding motif / Double stranded RNA-binding domain (dsRBD) profile. / Double-stranded RNA-binding domain / Double Stranded RNA Binding Domain / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Loquacious, isoform F
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法溶液NMR / Rasrec
データ登録者Tants, J.-N. / Fesser, S. / Kern, T. / Stehle, R. / Geerlof, A. / Wunderlich, C. / Hartlmuller, C. / Boettcher, R. / Kunzelmann, S. / Lange, O. ...Tants, J.-N. / Fesser, S. / Kern, T. / Stehle, R. / Geerlof, A. / Wunderlich, C. / Hartlmuller, C. / Boettcher, R. / Kunzelmann, S. / Lange, O. / Kreutz, C. / Foerstemann, K. / Sattler, M.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2017
タイトル: Molecular basis for asymmetry sensing of siRNAs by the Drosophila Loqs-PD/Dcr-2 complex in RNA interference.
著者: Tants, J.N. / Fesser, S. / Kern, T. / Stehle, R. / Geerlof, A. / Wunderlich, C. / Juen, M. / Hartlmuller, C. / Bottcher, R. / Kunzelmann, S. / Lange, O. / Kreutz, C. / Forstemann, K. / Sattler, M.
履歴
登録2017年4月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年10月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年10月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_DOI
改定 1.22017年11月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.32017年12月13日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.42019年5月8日Group: Data collection / カテゴリ: pdbx_nmr_software / Item: _pdbx_nmr_software.name
改定 1.52024年5月15日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_spectrometer.model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Loquacious, isoform F


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,1061
ポリマ－9,1061
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area4480 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 5000Rosetta score
代表モデルモデル #10

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要素

#1: タンパク質 Loquacious, isoform F


分子量: 9105.568 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 129-211 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: loqs, Dmel\CG6866, dRax, loq, LOQS, Loqs, R3D1, r3d1, R3D1-L, R3D1-S, TRBP, CG6866, Dmel_CG6866
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: X2J5X6

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic13D HN(CA)CB
131isotropic13D HNCA
141isotropic13D HNCO
151isotropic13D (H)CCH-TOCSY
161isotropic13D 1H-15N NOESY
171isotropic13D 1H-13C NOESY

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試料調製

詳細タイプ: solution / 内容: 2 g/L [U-13C; U-15N] dsRBD1, 90% H2O/10% D2O / Label: dsRBD1_15N13C / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料濃度: 2 g/L / 構成要素: dsRBD1 / Isotopic labeling: [U-13C; U-15N]
試料状態イオン強度: 500 NaCl, 20 PO4 mM / Label: assignment / pH: 6.5 / 圧: 101325 Pa / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 900 MHz

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解析

ソフトウェア名称: CS-ROSETTA / 分類: 精密化
NMR software
名称開発者分類
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
SparkyGoddardchemical shift assignment
CS-ROSETTAShen, Vernon, Baker and Baxstructure calculation
精密化手法: Rasrec / ソフトェア番号: 3
代表構造選択基準: 0
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: Rosetta score / 計算したコンフォーマーの数: 5000 / 登録したコンフォーマーの数: 10 / 代表コンフォーマー: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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