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- PDB-5nnz: Crystal structure of human ODA16 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5nnz
タイトルCrystal structure of human ODA16
要素Dynein assembly factor with WDR repeat domains 1
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Cilium / sperm / intraflagellar transport / IFT / ODA16 / outer dynein arms / ODA / primary cilia dyskenisia
機能・相同性
機能・相同性情報


outer dynein arm assembly / cerebrospinal fluid circulation / intraciliary transport / determination of left/right symmetry / SCF ubiquitin ligase complex / motile cilium / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / protein polyubiquitination / heart development / ciliary basal body ...outer dynein arm assembly / cerebrospinal fluid circulation / intraciliary transport / determination of left/right symmetry / SCF ubiquitin ligase complex / motile cilium / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / protein polyubiquitination / heart development / ciliary basal body / cilium / extracellular region / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
WD domain, G-beta repeat / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Dynein assembly factor with WD repeat domains 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.651 Å
データ登録者Lorentzen, E. / Taschner, T. / Basquin, J.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2020
タイトル: Purification and crystal structure of human ODA16: Implications for ciliary import of outer dynein arms by the intraflagellar transport machinery.
著者: Wang, J. / Taschner, M. / Petriman, N.A. / Andersen, M.B. / Basquin, J. / Bhogaraju, S. / Vetter, M. / Wachter, S. / Lorentzen, A. / Lorentzen, E.
履歴
登録2017年4月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年6月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年11月18日Group: Structure summary / カテゴリ: struct_keywords / Item: _struct_keywords.text
改定 1.22022年10月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Dynein assembly factor with WDR repeat domains 1
A: Dynein assembly factor with WDR repeat domains 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,6642
ポリマ－91,6642
非ポリマー00
水2,378132
1
A: Dynein assembly factor with WDR repeat domains 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,8321
ポリマ－45,8321
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Dynein assembly factor with WDR repeat domains 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,8321
ポリマ－45,8321
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)52.150, 69.500, 102.150
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.01, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Dynein assembly factor with WDR repeat domains 1 / Outer row dynein assembly protein 16 homolog / WD repeat-containing protein 69


分子量: 45831.777 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1-415 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DAW1, WDR69 / 発現宿主: unidentified baculovirus (ウイルス) / 参照: UniProt: Q8N136
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 132 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.09 %
結晶化温度: 285 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 8 / 詳細: 50mM Tris pH 8 and 50mM NaOxalate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12B / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年4月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 18102 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 6 % / CC1/2: 0.98 / Rrim(I) all: 0.19 / Net I/σ(I): 5.7
反射 シェル解像度: 2.8→2.97 Å / 冗長度: 5.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 2798 / CC1/2: 0.4 / Rpim(I) all: 1.35 / % possible all: 97

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_1647精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5MZH

5mzh


解像度: 2.651→57.461 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.43 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2836 904 5.45 %
Rwork0.2264 --
obs0.2304 16593 77.53 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.651→57.461 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5084 0 0 132 5216
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0055230
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0757114
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.1321800
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.048823
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004905
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6837-2.85180.3674320.3165595X-RAY DIFFRACTION17
2.8518-3.07190.30881070.24162055X-RAY DIFFRACTION60
3.0719-3.3810.26971860.21493226X-RAY DIFFRACTION94
3.381-3.87010.29671720.21223234X-RAY DIFFRACTION95
3.8701-4.87540.25341800.21123275X-RAY DIFFRACTION94
4.8754-52.15980.30052040.25833305X-RAY DIFFRACTION94

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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